提取結(jié)腸癌基因圖譜信息方法的研究doc-資料下載頁
2025-07-18 05:46本頁面
【正文】 癌微陣列數(shù)據(jù)，篩選得到3個(gè)特征基因。然后，可得到融入G49G1346和G1582這三個(gè)特征基因的確定基因標(biāo)簽的數(shù)學(xué)模型。設(shè)為一個(gè)隨機(jī)變量，且服從兩點(diǎn)分布。當(dāng)被檢出為正常樣本時(shí)，的取值為1；當(dāng)被檢出為腫瘤樣本時(shí)，的取值為0。影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的自變量為，則在給定的條件下的模型為： （10）將基因G49G1346和G1582的樣本表達(dá)水平值代入到模型進(jìn)行計(jì)算的到上述模型中，得到估計(jì)值如表所示表14 二分類Logistic回歸模型預(yù)測值樣本值Y的估計(jì)值保留1位小數(shù)的估計(jì)值保留整數(shù)的估計(jì)值normal11 1 normal21 1 normal31 0 normal41 1 normal51 1 normal61 1 normal71 1 normal81 1 normal91 1 normal101 1 normal111 1 normal121 1 normal131 1 normal141 1 normal151 1 normal161 1 normal171 1 normal181 1 normal191 1 normal201 1 normal211 1 normal221 1 cancer10 0 cancer20 0 cancer30 0 cancer40 0 cancer50 0 cancer60 0 cancer70 0 cancer80 0 cancer90 0 cancer100 0 cancer110 0 cancer120 0 cancer130 0 cancer140 0 cancer150 0 cancer160 0 cancer170 0 cancer180 0 cancer190 0 cancer200 0 cancer210 0 cancer220 0 cancer230 0 cancer240 0 cancer250 0 cancer260 0 cancer270 0 cancer280 0 cancer290 0 cancer300 0 cancer310 0 cancer320 0 cancer330 1 cancer340 0 cancer350 0 cancer360 0 cancer370 1 cancer380 0 cancer390 0 cancer400 0 由表9的運(yùn)算結(jié)果可知，按照該二分類Logistic回歸模型進(jìn)行預(yù)測，22例正常樣本中有1例被誤識(shí)為癌癥樣本，%（21/22）；40例癌癥樣本中有2例被誤識(shí)為正常樣本，正確識(shí)別率達(dá)到95%（38/40)，%（59/62)。結(jié)論：當(dāng)時(shí)，可以判斷為正常，%；當(dāng)時(shí)，可以判斷為不正常，%。5 結(jié)束語針對(duì)提取結(jié)腸癌基因圖譜信息中特征基因的問題，在采用“信噪比”基因的Bhattacharyya距離等方法剔除無關(guān)基因的基礎(chǔ)上，運(yùn)用二分類Logistic回歸法篩選得到3個(gè)特征基因——G49G134G1582，并得到融入所得3個(gè)特征基因信息的二分類Logistic回歸模型。經(jīng)驗(yàn)證，%。因此，該模型使用簡單，所要測定的基因數(shù)較少，且具有科學(xué)性和有效性。該模型可為解決依據(jù)基因特征數(shù)據(jù)判定是否患癌癥提供借鑒和參考。 參考文獻(xiàn)[1] Guyon I , Weston J , Barnhill S , et al . Gene selection for cancer classification using support vector machines , Machine Learning ,pp389422(2000).[2] 李澤,包雷,黃英武，基于基因表達(dá)譜的腫瘤分型和特征基因的選取，生物物理學(xué)報(bào)，,pp413417(2002)[3] Theodoridis S,Koutroumbas Recognition， York:Academic Press,pp177179(2003)[4] 李穎新,劉全金,阮曉鋼，急性白血病的基因表達(dá)譜分析與亞型分類特征的鑒別，中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào)，,pp240244(2005)[5] 吳昌友，神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的研究及應(yīng)用，東北農(nóng)業(yè)大學(xué)，2007[6] Alon DA Broad patterns of gene expression revealed by clustering analysis of tumor and normal colon tissues probed by oligonucleotide array 1999[7] 劉全金,李穎新,朱云華,阮曉鋼，基于BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的腫瘤特征基因選取，計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用，,(2005)[8] 強(qiáng)波,王正志,王廣云，腫瘤特征基因篩選與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，系統(tǒng)仿真學(xué)報(bào)，,pp41634166(2009)[9] 李建更,高志坤,嚴(yán)志,阮曉鋼，基于雙基因分析的結(jié)腸癌標(biāo)志基因選擇，中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào)，,pp691695(2009)[10] 阮曉鋼,王金蓮，基于腫瘤基因表達(dá)譜的基因功能模塊識(shí)別，北京工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，,pp366371(2007)[11] 李曉明，基于基因表達(dá)譜的腫瘤基因及其網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)研究，北京工業(yè)大學(xué)，2008[12] 張婭,饒妮妮,王敏,徐尚蕾，一種基于基因表達(dá)譜的結(jié)腸癌特征提取方法，航天醫(yī)學(xué)與醫(yī)學(xué)工程，,pp356360(2008)24
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