【正文】 c 文件？ ................................................................................................ 7 Q8：如何使用 rattle 關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ ......................................................................... 7 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ .................................................................................... 7 Q10：如何在 DMol 中加入外界電場？ ..................................................................................................... 7 Q12，如何以 Standalone 方式運(yùn)行 Discover 作業(yè)？ ................................................................................. 8 Q13：為什么我在 QSAR 模塊中無法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ ....................................... 8 Q14：如何在 DMol 模塊中，對某一分子只允許其沿著 Z 方向進(jìn)行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ ...... 8 Q15：如果 CASTEP計(jì)算過程中斷電，怎么能夠重新開始計(jì)算呢？在 Keywords中有兩個(gè)關(guān)鍵詞 Reuse和 Continuation，它們有什么差異呢？ ...................................................................................................... 8 Q16：如果我在 Cleave 一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長方形的表面來呢？ .................................................................................................... 9 Q17：在使用 DMol 進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ ........................................................................ 9 Q18：如何使用 XRD 數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。在 Setup選項(xiàng)中，將 Automation中的 FF 和 Partial Charge 設(shè)置為 No。上述結(jié)構(gòu)表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為 0。 5．運(yùn)行 ./configure gateway (重新生成 Gateway 信息 ) 6． 進(jìn)入上級目錄，并運(yùn)行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動 gateway) 經(jīng)過上述步驟后， Gateway 的端口號即被改為 1XXXX。然后重新打開此文件，在此文件的基礎(chǔ)上進(jìn)行修改，然后在 .inp 文件中加入以下語句： rattle water waterType SPC tolerance 1e4 完成上述操作后，運(yùn)行此文件即可。下面是加了電場和沒加電場得到的數(shù)據(jù)對比： water No EF EF(Z) EF(X) Energy Dipole O Charge H Charge HOMO C nanocube No EF EF Energy Homo Q12，如何以 Standalone 方式運(yùn)行 Discover 作業(yè)？ A12， 在 MS 中完成 DMol 設(shè)置后，保存 Files，對于 MM 和 MD 有不同的處理方式，對 MM，需要上傳 .car 和 .inp 文件到 Linux 操作系統(tǒng)下，使用命令 dos2unix 將 .inp 文件轉(zhuǎn)換為 Unix 格式，再使用 Discover 安裝目錄 /bin/ seedname來運(yùn)行 MM 計(jì)算；對 MD 計(jì)算，需要上傳 .car、 .inp 和 .mdf 文件到 Linux 操作系統(tǒng)下，使用命令 dos2unixj 將 .inp 和 .mdf 文件轉(zhuǎn)換為 Unix 格式，再使用 Discover 安裝目錄 /bin/ seedname來運(yùn)行 MD 計(jì)算。在這里可以對相關(guān)設(shè)置進(jìn)行修改已開始其他的計(jì)算工作。另外，如果為了轉(zhuǎn)換晶胞 (如三斜轉(zhuǎn)換為正交，在 Cleave Surface 的時(shí)候需要對 Depth 特別注意，一定要讓上層原子和下層原子完全重合，然后再加 0A 的真空層。 使用 Lattice Parameter 將相應(yīng)的 Alpha、 Beta 和 Sigma 調(diào)整至合適角度。 ） COSMO 表面是環(huán)繞著溶質(zhì)分子，以不同原子為中心的球體表面重疊而成的。該參數(shù)不應(yīng)當(dāng)小于 ） 表面上電荷之間的靜電相互作用不僅決定于 片 斷而且也和格點(diǎn)有關(guān)系，這依賴于該參數(shù)設(shè)置的距離大小。