常用分子生物學(xué)軟件講解(文件)
【正文】 進化分析方面均有很大幫助， Clustal X很適合這些方面的要求。只是該軟件由于功能太強，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細的使用幫助，認真研究后，應(yīng)該沒有問題。 結(jié)構(gòu)域（ motif）查找 ? Primer Premier 的結(jié)構(gòu)域查找功能與它的引物設(shè)計一樣強，結(jié)果能以圖形、表格、序列三種方式輸出。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由 Turner實驗室獲得。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。 RasMol ? RasMol Glaxoamp。尚無在功能上出其右者。 Cn3D ?與其他的類似軟件，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比 Rasmol和 Weblabview要差一些。推薦軟件： Seqverter Seqverter ?使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。它可以對電泳圖譜進行半定量分析，識別掃描得到的 WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個難得的好軟件。 向數(shù)據(jù)庫遞交序列的 Sequin ?向數(shù)據(jù)庫遞交序列 Sequin 能向 GenBank、 EMBL、 DDBJ三大核酸序列庫遞交序列。 PCMolecule ? PCMolecule 是觀察三維分子結(jié)構(gòu)的軟件，能夠觀察以 .mcm格式保存的三維分子。新增的 web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。自動標(biāo)記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊。 TreeView ? Tree View是用來生成與打印進化樹的軟件，它可以讀取 NEXUS與 PHYLIP生成的進化樹格式文件，生成進化樹 ,并輸出到打印機。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他 Windows應(yīng)用程序。 Redasoft Plasmid ?片段的刪除和插入完全模擬克隆實驗并和其他圖形兼容。 Redsoft Plasmid ? Redasoft Plasmid 的設(shè)計是用來幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖，Redasoft Plasmid 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖?？梢栽诰€直接發(fā)送，也可以生成相應(yīng)格式文件，以 形式發(fā)送。分辨率最大可達 1280*1024。另外，它可在線升級以讀寫更多格式文件。 Cn3D ?而 Cn3D主要的特點是能夠?qū)蓚€蛋白放在一起直觀地進行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過 VAST對準得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣， Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的 Blast搜索引擎直接訪問 Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。 RasMol ，基本操作簡單，運行非常
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