【正文】 水平上控制結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄的終止，通常存在于合成代謝基因中。⑵溶源途徑：也叫溫和噬菌體途徑，指噬菌體基因組整合到細(xì)菌基因組上，一起復(fù)制，不引起噬菌體的組裝和細(xì)菌的裂解。鑒定基因功能最有效的方法是觀察基因表達(dá)被阻斷或增加后在細(xì)胞和整體水平所產(chǎn)生的表型變異，因此需要建立模式生物體，進(jìn)行比較基因組學(xué)的研究。功能基因組學(xué)代表基因分析的新階段，往往被稱為后基因組學(xué)，利用結(jié)構(gòu)基因組所提供的豐富信息資源，發(fā)展和應(yīng)用新的實(shí)驗(yàn)手段，通過(guò)在基因組或系統(tǒng)水平上全面分析基因的功能，使得生物學(xué)研究從單一基因或蛋白質(zhì)的研究轉(zhuǎn)向多個(gè)基因或蛋白質(zhì)系統(tǒng)的研究。）基因組學(xué)研究：(1)基因表達(dá)概況研究，即比較不同組織和不同發(fā)育階段、正常狀態(tài)與疾病狀態(tài)，以及體外培養(yǎng)的細(xì)胞中基因表達(dá)模式的差異，技術(shù)包括傳統(tǒng)的RTPCR，RNase保護(hù)試驗(yàn)，RNA印跡雜交，但是其不足是一次只能做一個(gè)。（不清楚，請(qǐng)大家自己找答案。原核生物基因組的特點(diǎn)1：A1基因組小，一般具有單一的復(fù)制起始點(diǎn)；，一般呈環(huán)狀； ； 。由于衛(wèi)星DNA含有異常高或低的G+C含量，使它們與大多數(shù)DNA具有不同的浮力密度，因此，會(huì)在主要的DNA帶的附近伴隨一個(gè)次帶（或前或后）。l 功能基因組 ：以基因功能鑒定為目標(biāo) ，又稱后基因組（postgenome）。大多數(shù)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基因?qū)儆趩慰截?，而一般?xì)胞內(nèi)需求量較大的蛋白（如組蛋白）和RNA（tRNA）基因?qū)儆谥械戎貜?fù)序列，但中等重復(fù)序列一般不是編碼序列，而在調(diào)控中起重要作用。衛(wèi)星DNA主要構(gòu)成著絲粒，功能和維持染色體的結(jié)構(gòu)、同源染色體的聯(lián)會(huì)有關(guān)。基因常狹義指順?lè)醋?，即為最小的遺傳功能單位。特別是在真核生物中，翻譯初級(jí)產(chǎn)物要轉(zhuǎn)變成天然蛋白—功能蛋白，需要經(jīng)過(guò)折疊、修飾、剪切加工等過(guò)程。 一小部分滯留在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔中，滯留蛋白C末端有特異序列KDEL，除去則分泌。此類信號(hào)不是在N端，而是位于肽鏈內(nèi)部，使肽鏈插在膜上。轉(zhuǎn)運(yùn)肽也有兩部分，分別負(fù)責(zé)外膜和類囊體膜的通過(guò)及定位。b) 線粒體蛋白大多數(shù)為核編碼蛋白。a) 核定位蛋白：大分子蛋白進(jìn)入細(xì)胞核是一個(gè)主動(dòng)過(guò)程。3) 抑制基因突變：第二點(diǎn)突變抑制了第一次突變?cè)斐傻谋憩F(xiàn)型（表型抑制），使野生型表現(xiàn)型得以恢復(fù)（并非真正的恢復(fù)突變）。10. 