rna及rna二級(jí)結(jié)構(gòu)的理論知識(shí)(存儲(chǔ)版)
【正文】 在堿基堆積作用下，使單鏈結(jié)構(gòu)其中個(gè)別區(qū)段借助堿基的互補(bǔ)配對(duì)，將自身折疊并且形成一個(gè)短的雙螺旋區(qū)。生物RNA分子中共有四種不同的核苷酸，它們按照不同順序排列在一起就形成RNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)。假結(jié)，在RNA分子結(jié)構(gòu)中一般包含兩種假結(jié)的形式：一種叫做平面假結(jié)，是在RNA分子結(jié)構(gòu)中環(huán)結(jié)構(gòu)上和環(huán)結(jié)構(gòu)外區(qū)域的堿基配對(duì)，能夠以平面圖形的表示的形式假結(jié)形式；跟前者相反的另外一種情況被稱為非平面假結(jié)。因此，當(dāng)對(duì)某種RNA基本情況有所了解后，研究者就可根據(jù)給出的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)問題做出相對(duì)準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)。假設(shè)每一個(gè)可能的雙鏈區(qū)用袋子里的彈珠來表示。在各種可能結(jié)構(gòu)之間找最小自由能結(jié)構(gòu)是預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)最常用的方法，而通過研究體外少核苷酸穩(wěn)定性可以得到基本結(jié)構(gòu)的自由能數(shù)據(jù)。RNA分子中這些協(xié)同變異模式是RNA二級(jí)機(jī)構(gòu)的一種表現(xiàn)，課件預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)。其中較有影響的軟件Mfold采用的就是最近鄰能量規(guī)則，也被稱為環(huán)依賴的能量規(guī)則。一個(gè)環(huán)可能包含0,1或多個(gè)堿基對(duì)。如果單堿基r或者堿基對(duì)I’.k’滿足條件ii’(k’)k，pi’(k’)qk，則成r或I’.k’。最小自由能RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)被劃分為莖區(qū)，外環(huán)，凸環(huán)，內(nèi)環(huán)，發(fā)卡環(huán)以及多分枝環(huán)等。發(fā)現(xiàn)序列中堿基配對(duì)的區(qū)域在rna分子進(jìn)化的同時(shí)發(fā)生改變，使結(jié)構(gòu)的完整度能以維持。堿基配對(duì)有三種形式：GC、AU、GU，他們中間分別有3個(gè)，2個(gè)跟1個(gè)氫鍵。馬丁內(nèi)斯列出了可能雙鏈區(qū)，并利用計(jì)算波磁慢函數(shù)給出之前所指區(qū)域在它平衡常量里的比例，這里的△G是這些區(qū)域里的自由能，r為氣體常數(shù)，t是溫度。此外，RNA的分子結(jié)構(gòu)還有一個(gè)相似性的特點(diǎn)，就是在各同源RNA當(dāng)中，通常它的二級(jí)結(jié)構(gòu)都是不自覺接受或相像；但是相似存在這個(gè)特性幾乎不會(huì)出現(xiàn)在一級(jí)結(jié)構(gòu)上。所謂環(huán)結(jié)構(gòu)，在RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)示意圖中，我們根據(jù)圖形與實(shí)物的比較，很容易找出幾種形象的環(huán)形結(jié)構(gòu)，它們有：發(fā)卡環(huán)、膨脹環(huán)、。 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的特征生物RNA的分子結(jié)構(gòu)分別有一級(jí)、二級(jí)、三級(jí)和四級(jí)四種，其中四級(jí)結(jié)構(gòu)最復(fù)雜
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