【正文】 Scf_iterations 50Scf_diis 6 pulay Print optionsPrint eigval_last_it Calculated propertiesFrequency_analysis onQ7：？A7：，在文件最后能夠看到{print history}，將其改為{print archive}即可，如果只要輸出坐標(biāo)，那么可以采用 + coordinates關(guān)鍵詞。A4：在“控制面板 | 管理工具 | 服務(wù)”中，可以看到Accelrys License Server啟動(dòng)，首先將此服務(wù)設(shè)置為“禁用”，然后在“開始 | 運(yùn)行”中鍵入“Regedit”命令，查找“License Server”，多選項(xiàng)只選擇“項(xiàng)”，然后進(jìn)行查找，將“Server”目錄下的“Accelrys License Server”全部刪除。注意：在具有周期邊界條件的體系中，在Nobond中，選擇Summation方式為Ewald（考慮分子間長程作用）然后進(jìn)行計(jì)算才能正確生成能量表達(dá)式，其他方式計(jì)算可能會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤發(fā)生（分母為零）。(null)39。) failed : array services not available，怎么解決？ 14Q29：MS的GFA是怎么對參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān)系？ 14Q30：DFT方法對計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ 15Q31：為什么當(dāng)DMol3在我機(jī)器上運(yùn)行過的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：floatingpoint assist fault？ 16Q32：在使用DMol3算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ 16Q33：在Castep模塊中，Electronic中的Pseudopotential representation，有Real Space和Reciprocal space，如何取舍？ 17Q34：如何從Discover的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ 17Q35：我使用的是Standalone方式進(jìn)行Castep和DMol3計(jì)算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ 17Q36：DMol中有TS Conformation也有TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來搜索過渡態(tài)？ 17Q37：在使用CASTEP進(jìn)行過渡態(tài)（TS）搜索時(shí)，當(dāng)用reaction preview產(chǎn)生一個(gè)軌跡文件之后，對該軌跡文件進(jìn)行TS search 運(yùn)算時(shí)，在本機(jī)直接計(jì)算可以進(jìn)行，但是進(jìn)行save files時(shí)，卻無法完成提示Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. 18Q38：在Castep中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ 18Q39：如何在Discover中使用BTCL語言進(jìn)行多步MD計(jì)算？ 18Q40：如何用Dmol3計(jì)算Overlay Matrix，并進(jìn)一步分析？ 21Q41：如何使用Castep程序計(jì)算IR振動(dòng)，為什么計(jì)算老是說不收斂？ 22Q42：為什么我在手工使用Castep計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時(shí)候，程序始終提示沒有Check文件？ 22Q43：Discover的Nonbond中Summation的三種方法有什么區(qū)別？ 22Q44：Castep中的Empty Band有何用處？怎么設(shè)置？ 24Q45：CASTEP中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ 24Q46：如何在MS中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？ 26Q47：如何在DMol3中顯示大于999號(hào)軌道的Homo和Lumo軌道？ 26Q1：為什么使用Discover進(jìn)行Dynamics計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn)Pressure等于0，而Stress的XX、YY、ZZ方向?yàn)?GPa的情況？