從某一DNA測(cè)序結(jié)果知，該DNA已發(fā)生了位點(diǎn)突變，但該生物的表型與野生型相同，試分析其表型未改變的可能原因。與此同時(shí)，P位上原有的tRNA轉(zhuǎn)移到E位點(diǎn)釋放，核糖體從mRNA的5′→3′方向移動(dòng)一個(gè)三聯(lián)體的距離，于是下一個(gè)密碼子進(jìn)入A位，等待下一個(gè)氨基酰tRNA的進(jìn)入。a) 結(jié)合：對(duì)應(yīng)于mRNA上第二個(gè)密碼子的氨基酰tRNA進(jìn)入A位與核糖體結(jié)合，需GTP提供能量，還需EFTu和EFTs參與作用；b) 轉(zhuǎn)肽：在肽酰轉(zhuǎn)移酶（peptidyl transferase）的催化下，A位上的氨基酸的α–氨基與P位上的甲硫氨?；螂孽RNA的羧基發(fā)生親核攻擊而形成肽鍵。這在蛋白質(zhì)合成中是相對(duì)較慢的，通常是翻譯的限速步驟。細(xì)胞質(zhì)（胞液）是真核生物核基因編碼蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所。分泌和跨膜蛋白在合成過(guò)程中N端有信號(hào)肽序列，它能被信號(hào)肽識(shí)別顆粒（SRP）識(shí)別，使翻譯停止。c) 氨基酸側(cè)鏈的修飾（二硫鍵形成、羥化作用、氨基酸側(cè)鏈的交聯(lián)、羧化作用、甲基化、糖基化、脂化、ADP – 核糖基化、乙酰化、磷酸化、C端酰胺基引入、硫酸化）。3) 蛋白質(zhì)的修飾a) 蛋白質(zhì)的修飾可發(fā)生在蛋白質(zhì)折疊之前，折疊期間或折疊之后，也可以在肽鏈延伸期間或終止之后。真核生物：折疊、剪切、修飾、易位、分泌。8. 蛋白質(zhì)合成后成熟和易位包含哪些內(nèi)容和相應(yīng)的機(jī)制（折疊—修飾—易位、分泌）？1) 大多數(shù)翻譯初級(jí)產(chǎn)物是無(wú)功能蛋白。2) 3′端pol尾巴中是否有AUUU結(jié)構(gòu)，有則壽命短。這另一基因稱為抑制基因。第二次突變抑制了第一次突變?cè)斐傻谋憩F(xiàn)型（表型抑制），使野生型表現(xiàn)型得以恢復(fù)（并非真正的恢復(fù)突變）。3) 冷敏感型突變：常溫或較高溫度下產(chǎn)生正常蛋白，而低溫下表現(xiàn)突變。因此對(duì)蛋白質(zhì)影響不大，一般仍具生物活性。fmettRNAfmet可與GUG結(jié)合，是由于反密碼子的5′C變偶為U。因此了解某一生物偏愛(ài)密碼子，有助于在基因工程中根據(jù)宿主生物偏愛(ài)密碼子改造基因的編碼序列，得到高表達(dá)的效果。3. 在分子生物學(xué)研究中，了解某一生物的偏愛(ài)密碼子有重要意義，試說(shuō)明。6) 連續(xù)性：兩個(gè)密碼子之間沒(méi)有任何核苷酸加以隔開(kāi)。密碼的變偶性減少了密碼閱讀時(shí)的誤差，增加了翻譯的準(zhǔn)確性。2) 簡(jiǎn)并性：同一種氨基酸有兩個(gè)或更多密碼子的現(xiàn)象稱為密碼子的簡(jiǎn)并性。⑽導(dǎo)肽：為線粒體定位信號(hào)，富含帶正電荷的氨基酸，絲氨酸含量特別高。⑺無(wú)義突變：發(fā)生在終止密碼處，是有義密碼子變成終止密碼子或終止密碼子變成有義密碼子。偏愛(ài)密碼子：使用頻率較高的簡(jiǎn)并密碼子。③ 核糖體形成 第五章 蛋白質(zhì)合成1．