【文章內(nèi)容簡介】 精修 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 可用 Flack參數(shù)（ cif文件中）來確定絕對結(jié)構(gòu) 其值接近于 0，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小 (大于 有足夠強(qiáng)的反常散射能力 ,絕對構(gòu)型不能確定 )時，表示正確；如果等于或非常接近于 1，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小，則表示此絕對結(jié)構(gòu)是錯誤的，其倒反結(jié)構(gòu) 才是正確的 。方法是： 在 ins文件中加入指令“ MOVE 1 1 1 1”，再精修 對于非中心對稱的空間群 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 例外的 7個極性空間群的反轉(zhuǎn)指令： Fdd2 move 1 –1 I41 move 1 1 –1 I4122 move 1 –1 I41md move 1 1 –1 I41cd move 1 1 –1 I42d move 1 –1 I4132 move –1 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 對于具有確定立體結(jié)構(gòu)的有機(jī)基團(tuán)，可采用理論加氫；對于無法理論加氫的，如水分子，可從差值 Fourier圖中找出氫原子，參加精修的情況視 數(shù)據(jù)的質(zhì)量而定 計(jì)算 /指認(rèn)并精修氫原子 ?理論加氫的方法 HFIX mn 需加氫原子名（產(chǎn)生 AFIX固定） m 是一或兩位數(shù)，指定氫的類型： =1 叔 H， =2 仲 H， =3（或 13） 伯 H， =4 芳 H， =8（或 14） XOH， =9 X=CH2或 XNH2， =15 籠狀 BH 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 n 是一位數(shù)，指定固定的類型： =1 坐標(biāo)、占有率、位移因子固定， =2 占有率、位移因子固定， =3（或 7） 坐標(biāo)固定， =4 同 3，但允許修正 XH的鍵長（方向固定） 進(jìn)行 XL精修 ,然后檢查 H加的是否合理，如不合理，修改不合理的部分，再用 XL繼續(xù)精修 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 2. CIF文件 上世紀(jì) 90年代初，為了方便晶體常數(shù)通過計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)傳輸和存取，國際晶體學(xué)會建立了一套晶體學(xué)信息文件（ crystallographic information file，簡稱 cif）標(biāo)準(zhǔn) *CIF格式簡介： ?cif為 ASCII碼文件，只允許使用普通鍵盤上的字符 ?其它字符必須用特定的代碼表示，每行要小于 80字符 ?不需使用斜體、粗體、下劃線等，如果需要，它能自動識別轉(zhuǎn)換，如空間群等 ?指定單位的數(shù)據(jù)，不需加單位 ?WORD等文字處理軟件的文件須存為純文體文件 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 ?cif文件的術(shù)語： text string 數(shù)據(jù)串， 由空格、引號或分號為起止符 data name 數(shù)據(jù)串名稱， 以下劃線“ _”開頭 data item 數(shù)據(jù)項(xiàng)， 不以“ _”開頭、緊接名稱的數(shù)據(jù)串 data loop 數(shù)據(jù)環(huán)， 若干數(shù)據(jù)名稱，前冠以“ loop _”, 后跟多行的數(shù)據(jù)表 data block 數(shù)據(jù)塊， 數(shù)據(jù)名稱、項(xiàng) (也可為環(huán) )的集合 ?cif格式的性質(zhì)： A. 在數(shù)據(jù)環(huán)中，名稱及項(xiàng)的次序并不重要，塊亦然 B. 每個數(shù)據(jù)名稱必跟數(shù)據(jù)項(xiàng)，如沒有應(yīng)加“ ？” 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 C. 在 CIF中，可增加一些需要的數(shù)據(jù)， 書寫格式為： ?由空格限定的數(shù)據(jù)串中間不能有空格。如： _diffrn_ambient_temperature 293 (2) _diffrn_radiation_wavelength _diffrn_radiation_type MoK\a ?由單引號限定的數(shù)據(jù)串中可有空格，但不能超過一行 _puting_structure_solution 39。SHELXS97 (Sheldrick, 1990)39。 _puting_structure_refinement 39。SHELXL97 (Sheldrick, 1997)39。 ?由分號限定的數(shù)據(jù)串中可有空格，也可超過一行 _refine_ls_weighting_details 39。calc w=1/[\s^2^(Fo^2^)+()^2^+] 39。 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 _refine_special_details 。 Refinement of F^2^ against ALL reflections. The weighted Rfactor wR and goodness of fit S are based on F^2^, conven tional Rfactors R are based on F, with F set to zero for negative F^2^. The threshold expression of F^2^ 2sigma(F^2^) is used only for calculating Rfactors(gt) etc. and is not relevant to the choice of reflections for refinement. Rfactors based on F^2^ are statistically about twice as large as those based on F, and R factors based on ALL data will be even larger. 。 ?特殊的格式或符號有特定的書寫規(guī)定： ~3~和 ^3^分別表示 3 是上下標(biāo) \%A=A , \%= 176。 , \s=σ,\p=π,\m=μ,\q=θ,\w=ω,\f=φ…… 176。 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 ?計(jì)算機(jī)能把 cif文件完全機(jī)械化地譯成規(guī)定的格式，但有細(xì)微的錯誤也會表現(xiàn)出來。因此寫好的 cif文件，一定要用檢查程序做檢查?？芍苯拥卿浵旅婢W(wǎng)站，進(jìn)行檢查。 *CIF文件實(shí)例： data_020910c _audit_creation_method SHELXL97 _chemical_name_systematic 。 ? 。 產(chǎn)生 cif文件程序名稱 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 _chemical_name_mon ? _chemical_melting_point ? _chemical_formula_moiety ? _chemical_formula_sum 39。C14 H41 Cu2 Fe N14 39。 _chemical_formula_weight loop_ _atom_type_symbol _atom_type_description _atom_type_scat_dispersion_real _atom_type_scat_dispersion_imag _atom_type_scat_source 39。C39。 39。C39。 39。International Tables Vol C Tables and 39。 39。H39。 39。H39。 ………………………………………………. _symmetry_cell_setting monoclinic _symmetry_space_group_name_HM c2/c 晶系名稱 空間群名稱 散射因子的來源的數(shù)據(jù)環(huán) 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 39。x, y, z39。 39。x, y, z+1/239。 39。x+1/2, y+1/2, z39。 39。x+1/2, y+1/2, z+1/239。 39。x, y, z39。 39。x, y, z1/239。 39。x+1/2, y+1/2, z39。 39。x+1/2, y+1/2, z1/239。 用坐標(biāo) xyz表示的對稱操作碼的數(shù)據(jù)環(huán) 材料科學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院 上一頁 下一頁 2021/11/10 _cell_length_a (7) _cell_length_b (7) _cell_length_c (15) _cell_angle_alpha _cell_angle_beta (8) _cell_angle_gamma _cell_volume