提取結(jié)腸癌基因圖譜信息方法的研究doc-免費閱讀
【正文】 經(jīng)驗證，%。這說明利用信噪比有效的剔除了大量的無關(guān)基因，縮小信息基因的范圍，從而為進一步確定基因標(biāo)簽提供有利的依據(jù)。 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型與二分類Logistic回歸模型的比較根據(jù)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的運算結(jié)果顯示：隨著培訓(xùn)率取值的不同，得到了多組不同的特征基因集合，且各集合間的元素差異較大。在Logistic回歸中，對回歸系數(shù)的估計值進行顯著性檢驗通常使用Wald檢驗，其公式為： （9）其中，為回歸系數(shù)的估計值的標(biāo)準(zhǔn)差。由Logistic回歸定義知，事件發(fā)生的概率為： （5）所以，事件不發(fā)生的概率為： （6） 因此， （7）我們稱比率為時間的優(yōu)勢比。圖6 培訓(xùn)率為60%時的網(wǎng)絡(luò)圖表表4 培訓(xùn)率為60%時的自變量重要性ImportanceNormalized ImportanceImportanceNormalized ImportanceG22%G1067%G26%G1073%G31%G1115%G43%G1137%G47%G1153%G62%G1208%G66%G1221%G72%G1227%G75%G1256%G100%G1263%G127%G1293%G138%G1325%G141%G1328%G147%G1334%G163%G1340%G187%G1346%G241%G1381%G245%G1406%G249%G1411%G267%G1414%G281%G1423%G295%G1442%G343%G1447%G360%G1466%G365%G1472%G377%G1473%G391%G1494%G399%G1511%G413%G1526%G415%G1546%G444%G1549%G453%G1582%G467%G1634%G493%G1635%G495%G1637%G513%G1648%G515%G1659%G520%G1666%G549%G1667%G571%G1668%G581%G1671%G617%G1679%G619%G1730%G625%G1750%G639%G1770%G648%G1771%G652%G1772%G698%G1797%G724%G1798%G739%G1801%G765%G1808%G780%G1839%G798%G1843%G802%G1867%G822%G1870%G830%G1884%G897%G1892%G964%G1897%G980%G1900%G989%G1904%G992%G1924%G994%G1959%G1002%G1965%G1039%G1967%G1042%G1972%G1047%G1983%G1060%G1993%圖7 培訓(xùn)率為60%時的自變量重要性圖（五）結(jié)果比較分析將在其他條件不變的情況下，培訓(xùn)率為70%和60%時的自變量重要程度的結(jié)果按其重要程度降序排列，并取前13個數(shù)據(jù)，如表5所示。（二）BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)BP網(wǎng)絡(luò)與線性閾值單元組成的多層感知器阿絡(luò)結(jié)構(gòu)完全相同，只是各隱節(jié)點的激活函數(shù)使用了Sigmoid函數(shù)。表2 基因Bhattacharyya距離發(fā)布情況Bhattacharyya距離基因個數(shù)所占百分比0～1866%～113%～20%～1% 從分類角度確定基因“標(biāo)簽” 基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的求解（一）基本原理BP（Back Propagation）神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型是目前應(yīng)用最為廣泛和成功的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)之一。圖2 基因Bhattacharyya距離發(fā)布的直方圖根據(jù)基因所含樣本類別信息的多少，可以將基因分為“信息基因”和“無關(guān)基因”兩類。由式（1）可知，如果某一基因在Normal、Cancer兩個類別中的分布均值相同，那么其信噪比，該基因?qū)⒈蛔鳛椤盁o關(guān)基因”而被剔除。表1 樣本集的數(shù)據(jù)組織形式標(biāo)號代碼1代碼2區(qū)域描述S1S2…S61S62normal1normal2…cancer39cancer40G1…G2…………………G2000…注明：本論文中標(biāo)號(G1,G2…,G2000)指代題目中所給Excel表中internal id。3 問題分析本題主要是研究有效提取基因圖譜信息的方法，依據(jù)給定的數(shù)據(jù)，確定結(jié)腸癌的特征基因，建立可以判斷腫瘤基因標(biāo)簽的數(shù)學(xué)模型。通常由于基因數(shù)目很大，在判斷腫瘤基因標(biāo)簽的過程中，需要剔除掉大量“無關(guān)基因
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