名詞解釋⑴核糖體結(jié)合技術(shù)：用已知的三核苷酸與核糖體去測(cè)試結(jié)合各種AAtRNA，通過(guò)對(duì)不同的tRNA的標(biāo)記，來(lái)尋找與已知三核苷酸結(jié)合的AAtRNA，研究密碼子和AA的對(duì)應(yīng)情況。RNA的后加工：1. 原核mRNA基本無(wú)加工，原核的轉(zhuǎn)錄和翻譯偶合。生長(zhǎng)著的RNA鏈的底物NTP結(jié)合位點(diǎn)之前的一段模板是游離的，在這結(jié)合位點(diǎn)之后的模板是與新生RNA形成RNADNA雜合鏈，RNADNA雜合鏈的長(zhǎng)度約9bp，比解旋的DNA稍短一些。RNA聚合酶的催化活性：核心酶在解鏈的DNA鏈上形成起始復(fù)合物開(kāi)始轉(zhuǎn)錄。標(biāo)記DNA末端，控制適當(dāng)條件，使每個(gè)DNA分子中未與蛋白質(zhì)結(jié)合部分的每個(gè)磷酸二酯鍵都被切割一次，切割位置可通過(guò)電泳檢測(cè)知道，未出現(xiàn)DNA條帶的地方即轉(zhuǎn)錄因子（RNA聚合酶）結(jié)合的地方。具體研究可以用PCR介導(dǎo)的點(diǎn)突變等方法來(lái)改變基因序列，看對(duì)剪切造成的影響，尋找剪切位點(diǎn)的規(guī)律。疑惑：看第7題好像和這道題是重復(fù)的，懷疑這道題是問(wèn)三種加工方式，即加帽子、加尾巴、剪接。mRNA的加工修飾包括：5’端形成帽子結(jié)構(gòu)、3’端加polyA、剪接除去內(nèi)含子和甲基化。c. 利用其機(jī)制，設(shè)計(jì)合成特異性切割病毒RNA或其它RNA的核酶，以便于治療包括愛(ài)滋病、癌癥在內(nèi)的疾病?？煞譃榧羟行秃嗣福ù呋陨砘蛘弋惣篟NA的切割，相當(dāng)于核酸內(nèi)切酶。⑷剪切特異性的意義：內(nèi)含子必須精確的切除，否則會(huì)造成閱讀框的改變，從而合成非活性蛋白。后者是依賴于DNA的RNA聚合酶。但其劃分不是絕對(duì)的，內(nèi)含子也可編碼，外顯子也可不編碼；在一基因中的內(nèi)含子又可能是另外基因的外顯子?？膳c特異蛋白質(zhì)結(jié)合成核內(nèi)小核糖核蛋白質(zhì)顆粒，參與轉(zhuǎn)錄物的剪接，多聚腺核苷酸化，3’末端成熟作用。阻滯電泳，又稱電泳遷移率變動(dòng)實(shí)驗(yàn)，用于檢測(cè)蛋白質(zhì)和DNA序列的互相作用，若某DNA片斷能和蛋白質(zhì)因子結(jié)合，則其在凝膠中電泳運(yùn)動(dòng)的速度就會(huì)減慢。Enhancer指真核生物的一段特異序列，通過(guò)順式作用方式，能夠在距離目標(biāo)基因50Kb以上位置，從上游，下游等不同位置及方向增強(qiáng)該基因轉(zhuǎn)錄活性。（－）反義鏈，DNA雙鏈中的可以轉(zhuǎn)錄成mRNA的鏈（與mRNA互補(bǔ)的鏈）。ORF：開(kāi)放閱讀框，指從起始密碼子到終止密碼子的一段基因序列。⑴相同：都是存在染色體可自由復(fù)制和位移的基本單位；轉(zhuǎn)座發(fā)生時(shí)，受體分子中有一段3126p的靶序列DNA自我復(fù)制，轉(zhuǎn)座子插入這兩個(gè)重復(fù)序列之間，不同轉(zhuǎn)座子，靶序列不同。λ噬菌體DNA入侵宿主基因組進(jìn)入溶原狀態(tài)，是通過(guò)λDNA和細(xì)菌DNA特定的附著位點(diǎn)之間的重組實(shí)現(xiàn)的。⑵機(jī)制：A：斷裂復(fù)合機(jī)制：a.