【正文】 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ A43： 三種方法 Atom Based、 Group Based 和 Ewald Summation 的介紹如下： Atom Based 為直接計算法，即直接計算原子對之間的非鍵相互作用，當原子對超出一定距離（ cutoff distance）時，即認為原子對之間相互作用為零。 如果要在 MD 后，還 需要進行 Minimizer 優(yōu)化，文件格式如下所示： Minimization Section: minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = \ line_search_precision = \ cg \ convergence = \ line_search_precision = \ method = fletcher \ newton \ convergence = \ line_search_precision = \ max_atoms = 200 \ method = bfgs Write coordinate file: writeFile coordinate filename = 將坐標文件輸出為 文件 readFile car file = 讀入 文件，讀入坐標文件 Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ 設定溫度 ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } 將 坐標文件輸出為 readFile history file = Minimization Section: minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = \ line_search_precision = \ cg \ convergence = \ line_search_precision = \ method = fletcher \ newton \ convergence = \ line_search_precision = \ max_atoms = 200 \ method = bfgs Write coordinate file: writeFile coordinate filename = 將坐標文件輸出為 文件 Q40：如何用 Dmol3 計算 Overlay Matrix，并進一步分析？ A40： 對于重疊矩陣，分析起來較為困難，關鍵在于計算出來的結果，其物理含義很難理解，下面我們將以 H2O 分子的重疊矩陣來解釋相關數(shù)據(jù)的物理含義。也就是說，對較空的晶體可以采用 Real Space 來計算，而其他的體系最好還是用 Reciprocal space 來處理。如果使用 10 個參數(shù)做一個簡單的計算就可以發(fā)現(xiàn)： 參數(shù)數(shù)目 操作 公式 none 10 無操作 n Binary Interaction 55 A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+ 2nC Simple Quadratic 20 A, B, C, A^2, B^2, and C^2 2n Full Quadratic 65 A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, and A*C 2n+ 2nC Simple Cubic 20 A, B, C, A^3, B^3, and C^3 2n Full Cubic 285 A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, A*C, A^3, B^3, C^3, A^2*B, A^2*C, B^2*A, B^2*C, C^2*A, C^2*B, and A*B*C 3n+3 2nC + 3nC 隨著復雜性的增加，參數(shù)數(shù)目的增長呈級數(shù)增長，這就導致了隨著參數(shù)增大的時候，所需要的內存數(shù)目迅速增加。這時候就要注意振動的模式了，如果只是某些鍵的扭轉，或者一些不大的平動，那么基本上就可以忽略過去了。該參數(shù)不應當小于 ） 表面上電荷之間的靜電相互作用不僅決定于 片 斷而且也和格點有關系，這依賴于該參數(shù)設置的距離大小。 使用 Lattice Parameter 將相應的 Alpha、 Beta 和 Sigma 調整至合適角度。在這里可以對相關設置進行修改已開始其他的計算工作。然后重新打開此文件，在此文件的基礎上進行修改，然后在 .inp 文件中加入以下語句： rattle water waterType SPC tolerance 1e4 完成上述操作后，運行此文件即可。上述結構表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為 0。 ............................................................................................................................................ 5 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號： .................................................................................. 5 Q6：如何使用 DMol3 進行動力學計算？ ................................................................................................. 6 Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .arc 文件？ ................................................................................................ 7 Q8：如何使用 rattle 關鍵詞來限制水分子的幾何結構？ ......................................................................... 7 Q9，如何使用 Standalone 方式運行 DMol 程序？ .................................................................................... 7 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場？ ..................................................................................................... 7 Q12，如何以 Standalone 方式運行 Discover 作業(yè)？ ................................................................................. 8 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ ....................................... 8 Q14：如何在 DMol 模塊中，對某一分子只允許其沿著 Z 方向進行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ ...... 8 Q15：如果 CASTEP計算過程中斷電，怎么能夠重新開始計算呢？在 Keywords中有兩個關鍵詞 Reuse和 Continuation，它們有什么差異呢？ ...................................................................................................... 8 Q16：如果我在 Cleave 一個平面的時候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？ .................................................................................................... 9 Q17：在使用 DMol 進行結構優(yōu)化的時候失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個分子在平面上下進行翻轉，并由此導致能量振蕩，這種情況應當如何處理？ ........................................................................ 9 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關的晶體結構。 在 Cell 文件中，關于原子坐標限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 3 5 Al 3 6 Al 3 7 Al 4 8 Al 4 9 Al 4 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行編號（紫色），原子類型（紅色），原子編號（綠色）和需要限制的分數(shù)坐標（黑色）。其中，關于水分子的部分按照如下方式進行修改： H1 WTR 1 h* H O1 WTR 1 o* O H2 WTR 1 h* H end 注意紅色顯示部分。 如果 2 代表的原子不清楚，那么請打開 mdf 文件去查詢。將數(shù)據(jù)拷貝到 Excel 中，并 使用晶胞參數(shù)將分數(shù)坐標轉換為笛卡兒坐標（注意，這里不用管 Alpha、 Beta 和 Sigma 的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標，并將其拷貝到任意文本中，并保存為 .xyz 格式文件。這是Cosmo 方法中的主要參數(shù)，它決定了 COSMO 方法的主要性能。 GVectors表示 FFT 格點， K Points 表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。 在 License 中，以上的命令改為： 進入 MS 安裝目錄 /bin/下，運行 lp_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license 文件位置 (安裝 license 文件 ) lp_server c porthostname (配置 license server) lp_server –s (啟動 license server) lp_server x (關閉 license server) lp_tester (檢測 license 是否合法 ) Q28：在使用 SGI Altix350，打補丁后運行 –np n seedname 的時候，出現(xiàn)錯誤： MPI： asgetinfo_array(39。 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ A3