A1：這是由于在進(jìn)行Dynamics計(jì)算時(shí)，選用的Ensemble不相同，如果選用了Parrinello方法，將使用Stress來進(jìn)行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的Stress與外部Pressure相等。 Q3：如何在CASTEP計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？A3：CASTEP計(jì)算中只支持Fraction坐標(biāo)，不支持Coordinate坐標(biāo)。重新啟動(dòng)機(jī)器。完成后運(yùn)行即可。Q9，如何使用Standalone方式運(yùn)行DMol程序？A9：在MS中完成DMol設(shè)置后，保存Files。打開Input文件，找到下面一行文件： Cartesian constraintsOpt_fixed1 XYZ其中，XYZ表示對XYZ坐標(biāo)都進(jìn)行限制，如果只沿著Z方向進(jìn)行優(yōu)化，那么要將這一行改為1 XY，保存文件，并Run Files就可以了。用已經(jīng)部分優(yōu)化了的幾何構(gòu)型重新交作業(yè)；使用的是最后一楨優(yōu)化過的結(jié)構(gòu)，能夠接著上面的工作繼續(xù)開始優(yōu)化，但是第一次SCF計(jì)算過程會(huì)比較長一些，因?yàn)橐浪闶芰η闆r，接下來就進(jìn)入了正常計(jì)算部分。首先，將晶體的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)拷貝到Word中，使用“表格 | 轉(zhuǎn)換 | 文本轉(zhuǎn)換為表格”，將文本轉(zhuǎn)換為表格形式。溶質(zhì)的電荷分布會(huì)使電介質(zhì)發(fā)生發(fā)生極化，而電介質(zhì)的響應(yīng)則用孔穴表面所產(chǎn)生的屏蔽（或者極化）電荷來描述。）程序?qū)⒏顸c(diǎn)分配給不同的片斷，并在不同的片斷上加屏蔽電荷，電荷個(gè)數(shù)等于片段數(shù)。COSMO_RadCorr_Incr （用來構(gòu)造外部孔穴，以進(jìn)行遠(yuǎn)離中心的電荷校正）注意，該參數(shù)用于構(gòu)造Cosmo孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行COSMO_RS關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。Q24：怎么樣能讓CASTEP在并行計(jì)算時(shí)更有效？A24：CASTEP是按照兩種方式來并行計(jì)算的，分別為G Vectors和K Points并行。如果不打補(bǔ)丁，那么請修改~msi/ms/share/bin/，將globmemory 8000000改大即可。如果還是不行，那么還可以在安裝License文件后使用以下命令來檢查license文件的合法性，為(License )： source ~msi/License_Pack/msi_lic_cshrc lmstat （查看當(dāng)前l(fā)icense文件是否能夠正常運(yùn)行） license_verifier (查看當(dāng)前License文件的合法性，如果有問題，會(huì)有提示)注意上述兩個(gè)命令使用后所出現(xiàn)的結(jié)果，并詳細(xì)檢查License文件格式。Q30：DFT方法對計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？A30：使用DFT理論計(jì)算時(shí)，使用的Ψ與電子密度成正比，也就是說，在求解薛定諤方程時(shí)，計(jì)算量和電子數(shù)目的立方成正比。 內(nèi)存/原子數(shù)平方硬盤/原子數(shù)平方計(jì)算量/原子數(shù)立方Q31：為什么當(dāng)DMol3在我機(jī)器上運(yùn)行過的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：floatingpoint assist fault？A31：在IA64機(jī)器上，會(huì)出現(xiàn)此類錯(cuò)誤，需要在安裝軟件的用戶登錄腳本(.profile, .bash_profile, .login)中，加入以下語句： prctl fpemu=silent這樣在運(yùn)行作業(yè)的時(shí)候，就不會(huì)出現(xiàn)上述錯(cuò)誤了。一般我們使用DMol搜索過渡態(tài)的流程是這樣的：1． 構(gòu)造反應(yīng)物和產(chǎn)物分子，并使用DMol計(jì)算這兩個(gè)結(jié)構(gòu)的最佳構(gòu)型（需要計(jì)算頻率使體系無虛頻，如果有部分結(jié)構(gòu)固定，則可以忽略頻率驗(yàn)證部分）；2． 使用Reaction Preview工具設(shè)計(jì)可能的反應(yīng)路徑，首先要保證化學(xué)上的合理性；3． 使用TS Search搜索可能反應(yīng)路徑中的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)，此時(shí)需要計(jì)算頻率，通過振動(dòng)方式來判斷該過渡態(tài)是否真正一階鞍點(diǎn)，是否連接反應(yīng)物與產(chǎn)物；4． 