【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 高，領(lǐng)先的比率值大于 1（表 3）。在負(fù)選擇 /選擇性收縮率最高的密碼子報(bào)道了 ORF1基因（ ％和 ％，圖 1），盡管病毒 ORF2 和 ORF3 一些地區(qū)也有選擇性的約束。有趣的是，在 DN DS等情節(jié)表明，選擇的 ORF1 基因密碼子負(fù)大部分的N末端， 無(wú)論幾個(gè) 調(diào)控序列（即精氨酸豐富的地區(qū)）被放置。 TTSuV1 和 TTSuV2之間的選擇模式，再次不同。所有這三個(gè)碼有積極的 TTSuV1 選定的密碼子的比例最高，而大部分的 TTSuV2 密碼子的選擇壓力下不（圖 1），指向之間 TTSuV1和 TTSuV2 不同進(jìn)化速率?？傊?，核苷酸替換似乎是采取結(jié)構(gòu)性的約束下，一些功能性的地方。臺(tái)視 ORF1 基因似 乎是由選擇凈化水平的影響比較強(qiáng)的 ORF2 和ORF3。差分約束報(bào)碼之間最有可能由每的 ORF， ORF1 編碼的蛋白質(zhì)的功能有一個(gè)產(chǎn)品作為外殼蛋白和復(fù)制相關(guān)蛋白的雙重作用引起的（ Kakkola 等。， 2021）。 直方圖對(duì) wised PI ()表示，在本研究中和 TTSuV2 之內(nèi)的核苷酸身分出版的 TTSuV1 高于 85%。 然而，當(dāng)所有可利用的染色體 (表 1)被考慮了，身分從 65 范圍到 80% TTSuV1 的， 88 到 97% TTSuV2 的和 40 到 50%在 TTSuV1 和TTSuV2 之間。 核苷酸身分之間的這些區(qū)別在 孤立之中在 NJ 樹(shù) ()，明顯地分裂的 TTSuV1 和 TTSuV2 也被反射了入不同的等級(jí)。 TTSuV1 染色體被出版在一起被編組的這項(xiàng)研究中，但是除與易變的位置的一個(gè)數(shù)字的提出的類(lèi)型 1a 和 1b之外，在他們之中的 543 (%)。 相反，在 TTSuV2 之中被觀察的極小的身分是 88%。提出的子型 2b 和 2c 顯示了相似的 PI 價(jià)值如被觀察在之中 。 依然是的 TTSuV2 染色體。 根據(jù)在孤立之中被觀察的大基因距離，他們最初被考慮了作為 genogroups申請(qǐng)標(biāo)準(zhǔn)的 1和 2被用于分類(lèi)人的 TTVs (等 Okamoto， 2021年 。 Niel 等， 2021)。 非常最近，黃 (2021)使用在 121 條 TTV 染色體之中的 PI等提出了小組分類(lèi)的幾試探性門(mén)限在 TTV ： 變形 (95% PI)，子型 (8595% PI)，類(lèi)型 (6785% PI)，種類(lèi) (5567%)和類(lèi) (3655%)。 根據(jù)被觀察的在七條 TTV 染色體之中的 identity 作者暫時(shí)地提出的類(lèi)型 1a 和 1b 和子型 2a、豬的 TTSuV1 和TTSuV2 2b 和 2c，分別。 在本研究中，兩個(gè)類(lèi)型十三條豬 TTV 染色體程序化，完全地描繪了，并且與十條出版染色體比較。 TTSuV1 和 TTSuV2 (%)類(lèi)似 Niel (2021)和黃等獲得的那個(gè)等 (2021)，在種類(lèi)定義的更低的邊界的 TTV，但是接近類(lèi)狀態(tài)。 根據(jù)當(dāng)前結(jié)果， TTSuV1 和應(yīng)該考慮 TTSuV2 作為證實(shí)分類(lèi)的種類(lèi)等提議由黃 (2021)和 ICT( 提出 ，所有 TTSuV1 西班牙染色體分別地成群了與美國(guó)和亞洲染色體，陳列身分更低比 80%與比較參考鍵入 1a和 1b。 因此，根據(jù)這些觀察，提議應(yīng)該考慮第三個(gè) TTSuV1 類(lèi)型 (1c) ()。 而且，考慮到分歧，一樣高象 30%在 TTSuV1 之內(nèi)和所有西班牙染色體的被分離的位置和美國(guó)相比，并且亞洲人一個(gè)在種系發(fā)生的樹(shù)，某一種類(lèi)與一個(gè)潛在的地理依據(jù)的內(nèi)部結(jié)構(gòu)可能存在。 量的多樣性 TTSuV2檢測(cè) “ （ 15％）較低。 2b和 2c的亞型聚集一起在 NJ樹(shù)，并 根據(jù) TTV類(lèi)型 6785％PI）和亞型（ 8595％ PI）的建議的范圍（黃等人。， 2021），所有從美國(guó)分離TTSuV2 和歐洲應(yīng)該被視為一個(gè)單一類(lèi)型的亞型數(shù)可能為 2至 7取決于應(yīng)用的門(mén)檻。