：斷裂復(fù)合：發(fā)生在染色體復(fù)制完成后，每對(duì)聯(lián)會(huì)染色體有4個(gè)染色單體，在染色單體水平發(fā)生DNA斷裂，斷裂DNA交叉重組，解除張力。4. 過(guò)多轉(zhuǎn)座（頻率過(guò)高）對(duì)細(xì)胞不利，細(xì)胞在長(zhǎng)期進(jìn)化中形成了一些不利于轉(zhuǎn)座的代謝途徑，可與轉(zhuǎn)座過(guò)程平衡。⑹切除效應(yīng)，轉(zhuǎn)座子從原來(lái)位置上消失，準(zhǔn)確切除，使原插入發(fā)生恢復(fù)突變，若不準(zhǔn)確，會(huì)留下轉(zhuǎn)座子殘跡，產(chǎn)生插入突變，但轉(zhuǎn)座子標(biāo)志消失。⑵造成插入位點(diǎn)靶DNA的少量堿基對(duì)重復(fù)。但 Mu沒(méi)有一定的整合位置（隨機(jī)整合）引起突變。轉(zhuǎn)座酶催化轉(zhuǎn)座子插入新位點(diǎn)。原核生物和真核生物均有轉(zhuǎn)座子。2． 何謂轉(zhuǎn)座子？轉(zhuǎn)座子有哪些類型，研究轉(zhuǎn)座重組有哪些意義？⑴定義：能夠反復(fù)插入到基因中許多位點(diǎn)的特殊DNA片段，它們可以從一個(gè)位點(diǎn)轉(zhuǎn)移到另一個(gè)位點(diǎn)，從一個(gè)復(fù)制子到另一復(fù)制子。意義：，形成新的操縱子，產(chǎn)生新蛋白。結(jié)合；。功能：1. 維持生物種群的多樣性。1．生物體內(nèi)DNA重組的類型，各自的不同和生物學(xué)意義。 所有反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子都有一個(gè)共同的特點(diǎn)，即在其插入位點(diǎn)上產(chǎn)生短的正向重復(fù)序列。（3） 非病毒超家族反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的特點(diǎn)： 自身沒(méi)有轉(zhuǎn)座酶或整合酶的編碼能力，而在細(xì)胞內(nèi)已有的酶系統(tǒng)作用下進(jìn)行轉(zhuǎn)座。反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子(retrotransposon或retroposon)：指通過(guò)RNA為中介，反轉(zhuǎn)錄成DNA后進(jìn)行轉(zhuǎn)座的可動(dòng)元件。：在專一酶的作用下，在DNA特定位點(diǎn)上發(fā)生斷裂和重接，從而產(chǎn)生精確的DNA重排的DNA重組方式。： 兩個(gè)DNA分子交叉重組時(shí)，在連接處則形成一個(gè)“四螺旋”作為中間物。⑶端粒酶在生殖細(xì)胞中起作用，在體細(xì)胞中無(wú)活性或活性低。⑷進(jìn)化突變：發(fā)生了有利于物種生存的結(jié)果，使生物進(jìn)化。7．簡(jiǎn)要說(shuō)明沉默突變、致死突變、滲漏突變、進(jìn)化突變的原因⑴沉默突變：主要因?yàn)槊艽a子的簡(jiǎn)并性，點(diǎn)突變不引起氨基酸的變化；或者個(gè)別氨基酸改變?yōu)榻Y(jié)構(gòu)和性質(zhì)相似的氨基酸，則不影響表形，即基因型（genotype）改變表現(xiàn)型（phenotye）不變。詳見(jiàn)名詞解釋。4．