通過TS Conformation來判斷反應(yīng)路徑上是否有其他中間體與過渡態(tài)，如果有，那么需要對新的中間體進(jìn)行優(yōu)化，并重復(fù)使用24的過程進(jìn)一步進(jìn)行搜索，以判斷體系的真正反應(yīng)路徑。在該文件中，每一個(gè)數(shù)據(jù)都是經(jīng)過了標(biāo)準(zhǔn)化處理，表示的單位為e/A^3，即每個(gè)A^3中電子的數(shù)目，對整個(gè)體系積分之后，體系的總電子數(shù)與計(jì)算體系的外層價(jià)電子數(shù)目相等。在“軌道伸展方向”一欄表明不同軌道的伸展方向，例如2Pxy或者2Pxz等。在DMol3 ，默認(rèn)的Population Analysis里面已經(jīng)有Bond_Order分析了，在早版本的DMol中，可能需要關(guān)鍵詞:Bond_Order onQ41：如何使用Castep程序計(jì)算IR振動(dòng)，為什么計(jì)算老是說不收斂？A41：Castep程序通過線形相應(yīng)方法來計(jì)算體系對于外界電場的擾動(dòng)，不過在Castep中需要采用考慮全電子的NormConserivng基組，同時(shí)在固定電子能帶的情況下才能夠計(jì)算體系的IR光譜。Group Based大多數(shù)的分子力場都包括了每個(gè)原子之間點(diǎn)電荷的庫侖相互作用。當(dāng)nonbond Cutoff使用基于原子原子基組時(shí)，就可能發(fā)生，會(huì)人為將偶極劈裂為兩個(gè)“假”的單極（當(dāng)一個(gè)偶極原子在Cutoff內(nèi)，另一個(gè)在其外）。原因在于無限的晶格內(nèi)，Cutoff方法會(huì)產(chǎn)生較大的誤差。Q44：Castep中的Empty Band有何用處？怎么設(shè)置？A44：在固體能帶理論中，薛定格方程和晶體的空間群聯(lián)系起來，可以發(fā)現(xiàn)晶體電子Hamilton算符H與空間群S是對易的，也就是[H，S(R)]=0。這時(shí)候設(shè)置Empty Band，則表明需要在Fermi面以上增加空帶數(shù)。Q46：如何在MS中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？A46：目前在MS中，可以通過以下幾種方式對原子進(jìn)行約束，首先是固定原子坐標(biāo)，對于DMolDiscover、Forcite需要固定XYZ坐標(biāo)；對于Castep則需要固定分?jǐn)?shù)坐標(biāo)。由于該軌道所給出的是最小電子密度分布，所以非常不規(guī)則，需要我們手動(dòng)去調(diào)整。在IsoValue中調(diào)整調(diào)整相關(guān)數(shù)值，以改變軌道形狀。對DMolDiscover和Forcite，直接計(jì)算就可以了。而Band 。由BornKarman條件，BZ內(nèi)有N3個(gè)波矢，當(dāng)N甚大時(shí)可看成連續(xù)的（N應(yīng)該是最小的元胞數(shù)）。Ewald計(jì)算量較大，為o(N^3/2),體系較大時(shí)，會(huì)占用較多的內(nèi)存并花費(fèi)較長的時(shí)間。為了避免這種人為現(xiàn)象，Materials Studio引入了在Charge Groups之上的Cutoff。點(diǎn)電荷實(shí)際上反映了分子中不同原子的電負(fù)性。如果在50步范圍之內(nèi)未收斂，可以通過在SCF中調(diào)大迭代步數(shù)，或者將Density Mixing的Spin值調(diào)大的方式來幫助體系收斂。如果要考察不同原子，如O原子本身的重疊電子密度以及OH間的重疊電子密度，則需要考慮不同軌道重疊的具體情況。Q39：如何在Discover中使用BTCL語言進(jìn)行多步MD計(jì)算？A39：如果只是進(jìn)行MD計(jì)算，可以仿照下列格式進(jìn)行： Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ 溫度選項(xiàng) deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } ，readFile history file = frame = 11 讀入histroy文件，第11楨 Dynamics Section: dynamics \ time = \ timestep = \ initial_temperature = \ ensemble = NVT \ temperature_control_method = andersen \ collision_ratio = \ temperature = \ deviation = \ execute frequency = \ mand = {print history file = } ，注意，需要手動(dòng)生成car文件。如果優(yōu)化出來的過渡態(tài)與反應(yīng)物分子非常相近，那么有可能是因?yàn)閯菽苊孑^為復(fù)雜，在反應(yīng)物附近就有能量較低的一階鞍點(diǎn)，造成優(yōu)化失