生物信息學(xué)軟件介紹(完整版)
【正文】 基因及其結(jié)構(gòu)和功能 ? 對 CDS（ Coding Sequence）蛋白編碼區(qū)的預(yù)測準確率已達到 90%以上 ? 對整個基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測存在一定難度 ? PWM（位置權(quán)重矩陣）算法 由物化原理技術(shù)開發(fā)，側(cè)重于找基因表達系統(tǒng)和核酸相互作用的位點。 DNASIS 蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 目前應(yīng)用的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的算法 1. 同源預(yù)測 (一級結(jié)構(gòu)決定高級結(jié)構(gòu) ) 2. 結(jié)構(gòu)與結(jié)構(gòu)相對比（ DALI算法） 3. 當(dāng)前最先進的結(jié)構(gòu)預(yù)測方法： 結(jié)構(gòu)類識別（ fold recognition） 先建立一個已知的結(jié)構(gòu)類數(shù)據(jù)庫 （ fold library)， 將待測序列 “ 穿過 ” 該數(shù)據(jù)庫構(gòu)成的坐標 ， 并根據(jù)事先確定的物理限制 ， 逐個位置移動 （ t h r e a d i n g， s e q u e n c e s t r u c t u r e alignment) ， 由一個函數(shù) （ sequencestructure fitness alignment) 判斷序列與結(jié)構(gòu)類的符合程度 ， 找出未知序列在目標結(jié)構(gòu)上的能量最優(yōu)和構(gòu)象最穩(wěn)固的比對位置 。 ? 引物所對應(yīng)模板序列的 Tm值最好在 72℃ 左右，當(dāng)然由于模板序列本身的組成決定其 Tm值可能偏低或偏高，可根據(jù)具體情況靈活運用。 如 Dot Plot (點陣序列比較 ) ? 同源性指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個基因或蛋白質(zhì)序列具而共同祖先的結(jié)論，屬于質(zhì)的判斷。 ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)的能量一般不要超過 ，否則容易產(chǎn)生引物二聚體帶而且會降低引物濃度從而導(dǎo)致 PCR正常反應(yīng)不能進行 。 引物設(shè)計 需要考慮的因素 引物設(shè)計要點 ? 一般引物的長度為 1623bp， 常用的長度為 1821bp， 過長或過短都不合適 。 ? X射線晶體學(xué)技術(shù)和多維核磁共振技術(shù)是當(dāng)前人們認識蛋白高級結(jié)構(gòu)的主要手段，但兩種技術(shù)都有不足之處。生物信息學(xué)軟件及使用技巧 劉吉平 內(nèi)容概要 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡介 1. 分析和處理實驗數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進度，縮短科研時間 2. 提示、指導(dǎo)、替代實驗操作，利用對實驗數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計下一階段的實驗
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