20xxsystemdock在線分子對(duì)接(編輯修改稿)
2025-01-13 22:03 本頁面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 的對(duì)接。在對(duì)接過程中，小分子的構(gòu)像一般是可以變化的，但大分子則是剛性的。由于小分子相對(duì)較小，因此在一定程度考察柔性的基礎(chǔ)上，還可以保持高效的計(jì)算效率，在藥物設(shè)計(jì)尤其再給予分子數(shù)據(jù)庫的虛擬篩選過程中，一般采用半柔性的分子對(duì)接方法。
柔性對(duì)接：柔性對(duì)接方法在對(duì)接過程中允許研究體系的構(gòu)像發(fā)生自由變化，由于變量隨著體系的原子數(shù)呈幾何級(jí)數(shù)增長(zhǎng)，因此柔性對(duì)接方法的計(jì)算量非常大，消耗計(jì)算機(jī)時(shí)很多，適合精確考察分子間識(shí)別情況。
本次報(bào)告所使用的在線對(duì)接數(shù)據(jù)庫名稱是Dock，它是是目前應(yīng)用最廣泛的分子對(duì)接軟件之一，由由加利福尼亞大學(xué)舊金山分校Kuntz課題組1982年開發(fā)。，Dock應(yīng)用半柔性對(duì)接方法，固定小分子的鍵長(zhǎng)和鍵角，將小分子配體拆分成若干剛性片斷，根據(jù)受體表面的幾何性質(zhì)，將小分子的剛性片斷重新組合，進(jìn)行構(gòu)像搜索。在能量計(jì)算方面，Dock考慮了靜電相互作用、范德華力等非鍵相互作用，在進(jìn)行構(gòu)像搜索的過程中搜索體系勢(shì)能面。最終軟件以能量評(píng)分和原子接觸罰分之和作為對(duì)接結(jié)果的評(píng)價(jià)依據(jù)。
此外，除以上所述分子對(duì)接所用的理論依據(jù)的嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膬?yōu)點(diǎn)外，還具有以下優(yōu)點(diǎn)：第一、簡(jiǎn)化操作流程。只需要選擇感興趣的小分子化合物庫，上傳一個(gè)蛋白質(zhì)靶標(biāo)結(jié)構(gòu)文件，填寫靶點(diǎn)的空間位置信息，即可實(shí)現(xiàn)大規(guī)模的虛擬篩選，省去了繁雜的軟件操作以及構(gòu)建化合物數(shù)據(jù)庫的過程；第二、方便快捷。平臺(tái)以龐大的計(jì)算資源為基礎(chǔ)，采用分布式架構(gòu)思想，極大的縮短了虛擬篩選的時(shí)間；第三、有效篩選。平臺(tái)構(gòu)建了豐富的化合物數(shù)據(jù)庫，對(duì)靶點(diǎn)位置分析合理，基本可以保證發(fā)現(xiàn)有活性的小分子化合物；第四、藥物設(shè)計(jì)過程中在進(jìn)行生物活性篩選之前，在電腦上進(jìn)行化合物分子預(yù)篩選，以減低化合物篩選數(shù)目，和優(yōu)化提高先導(dǎo)化合物發(fā)現(xiàn)率；第五、經(jīng)過在線分子對(duì)接篩選后的分子對(duì)接成功率是使用高通量技術(shù)盲目進(jìn)行對(duì)接的效率的270倍；第六、打破傳統(tǒng)的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)依賴于大量的實(shí)
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