結(jié)構(gòu)基序預(yù)測蛋白質(zhì)功能-免費閱讀
【正文】 結(jié)合位點的大小是影響 GIRAF的初始值的主要因素。 3. Association of posite motif similarity with function similarity when we used only the UniProt functions under the Biological process category which are less directly related to molecular functions 4. Examples of posite motifs sharing the same elementary motif and fold but with different functions 5. Metaposite motifs for annotating functions 用一個 posite motif描述一個蛋白質(zhì)亞基的特殊狀態(tài)，這 樣每一個生物學(xué)過程都可以看作是一系列的相互作用模型。 1. Identification of elementary and posite motifs 首先，我們找到 PDBML file 中所有有注釋的生物學(xué)單元，然后從中提取出 197690個蛋白質(zhì)亞基（這些亞基均至少包含一個配體結(jié)合位點） 這里，我們把一個亞基的配體結(jié)合位點定義為一個亞基的原子集（與配體原子的距離在 5A之內(nèi)）。然而，隨著研究的 逐步深入，這種方法在很多情況下卻是不可靠的。 以最小近鄰法聚類為例 最短距離聚類法具有空間壓縮性，而最遠距離聚類 法具有空間擴張性?；A(chǔ)知識匯報 在類的合并上，主要有三種算法來確定類間的距離：單一連鎖 (singlelinkage)、完全連鎖 (pletelinkage)和平均連鎖 (averagelinkage)。最短距離為 dAB=da1b1，最遠 距離為 dAB=dap2。 蛋白質(zhì)功能相似，并不僅僅是序列功能的相似。然而我們不用已知的基于序列相似性的非冗余數(shù)據(jù)庫，我們的冗余在相似結(jié)構(gòu)聚類之后再清理。 因此， posite motif僅僅只能作為整個生物學(xué)過程中的點。所以，在進行結(jié)合位點相似性與功能相似性的比對中我們采取了一個標準化的相似性測度使大小各異的結(jié)合位點能夠以相同的比例尺進行測量。 ? The weight w(xAa ,xBa ) for the aligned atom pairs xAa and xBa. ? d(xAa ,xBa ) is the distance between two atoms in a superimposed coordinate system. ? 閾值 dc設(shè)定為 。 To characterize the diversity of posite motifs, the average and minimum sequence identities were calculated for pairs of subunits s
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