蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)原理(1)-免費(fèi)閱讀
【正文】 卡通圖形 更為常見的一種圖形，通常突出某些部分的結(jié)構(gòu)，如 α螺旋、 β折疊、扭曲彎折 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)給出的信息或內(nèi)容 多肽鏈骨架所有的二級結(jié)構(gòu)情況 類型 出現(xiàn)百分?jǐn)?shù) 空間相對排列順序與位置關(guān)系 側(cè)鏈殘基在蛋白質(zhì)深部與表面的分布規(guī)律 空間 3維的排列與分布 三級結(jié)構(gòu) 4方面特征規(guī)律 ； ，并且 電荷的分布相間又常不均勻，以保證出現(xiàn)最大的相 互作用，一旦在分子內(nèi)部出現(xiàn)電荷便意味著是分子 功能發(fā)揮具重要意義的殘基 ； ， 這是疏水力驅(qū)使的必然結(jié)果 ； ，以 避免穩(wěn)定自由能的損失，包括表面上與水分子或溶 劑的氫鍵、蛋白質(zhì)分子內(nèi)部各極性基團(tuán)間的氫鍵、 和鄰近肽鏈骨架上基團(tuán)形成的氫鍵等 。 無規(guī)則卷曲結(jié)構(gòu)中， β 轉(zhuǎn)角 比較常見。 而構(gòu)像的改變， 并沒有化學(xué)鍵（氫鍵除外）的斷裂和手性的改變 ，例如蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)就是肽鏈圍繞 NCα健和 CαC健旋轉(zhuǎn)的結(jié)果。 構(gòu)型 —— 是指分子在立體異構(gòu)體種的取代原子或集團(tuán)以共價鍵相連時，他們在空間的取向。 α 螺旋 右手 α 螺旋構(gòu)象， 是許多蛋白質(zhì)分子中常見結(jié)構(gòu) 一圈 螺距 氫鍵方式 (i,i+3) 一氫鍵環(huán)內(nèi)含 13個原子 φ 、 ψ 在 60?和 41?附近 末端向下看，側(cè)鏈在主鏈周圍形成風(fēng)車狀 所有氫鍵近似平行于螺旋中心旋轉(zhuǎn)軸 氫鍵同一方向 形成一源于氫鍵的平行于螺旋軸的偶極矩 α 螺旋氫鍵偶極矩、 各肽平面 C=O和 NH偶極矩 都沿螺旋軸積累，從而顯示出從 N端到 C端的偶極矩 等效于 N端積累部分正電荷， C端積累部分負(fù)電荷 蛋白質(zhì)分子構(gòu)象其它螺旋結(jié)構(gòu) 310螺旋 右手 α 螺旋結(jié)構(gòu) 氫鍵方式 (i,i+2)， φ 、 ψ 在 70?和 5?附近 一圈含整數(shù) 3殘基， Cα 位于平行螺旋軸直線上 氫鍵方向和軸有一定角度， 在幾何上與非鍵作用力未處最佳狀態(tài) 310螺旋通常在 α 螺旋 C末端最后一圈出現(xiàn) 也稱作 π 螺旋 左手螺旋 在 D氨基酸形成的肽鏈中會穩(wěn)定地存在 天然蛋白質(zhì)中，屬于不穩(wěn)定的構(gòu)象 多肽鏈不同氨基酸側(cè)鏈 具各自確定的選擇性不強(qiáng)的螺旋傾向性 大致分檔次排列為： Ala， Glu， Leu， Met（強(qiáng)） Lys， Phe， Glu， Trp， Ile， Val（中） Asp， His（弱） Arg， Thr， Ser（不敏感） Cys， Tyr（弱斷） Asn， Pro（斷 ） 差不多所有球蛋白中，一段 α 螺旋結(jié)構(gòu) 平均含 11個殘基（ 420殘基） 平均長度 nm 螺旋兩端外連接的氨基酸殘基 C端常出現(xiàn)帶負(fù)電荷的基團(tuán) N端為帶正電荷基團(tuán) 螺旋內(nèi)部多肽鏈上親水與疏水殘基周期性變換 過膜的多肽鏈，通常疏水性殘基占絕大多數(shù) 疏水性殘基長區(qū)域預(yù)示過膜 α 螺旋結(jié)構(gòu)存在 折疊
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