此外，在計(jì)算密度時(shí)會用到 NPT 系綜，可以選擇各向同性的 Andersen 方法。這時(shí)候就要注意振動的模式了，如果只是某些鍵的扭轉(zhuǎn)，或者一些不大的平動，那么基本上就可以忽略過去了。方法如下：將 文件拷貝到 ~msi/ms/share/lib 下 ，解壓縮替換 ，修改該文件權(quán)限為 755，完成后即可。如果使用 10 個(gè)參數(shù)做一個(gè)簡單的計(jì)算就可以發(fā)現(xiàn)： 參數(shù)數(shù)目 操作 公式 none 10 無操作 n Binary Interaction 55 A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+ 2nC Simple Quadratic 20 A, B, C, A^2, B^2, and C^2 2n Full Quadratic 65 A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, and A*C 2n+ 2nC Simple Cubic 20 A, B, C, A^3, B^3, and C^3 2n Full Cubic 285 A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, A*C, A^3, B^3, C^3, A^2*B, A^2*C, B^2*A, B^2*C, C^2*A, C^2*B, and A*B*C 3n+3 2nC + 3nC 隨著復(fù)雜性的增加，參數(shù)數(shù)目的增長呈級數(shù)增長，這就導(dǎo)致了隨著參數(shù)增大的時(shí)候，所需要的內(nèi)存數(shù)目迅速增加。所需要的內(nèi)存、硬盤以及 CPU 計(jì)算時(shí)間如下表所示： 層數(shù) 原子數(shù) 計(jì)算時(shí)間 (S) 迭代次數(shù) 單 SCF 計(jì)算時(shí)間 (S) 總內(nèi)存 (MB) 硬盤空間 (MB) 2 4 21 4 8 22 6 12 23 8 16 23 16 32 27 相應(yīng)的計(jì)算時(shí)間、內(nèi)存、硬盤與原子數(shù)目關(guān)系如下圖所示： 注意： 由于 DFT 理論方法受計(jì)算資源的限制非常明顯，在計(jì)算大作業(yè)之前，最好能夠初步判斷一下 所需要的內(nèi)存和 CPU 時(shí)間，并盡可能調(diào)整計(jì)算參數(shù)和模型。也就是說，對較空的晶體可以采用 Real Space 來計(jì)算，而其他的體系最好還是用 Reciprocal space 來處理。 對于這個(gè)問題，可以按照以下方式進(jìn)行處理： 1. 如果使用圖形界面，則直接按下 Calculate 按鈕即可，程序會自動進(jìn)行處理的； 2. 如果要使用 Standalone 方式進(jìn)行計(jì)算，那么請按下 Calculate 按鈕，在出現(xiàn)相應(yīng)文件夾后， Stop 該工作，并將相 應(yīng)文件拷貝到 Linux 下，注意這時(shí)候需要使用“ seedname ”的方式 (加雙引號 )進(jìn)行修改。 如果要在 MD 后，還 需要進(jìn)行 Minimizer 優(yōu)化，文件格式如下所示： Minimization Section: minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = \ line_search_precision = \ cg \ convergence = \ line_search_precision = \ method = fletcher \ newton \ convergence = \ line_search_precision = \ max_atoms = 200 \ method = bfgs Write coordinate file: writeFile coordinate filename = 將坐標(biāo)文件輸出為 文件 readFile car file = 讀入 文件，讀入坐標(biāo)文件 Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ 設(shè)定溫度 ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } 將 坐標(biāo)文件輸出為 readFile history file = Minimization Section: minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = \ line_search_precision = \ cg \ convergence = \ line_search_precision = \ method = fletcher \ newton \ convergence = \ line_search_precision = \ max_atoms = 200 \ method = bfgs Write coordinate file: writeFile coordinate filename = 將坐標(biāo)文件輸出為 文件 Q40：如何用 Dmol3 計(jì)算 Overlay Matrix，并進(jìn)一步分析？ A40： 對于重疊矩陣，分析起來較為困難，關(guān)鍵在于計(jì)算出來的結(jié)果，其物理含義很難理解，下面我們將以 H2O 分子的重疊矩陣來解釋相關(guān)數(shù)據(jù)的物理含義。即sum(1S,22S,2P,3S,?? )。 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ A43： 三種方法 Atom Based、 Group Based 和 Ewald Summation 的介紹如下： Atom Based 為直接計(jì)算法，即直接計(jì)算原子對之間的非鍵相互作用，當(dāng)原子對超出一定距離（ cutoff distance）時(shí)，即認(rèn)為原子對之間相互作用為零。當(dāng)評價(jià)點(diǎn)電荷時(shí)，一定