在第一種情況， 2b 和 2c 的亞型應(yīng)該被加入到一個(gè)單 一亞型株，其余將成為其他亞型，如甲已定義，呈現(xiàn)出它們之間的 126 個(gè)變異位點(diǎn)（ ％）的意思。在第二個(gè)方案，四個(gè)額外的子類(lèi)型可以定義：二維（ TTSuV2G61）， 2e（ TTSuV2G64），2樓（ TTSuV2GE1 和 TTSuV2GE9）和 2G（ TTSuV2G31， TTSuV2G33 和 TTSuV21907）。然而，直到基因組的 TTSuV2 較多的情況下，在亞型的定義應(yīng)推遲。此外，對(duì)來(lái)自不同地理區(qū)域的豬 TTV 的分歧更多的序列數(shù)據(jù)，獲得更好的結(jié)論應(yīng)分析。 結(jié)論 如今， anelloviruses 完整的基因組進(jìn)行了表征，并對(duì)一些動(dòng)物物種提供（。Learly 等， 1999。 Martinez 等人， 2021 年 。 Brassard 等， 2021。伍等人， 2021。岡本等人， 2021 年。）?；蚪M信息已被集中到迄今人類(lèi) TTVs，但這和最近的研究（ Brassard 等， 2021。黃等人， 2021 年），大大增加了對(duì)于豬 TTVs 知識(shí)。在目前的研究已特點(diǎn) TTV 的豬基因組和基因組的比較可在文獻(xiàn)中。目前一豬TTV 中基因組中有非編碼區(qū)和 3 個(gè) ORF 與翻譯區(qū)。 TTSuV1 比 TTSuV2 更具有變化性。這種變化是不同分布 。在更保守的非編碼區(qū)翻譯區(qū)和更變量。該報(bào)告的轉(zhuǎn)換和顛換數(shù)沒(méi)有差異。中碼突變的方式也不同： ORF1 基因較為保守，表現(xiàn)出較高的比例第三密碼子位置和負(fù)選擇密碼子 。病毒 ORF2 和 ORF3 不太保守，盡管一些保守地區(qū)也報(bào)告。系統(tǒng)發(fā)育重建表明， TTSuV1 是分為三種類(lèi)型，其中一人報(bào)告了這項(xiàng)工作的第一時(shí)間，地理結(jié)構(gòu)的某種可能存在的。另一方面，建議對(duì)集群TTSuV2 混合亞型及 其定義不明確。 利益沖突聲明本論文的作者都沒(méi)有與其他人或組織可能不適當(dāng)?shù)赜绊懟蚱?jiàn)的論文內(nèi)容的財(cái)務(wù)或個(gè)人關(guān)系。 致謝 我們感謝 A. Llorens 的技術(shù)幫助， 這項(xiàng)工作是由 289 AGL202102778/GAN，TRT2021 00018 和 CONSOLIDER PORCIVIR CSD2021 29000007 西班牙政府贈(zèng)款資助。 M. Cortey 來(lái)自 加泰羅尼亞 政府， T. Kekarainen 由西班牙政府支持 參考 Bendinelli, M., Pistello, M., Maggi, F., Fornal, C., Freer, G., Vatteroni, L., 2021. Molecular properties, biology and clinical implications of TT virus, a recentlyidentified widespread infectious agent of humans. Clin. Microb. Rev. 14, 98113. Biagini, P., 2021. Classification of TTV and Related Viruses (Anelloviruses), in: de Villiers, ., zur Hausen, H. (Eds.), TT Viruses. The Still Elusive Human Pathogens. SpringerVerlag, Berlin, pp. 2134. Biagini, P., Uch, R., Belhouchet, M., Attoui, H., Cantaloube, ., Brisbarre, N., de Micco, P., 2021. Circular genomes related to anelloviruses identified in humanand animal samples by using a bined rollingcircle amplification/sequence304 independent single primer amplification approach. J. Gen. Virol. 88, 2696– 2701. Bigarr233。, L., Beven, V., de Boiss233。son, C., Grassland, B., Rose, N., Biagini, P., Jestin, A., 2021. Pig