轉(zhuǎn)錄組rnaseq術(shù)語解釋(存儲(chǔ)版)
【正文】 （基因型）或者是其它有遺傳結(jié)構(gòu)的群體作為樣本，運(yùn)用QTL分析方法分析特定基因轉(zhuǎn)錄豐度差異而得到的一些遺傳區(qū)域，轉(zhuǎn)錄豐度用于作為個(gè)體中基因表達(dá)水平的衡量方式，并且作為一個(gè)性狀來分析（e Trait）。48. KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因產(chǎn)物和化合物在細(xì)胞中的代謝途徑以及這些基因產(chǎn)物的功能的數(shù)據(jù)庫。47. Nr(NCBI nonredundant protein sequences)是NCBI官方的蛋白序列數(shù)據(jù)庫，它包括了 GenBank基因的蛋白編碼序列，PDB(Protein Data Bank)蛋白數(shù)據(jù)庫、SwissProt蛋白序列及來自PIR（Protein Information Resource）和PRF（Protein Research Foundation）等數(shù)據(jù)庫的蛋白序列。網(wǎng)址：。正是由于非模板鏈的堿基序列實(shí)際上代表了 mRNA的堿基序列（只不過在mRNA中T換成了U），因此非模板鏈又被稱為編碼鏈（ coding strand）,有義鏈（sense strand）和克里克鏈(crick strand)，而用來轉(zhuǎn)錄mRNA的DNA鏈被稱為非編碼鏈（anticoding strand）或反義鏈（antisense strand）或沃森鏈(watson strand)。其共同特點(diǎn)是都能從基因組上轉(zhuǎn)錄而來，不需要翻譯成蛋白即可在 RNA 水平上行使各自的生物學(xué)功能。33. ponentTRINITY 軟件拼接過程中，由于contig的構(gòu)造方法，使得各個(gè)contig之間不可能共享k個(gè)以上序列，因此這些 inchwormcontigs不能很好的表征各種可變剪切形式和同源基因等情況，軟件中“chrysalis”這一步驟將那些有重疊的contigs聚類，構(gòu)成ponents。越接近1，說明兩個(gè)重復(fù)樣品相關(guān)性越強(qiáng)。24. 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本（DifferentiallyExpressed Transcript，DET）指表達(dá)水平存在顯著差異的轉(zhuǎn)錄本。19. SNP（Single Nucleotide Polymorphism）即單核苷酸多態(tài)性，主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。15. ORF（open reading frame）開放閱讀框或開放讀碼框。端可變剪接。（Exon skipping）外顯子在前體mRNA剪接形成成熟mRNA過程中被跳過，最終沒有出現(xiàn)在某些成熟mRNA上，這種剪接機(jī)制被稱為外顯子跳躍。通過控制FDR來決定P值的閾值。RNASeq名詞解釋測序的標(biāo)簽，用于測定混合樣本，通過每個(gè)樣本添加的不同標(biāo)簽進(jìn)行數(shù)據(jù)區(qū)分，鑒別測序樣品。（False Discovery Rate）即錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率，定義為在多重假設(shè)檢驗(yàn)過程中，錯(cuò)誤拒絕(拒絕真的原(零)假設(shè))的個(gè)數(shù)占所有被拒絕的原假設(shè)個(gè)數(shù)的比例的期
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