中華大學(xué)生物資訊學(xué)系專題報(bào)告(留存版)
【正文】 代號(hào)與同源性，而每個(gè)蛋白質(zhì)資料庫中都有其自家的蛋白質(zhì)擷取碼代號(hào)，其主鍵(Primary Key)不同能應(yīng)用的資料庫當(dāng)然也不同，為了能轉(zhuǎn)換各個(gè)資料庫的主鍵，我們收集了各資料庫的資料與同源資料加以整理並且建立了對(duì)照表，再利用擷取碼對(duì)照表與同源對(duì)照表，建立我們自己的轉(zhuǎn)換程式與同源蛋白搜尋程式，最後為了需求者的方便，我們把上述程式加以整合，並且視窗化，完成了一個(gè)具蛋白質(zhì)擷取碼轉(zhuǎn)換與同源搜尋功能的整合程式。而如果要利用二分搜尋法，其資料需要經(jīng)過排序，在處理資料上，我們使用快速排序法(Quick Sort)來進(jìn)行排序。 於是我們?cè)O(shè)計(jì)一個(gè)可以建立對(duì)照表的程式，來建立我們自己所需的轉(zhuǎn)換表，使得資料得到整合。而最後這個(gè)程式除了視窗化蛋白質(zhì)擷取碼的轉(zhuǎn)換，還提供了同源蛋白質(zhì)物種的資料，讓使用者可以大幅減少在網(wǎng)路上查詢蛋白質(zhì)擷取碼轉(zhuǎn)換與同源蛋白質(zhì)物種時(shí)的複雜度與時(shí)間。 若是使用者想進(jìn)一步了解該擷取碼的同源蛋白，在按同源搜尋鈕，就可以在輸出視窗得到相關(guān)資料。(二)專題進(jìn)行 本專題為了讓在研究過程更有計(jì)畫，並且進(jìn)行重點(diǎn)式的研究，所以製作了專題流程表(表一)。所以每個(gè)擷取碼就像我們的身分證字號(hào)一樣，是獨(dú)一無二的，我們可以依據(jù)擷取碼，找到我們需要的蛋白質(zhì)序列。圖六:紅框中顯示線蟲與果蠅為同源蛋白的轉(zhuǎn)換表。圖十: WBGene00006765在Inparanoid中作搜尋的結(jié)果。使用記憶體:使用電腦空間記憶體約20000K五、評(píng)估與展望未來希望可以增加更多的資料庫蛋白質(zhì)擷取碼供使用者查詢。圖七:紅框中顯示線蟲的WBGene0000420WBGene00004210與WBGene00004208擷取碼與果蠅的FBpp0088443同源。(圖一)()圖一:PIR擷取碼轉(zhuǎn)換範(fàn)例例如紅框處分別為 GI資料庫裡的653 04095與 EMBL 資料庫的CR940353轉(zhuǎn)換成uniport的擷取碼為Q4U9M9。圖二:Inparanoid同源蛋白資料範(fàn)例例
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