【正文】 剪切位點(diǎn)度量 ? 綜合評(píng)價(jià) 用于基因識(shí)別的 HMM模型 ?隱馬爾柯夫模型 HMM是一條狀態(tài)不可見的馬爾柯夫鏈，其當(dāng)前狀態(tài)的輸出是可見的。 ?其方法是： ? 首先通過分析所有可能的剪切接受體位點(diǎn)和剪切給體位點(diǎn)，構(gòu)建一組候選的外顯子。 ?基因識(shí)別方法有 ： （ 1）基于規(guī)則的系統(tǒng) （ 2） 語義學(xué)方法 （ 3） 線性辨別分析（ LDA） （ 4） 決策樹 ? （ 5） 動(dòng)態(tài)規(guī)劃 ?（ 6） 隱馬爾柯夫模型 ? （ 7） 剪切對(duì)比排列 （ spliced alignment） 編碼區(qū)域識(shí)別 兩類方法 ： ?基于特征信號(hào)的識(shí)別 ? 內(nèi)部外顯子 剪切位點(diǎn) ? 5’端的外顯子一定在核心啟動(dòng)子的下游 ? 3’端的外顯子的下游包含多聚Ａ信號(hào)和終止編碼 ?基于統(tǒng)計(jì)度量的方法 ? 根據(jù)密碼子使用傾向 ? 雙聯(lián)密碼統(tǒng)計(jì)度量等 ? 在一個(gè)基因中，第 i個(gè)（ i=1， 64）密碼子相對(duì)使用傾向 RSCUi的定義如下： ? Obsi是該基因中第 i個(gè)密碼子實(shí)際出現(xiàn)的次數(shù) Expi是對(duì)應(yīng)密碼子期望的出現(xiàn)次數(shù) ?aai是統(tǒng)計(jì)的第 i個(gè)密碼子出現(xiàn)的次數(shù) ?syni是所有與第 i個(gè)密碼子同義密碼子出現(xiàn)的次數(shù) ? RSCU大于 1表示相應(yīng)密碼子出現(xiàn)的次數(shù)比期望次數(shù)高，而小于 1則表示出現(xiàn)次數(shù)相對(duì)較少。 第五節(jié) 基因識(shí)別 主講人：孫 嘯 制作人：劉志華 東南大學(xué) 吳健雄實(shí)驗(yàn)室 基因識(shí)別 ?基因識(shí)別是生物信息學(xué)領(lǐng)域里的一個(gè)重要研究內(nèi)容 ?基因識(shí)別問題，在近幾年受到廣泛的重視 ? 當(dāng)人類基因組研究進(jìn)入一個(gè)系統(tǒng)測序階段時(shí)，急需可靠自動(dòng)的基因組序列翻譯解釋技術(shù)，以處理大量已測定的但未知功能或未經(jīng)注釋的 DNA序列 ?原核基因識(shí)別 重點(diǎn)在于識(shí)別編碼區(qū)域 ? 非翻譯區(qū)域（ untranslated regions, UTR） ? 編碼區(qū)域兩端的 DNA，有一部分被轉(zhuǎn)錄，但是不被翻譯，這一部分稱為非翻譯區(qū)域 ? 5’UTR基因上游區(qū)域的非翻譯區(qū)域 ? 3’UTR基因下游區(qū)域的非翻譯區(qū)域 ?對(duì)于任何給定的核酸序列（單鏈 DNA或mRNA），根據(jù)密碼子的起始位置，可以按照三種方式進(jìn)行解釋。 iii E x pO bsR SC U ????iii s y naaE x p（ 566） （ 565） 密碼子使用傾向 ? 設(shè)一段 DNA序列為 S，從 S的第 i位到第 j位的雙聯(lián)密碼統(tǒng)計(jì)度