舉例說(shuō)明染色體外遺傳元件的不同復(fù)制機(jī)制（θ型、D型、滾筒型）有些病毒（如腺病毒、Φ29噬菌體等）及線粒體DNA的復(fù)制是單向進(jìn)行的，滾筒式屬單向復(fù)制。⑵3H標(biāo)記研究DNA的半不連續(xù)復(fù)制，即連接酶突變核酸序列特點(diǎn)研究等：用3H脈沖標(biāo)記大腸桿菌培養(yǎng)物，優(yōu)先標(biāo)記的是新合成的DNA。含15NDNA的細(xì)菌在普通培養(yǎng)液中繼續(xù)培育出子二代，其DNA則是中等密度的DNA與普通DNA各占一半這也進(jìn)一步證明復(fù)制是采取半保留式的。提取子一代的DNA再作密度梯度離心分析，發(fā)現(xiàn)其致密帶介于重帶與普通帶之間，看不到有單獨(dú)的重帶或普通DNA帶。、密度梯度離心技術(shù)在分子生物學(xué)研究中的應(yīng)用⑴15N標(biāo)記研究DNA的半保留復(fù)制：把細(xì)菌放在含15NH4Cl的培養(yǎng)液中培養(yǎng)若干代，分離出的DNA是含15N的“重”DNA，密度比一般含14N的DNA高。原來(lái)受LexA蛋白阻遏的基因去抑制，結(jié)構(gòu)基因活化，提高SOS修復(fù)。SOS修復(fù)分四個(gè)階段：a. 誘導(dǎo)前期cell正常生長(zhǎng)。⑺θ式復(fù)制：環(huán)狀DNA的一種雙向復(fù)制方式，雙鏈從起點(diǎn)處解開(kāi)并雙向復(fù)制，呈θ型狀，直到復(fù)制終點(diǎn)。⑷DnaB：解旋酶，引發(fā)體成員，使復(fù)制叉形成，并在以后結(jié)合于一個(gè)復(fù)制叉，推動(dòng)復(fù)制叉向前延伸（helicase)。⑵復(fù)制叉：DNA正在復(fù)制的分叉部位稱為復(fù)制叉（replication fork）⑶復(fù)制眼：復(fù)制的DNA（尤其是雙向復(fù)制）在電鏡下象只眼睛稱復(fù)制眼（泡）⑷復(fù)制子：基因組中具有一個(gè)復(fù)制起點(diǎn)和一個(gè)復(fù)制終點(diǎn)并能在細(xì)胞中自主復(fù)制的單位。待一條鏈復(fù)制到一定程度露出另一條鏈的復(fù)制起點(diǎn)，另一條鏈才開(kāi)始復(fù)制。修復(fù)結(jié)果只是能維持基因組完整性，但留下的錯(cuò)誤較多，又稱為錯(cuò)誤傾向修復(fù)，使細(xì)胞有較高的突變率。c. 誘導(dǎo)過(guò)程（裂解的LexA又反饋?zhàn)饔糜趓ecA,增強(qiáng)其活性，使LexA全部水解。 (3)DNA復(fù)制的先導(dǎo)鏈和隨從鏈：DNA復(fù)制時(shí)以3′5′鏈為模板連續(xù)合成的子鏈；而以5′3′鏈為模板的不連續(xù)合成的子鏈為隨后鏈。細(xì)菌在營(yíng)養(yǎng)條件充足時(shí)，20分鐘就可以生長(zhǎng)成新一代。密度梯度離心實(shí)驗(yàn)，完全支持半保留復(fù)制的設(shè)想。若用DNA連接酶突變的菌株作以上測(cè)試，3H一直出現(xiàn)在小片段中，說(shuō)明DNA的復(fù)制是不連續(xù)的。D環(huán)復(fù)制特點(diǎn)是兩條鏈的不同步復(fù)制。6．生物體內(nèi)哪些機(jī)制保證了DNA復(fù)制的保真性.DNA聚合酶的校對(duì)作用；RNA引物起始復(fù)制可減少?gòu)?fù)制錯(cuò)誤；修復(fù)系統(tǒng)有多種機(jī)制(光修復(fù)、切除修復(fù)、錯(cuò)配修復(fù)、易錯(cuò)修復(fù)、SOS修復(fù))和酶?？