第十章微生物分類及鑒定幫助你理清基本概念，規(guī)律(存儲(chǔ)版)
【正文】 mol%： 若二個(gè)在形態(tài)及生理生化特性方面及其相似的菌株，如果其G+C含量的差別大于5%，則肯定不是同一個(gè)種，大于15%則肯定不是同一個(gè)屬。 分析譜系? 探針雜交: RNA探針。? 在16SrRNA (18SrRNA)分子中，高度保守、中度保守和高度變化的序列區(qū)域，適用于進(jìn)化距離不同的各類生物親緣關(guān)系的研究；? 16SrRNA (18SrRNA)分子量大小適中，在細(xì)胞中含量大(約占細(xì)胞中RNA的90%)，便于分析。6. 化學(xué)分類特征： (1). CW組分分析(目前主要應(yīng)用于放線菌)： 根據(jù)放線菌細(xì)胞壁的化學(xué)組成和全細(xì)胞水解液糖型，將放線菌CW分為9型。數(shù)值分類最低等級(jí)的分 類單位稱操作分類單位(OUT, operational taxonomic unit)，OTU可以是菌株， 也可以是種或?qū)俚取? 奠定了微生物鑒定的快速、準(zhǔn)確、自動(dòng)化的基礎(chǔ)。? 自動(dòng)輸出鑒定結(jié)果。取代等級(jí)分類中特征對(duì)于分類的不同水平，數(shù)值分類在對(duì)于所有的特征都等量處理的基礎(chǔ)上，進(jìn)行生物之間的相似性的比較。Carl Woese的rRNA進(jìn)化樹完美無缺？隨著越來越多的微生物的全基因組序列的測(cè)定，人們發(fā)現(xiàn)生物在進(jìn)化中存在著非常廣泛的水平基因轉(zhuǎn)移現(xiàn)象，很多科學(xué)家都認(rèn)為不能僅靠對(duì)16SrRNA的序列比較來確定生物之間的親緣關(guān)系，還必須借助各種信息對(duì)這個(gè)進(jìn)化樹進(jìn)行改進(jìn)。在眾多的生物大分子中，最適合于揭示各類生物親緣關(guān)系的是rRNA，尤其是小核糖體亞單位RNA (16S rRNA, 18S rRNA)。限制性內(nèi)切酶消化174。對(duì)于屬以上分類單元的分類或鑒定效果較差。酶聯(lián)免疫等抗原性組分:全細(xì)胞、細(xì)胞壁、鞭毛、莢膜或粘液層、純化的蛋白質(zhì) (以比較不同細(xì)菌同源蛋白質(zhì)之間的結(jié)構(gòu)相似性) 。芽孢(有無芽孢、形狀、著生位置、孢囊是否膨大)孢子(孢子形狀、著生位置、數(shù)量及排列)。 科(以及高于科的分類單元)的命名模式是模式屬.(3). 新名稱的合格發(fā)表: 國際細(xì)菌命名法規(guī)規(guī)定,對(duì)于一個(gè)新名稱的有效發(fā)表,必須在International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)上發(fā)表, 或其他雜志發(fā)表后，必須向IJSEM遞交論文拷貝，同時(shí)將該菌株培養(yǎng)物保存在美國ATCC或德國DSMZ。由于type一詞既代表型又可代表模式 ，為避免混淆，現(xiàn)在對(duì)表示型的詞作了修改，用var代替type。(4). 科(family): 系統(tǒng)分類中，把具有某些共同特征或相關(guān)的屬歸為更高一級(jí)的分類單元稱為科。 微生物的種：菌株的一個(gè)集合，這批菌株有許多共同穩(wěn)定特征，并與其他類菌株有顯著區(qū)別。命名(nomenclature)：給予分類類群單元與公布規(guī)則相符的名稱.2. 分類單元及其等級(jí)分類單元(taxon,復(fù)數(shù)taxa)：是指具體的分類群，如： 原核生物界(Procaryotae)、桿菌科(Enterobacteriaceae)、 枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)等都分別代表一個(gè)分類單元。當(dāng)某一個(gè)種內(nèi)的不同菌株存在少數(shù)明顯而穩(wěn)定的變異特征或遺傳性狀而又不足以區(qū)分成新種時(shí)，可以將這些菌株細(xì)分成兩個(gè)或更多的小的分類單元亞種。純培養(yǎng)(pure culture): 單一微生物細(xì)胞繁殖產(chǎn)生的培養(yǎng)物.(6). 菌株(strain)：在一個(gè)特定分類學(xué)中至少與其他一些群體是可以區(qū)別的生物群體。如《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》第一版中，主要根據(jù)表型特征將全部原核生物分為33組。例如：Pyrococcus furiosus (猛烈火球菌)是一個(gè)新發(fā)表的種。(1)營養(yǎng)類型: 光能自養(yǎng)、光能異養(yǎng)、化能自養(yǎng)、化能異養(yǎng)及兼性營養(yǎng)型(2)對(duì)氮源的利用能力: 對(duì)蛋白質(zhì)、蛋白胨、氨基酸、含氮無機(jī)鹽、N2等的利用(3)對(duì)碳源的利用能力: 對(duì)各種單糖、雙糖、多糖以及醇類、有機(jī)酸等的利用(4)對(duì)生長因子的需要: 對(duì)特殊維生素、氨基酸等的依賴性(5)需氧性: 好氧、微好氧、厭氧及兼性厭氧 (6)對(duì)溫度的適應(yīng)性: 最適、最低及最高生長溫度及致死溫度(7)對(duì)pH的適應(yīng)性: 在一定pH條件下的生長能力及生長的pH范圍 (8)對(duì)滲透壓的適應(yīng)性: 對(duì)鹽濃度
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