常用分子生物學(xué)軟件講解(存儲(chǔ)版)
【正文】 于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（ Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。 RasMol ，基本操作簡單，運(yùn)行非常迅速，對(duì)機(jī)器的要求較低，對(duì)小的有機(jī)分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或 RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。 Cn3D ?而 Cn3D主要的特點(diǎn)是能夠?qū)蓚€(gè)蛋白放在一起直觀地進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過 VAST對(duì)準(zhǔn)得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣， Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的 Blast搜索引擎直接訪問 Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。分辨率最大可達(dá) 1280*1024。 Redsoft Plasmid ? Redasoft Plasmid 的設(shè)計(jì)是用來幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級(jí)質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖，Redasoft Plasmid 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個(gè)清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他 Windows應(yīng)用程序。自動(dòng)標(biāo)記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊。 PCMolecule ? PCMolecule 是觀察三維分子結(jié)構(gòu)的軟件，能夠觀察以 .mcm格式保存的三維分子。它可以對(duì)電泳圖譜進(jìn)行半定量分析，識(shí)別掃描得到的 WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個(gè)難得的好軟件。 Cn3D ?與其他的類似軟件，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比 Rasmol和 Weblabview要差一些。 RasMol ? RasMol Glaxoamp。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由 Turner實(shí)驗(yàn)室獲得。 結(jié)構(gòu)域（ motif）查找 ? Primer Premier 的結(jié)構(gòu)域查找功能與它的引物設(shè)計(jì)一樣強(qiáng)，結(jié)果能以圖形、表格、序列三種方式輸出。 ?多序列比較在分子生物學(xué)中是一個(gè)基本方法，用來發(fā)現(xiàn)特征序列，進(jìn)行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測新序列二級(jí)結(jié)構(gòu)與三級(jí)結(jié)構(gòu)，確定 PCR引物，以及在分子 進(jìn)化分析方面均有很大幫助， Clustal X很適合這些方面的要求。 Analysis Workbench, MACAW)是一個(gè)用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。 Primer ? 顧名思義，該軟件就是用來進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。 ? 包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行 DNA、 RNA、蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。 綜合軟件 Omiga ? Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計(jì)的功能。較常使用軟件： Reference Manager 1. Reference Manager 可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索 PubMed和 609個(gè) ,同時(shí)保存查找的資料為本地
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