墒股镞m應(yīng)環(huán)境或喪失某些功能，可產(chǎn)生新種。端粒DNA序列有取向性,可以與由蛋白質(zhì)和RNA組成的端粒酶結(jié)合配對(duì)，以RNA為模板進(jìn)行類似逆轉(zhuǎn)錄合成DNA，向5’→3’延伸端粒至模板RNA末端后，延長(zhǎng)的DNA末端與RNA模板解離，端粒酶移動(dòng)，重新定位于延長(zhǎng)后的DNA3’端，開(kāi)始下一輪延長(zhǎng)過(guò)程，如此反復(fù)可達(dá)數(shù)百次，以對(duì)抗DNA復(fù)制過(guò)程中5’引物消后無(wú)法補(bǔ)齊造成的染色體逐漸縮短，維持染色體的長(zhǎng)度。第三章 DNA重組名詞解釋：同源重組：同源重組（交換crossing over) 是兩條具有同源序列的DNA靠近時(shí)所發(fā)生的DNA交換。：能夠促使染色體基因轉(zhuǎn)移的接合質(zhì)粒稱為致育因子（fertility factor），簡(jiǎn)稱為性因子或F因子。（在轉(zhuǎn)移時(shí)原來(lái)位置上的這些結(jié)構(gòu)依然存在或不存在）。（2）、除反轉(zhuǎn)錄病毒外，反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子可以分成兩類：(viral superfamily)，這類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子編碼反轉(zhuǎn)錄酶或整合酶(integrases)，能自主地進(jìn)行轉(zhuǎn)錄，其轉(zhuǎn)座的機(jī)制同反轉(zhuǎn)錄病毒相似，但不能像反轉(zhuǎn)錄病毒那樣以獨(dú)立感染的方式進(jìn)行傳播；(nonviral superfamily)。非病毒超家族成員不產(chǎn)生有生物學(xué)活性的酶，因此不能進(jìn)行自主轉(zhuǎn)座。因此稱之為反轉(zhuǎn)錄子（retroposons）或反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（retrotransposons）。意義：；；，對(duì)染色單體正確分離到子代細(xì)胞，至關(guān)重要；。特點(diǎn)：，交換的為短同源片段。特點(diǎn)：移動(dòng)片段與受體同源性無(wú)關(guān)；，原核中均可發(fā)生轉(zhuǎn)座重組；，也可在染色體見(jiàn)跳躍。意義：常導(dǎo)致基因破壞而引起突變，與人類遺傳疾病，癌癥和基因組進(jìn)化有關(guān)。（4）特點(diǎn)：不必借助同源序列就可移動(dòng)的DNA片段，即轉(zhuǎn)座作用與供體和受體之間的序列無(wú)關(guān)。 復(fù)合轉(zhuǎn)座子除轉(zhuǎn)座酶外還有1—數(shù)個(gè)基因。⑶Mu和D108：轉(zhuǎn)座噬菌體，屬于溫和噬菌體，可致突變，溫和噬菌體一般整合到寄主染色體的一定位置上。⑴引起插入突變：以10ˉ３10８頻率進(jìn)行的轉(zhuǎn)座會(huì)引起插入突變，IS，Tn,Mu噬菌體都可以引起插入突變，插入位點(diǎn)若在一個(gè)順?lè)醋拥那岸斯δ芑蛑?，可能造成極性突變。⑸引起染色體畸變，在一個(gè)染色體上如有同