【正文】 釋的一個重要方面 [13]。具體操作方法將根據(jù)上述各個軟件上“ Help”文件進行，基因在染色體上的定位分析根據(jù)網(wǎng)頁上的操作說明進行。 Restriction Enzyme Map: 1 ATGAACGCGAAAGTGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGACCGCGCTGTGCCTGAGCGATGGCAAACCGGTGAGCCTGAG 80 1 TACTTGCGCTTTCACCACCACCACGACCACGACCACGACTGGCGCGACACGGACTCGCTACCGTTTGGCCACTCGGACTC 80 TspDTI MwoI Bpu10I AgeI Bpu10I HpyF10VI BsaWI BseMII BsrFI BspCNI BseMII BspCNI 81 CTATCGTTGCCCGTGCCGTTTTTTTGAAAGCCATGTGGCGCGTGCGAACGTGAAACATCTGAAAATTCTGAACACCCCGA 160 81 GATAGCAACGGGCACGGCAAAAAAACTTTCGGTACACCGCGCACGCTTGCACTTTGTAGACTTTTAAGACTTGTGGGGCT 160 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 6 頁 共 45 頁 BceAI HpyF10VI Cac8I ApoI BbvI HphI MwoI 161 ACTGCGCGCTGCAGATTGTGGCGCGTCTGAAAAACAACAACCGTCAGGTGTGCATTGATCCGAAACTGAAATGGATTCAG 240 161 TGACGCGCGACGTCTAACACCGCGCAGACTTTTTGTTGTTGGCAGTCCACACGTAACTAGGCTTTGACTTTACCTAAGTC 240 BssHII HgaI AlwI Hpy188III Cac8I PstI SfcI 241 GAATATCTGGAAAAAGCGCTGAACAAACGTTTTAAAATG 279 241 CTTATAGACCTTTTTCGCGACTTGTTTGCAAAATTTTAC 279 Hpy188III HaeII AclI AfeI DraI 圖 SDF1的 cDNA限制性酶譜分析 ⑶ 從 NCBI查詢 SDF1基因在人類基因組中的定位 基因組的定位分析顯示，該基因定位在第 10 號染色體長臂的第一區(qū)第一亞區(qū)，第 2 小區(qū)內(nèi)。 Amino Acid Number Mol% Met M 0 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 10 頁 共 45 頁 Asn N 7 Pro P 4 Gln Q 3 Arg R 5 Ser S 3 Thr T 1 Val V 5 Ala A 5 Cys C 4 Asp D 1 Glu E 3 Phe F 2 Gly G 0 His H 2 Ile I 4 Lys K 7 Leu L 8 Trp W 1 Tyr Y 2 表 2： SDF1α蛋白的氨基酸組成 protein:Length = 67 amino acids Molecular Weight = Daltons 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 11 頁 共 45 頁 圖 32 SDF1α A鏈氨基酸組成分析圖 ⑵ 利用 BioEdit對蛋白進行親疏水性分析 基于 BioEdit 軟件的親疏水性分析的計算方式，基線上方 + 以上代表親水性，基線下方 以下代表疏水性。 EGFP蛋白被激發(fā)出綠色熒光。該蛋白的三維分子結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)一個典型的希臘鑰匙狀結(jié)構(gòu)。 CDLength = 59 residues, % aligned Score = bits (99), Expect = 1e05 Query: 10 PCRFFESHVARANVKHLKILNTPNCALQIVARLKNNNRQVCIDPKLKWIQEYLEKAL 66 Sbjct: 1 CCLKYTSKPIPPKNIKSYRVQEAGGHCSIPAVIFTTKKGRKVCADPKEPWVKDLIQKLD 59 gnl|CDD|25294：“ SCY”， Intercrine alpha 家族 (小分子細胞因子 CXC)。 圖 310： SDF1α A 鏈 EML 分析結(jié)果 Elm Name Positions Elm Description Cell Compartment Pattern CLV_PCSK_SKI1_1 2428 Subtilisin/kexin isozyme1 (SKI1) cleavage site ([RK]X[hydrophobic][LTKF]|X) Golgi apparatus, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum [RK].[AILMFV][LTKF]. LIG_CtBP 26 PxDLS motif that interacts with the CtBP protein nucleus [PG][LVIPME][DENS]L[VASTRGE] 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 24 頁 共 45 頁 LIG_CYCLIN_1 2428 Substrate recognition site that interacts with cyclin and thereby increases phosphorylation by cyclin/cdk plexes. Predicted protein should have the MOD_CDK site. Also used by cyclin inhibitors. nucleus, cytoplasm [RK].L.{0,1}[FYLIVMP] LIG_PDZ_3 5962 Class III PDZ domains binding motif cytoplasm, membrane, plasma membrane .[DE].[IVL] LIG_SH2_STAT5 6164 STAT5 Src Homology 2 (SH2) domain binding motif. not annotated Y[VLTFIC].. LIG_WW_4 2833 Class IV WW domains interaction motif。 POS表示各氨基酸在 SEQRES 源性序列中的位置， SEQ 表示用一個字母表示 SEQRES 源性， SCORE 表示保守分值， 3LATOM 表示三密碼中的 ATOM 源性序列，包括氨基酸在 PDB 數(shù)據(jù)庫中的位置和鏈鑒定器， COLOR 表示保守值（ 9 個保守 ,1個可變 )，MSA DATA 表示各位點總氨基酸中的氨基酸匹配序列數(shù)（非間歇）， RESIDUE VARIETY 表示各位點多序列比對殘基變數(shù)。 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 32 頁 共 45 頁 CHARGE of unknown from 1 to 67: window 5 Position Charge Position Charge 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 33 頁 共 45 頁 55 56