【正文】 structure)是指整條肽鏈中全部氨基酸殘基的相對空間位臵。 同樣 ， 多個堿性氨基酸殘基在一肽段內 ， 由于正電荷相斥 ， 也妨礙 α螺旋的形成 。 超二級結構形式有 3種： αα， βαβ， ββ 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 鈣結合蛋白中結合鈣離子的模體 鋅指結構 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) （六） 氨基酸殘基的側鏈可影響二級結構的形成 蛋白質二級結構是以一級結構為基礎的。 一、多肽鏈中的局部特殊構象是蛋白質 的二級結構 肽鏈主鏈骨架原子 包括 N（氨基氮）、 Cα（ α碳原子）和 CO（羰基碳） 3個原子依次重復排列。 序列比對方法（ sequenceparison method）關鍵在于將 2個序列準確地對齊，使之達到相同序列最大化，插入或刪除序列最小化的目的，然后計算相同的氨基酸數。 由于體內的含氮物質以蛋白質為主 ， 因此 ，只要測定生物樣品中的含氮量 ， 就可以根據以下公式推算出蛋白質的大致含量： 100克樣品中蛋白質的含量 ( g % ) = 每克樣品含氮克數 100 1/16% ? 蛋白質元素組成的特點： 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) (一 )蛋白質的分子組成與結構特征是其分類的基礎 1. 蛋白質根據分子組成分為單純蛋白質和結合蛋白質兩類 ： 單純蛋白質（ simple protein） 結合蛋白質 = 蛋白質部分 + 非蛋白質部分 （ conjugated protein） 輔基 （ prosthetic group） 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 分類 輔基 舉例 脂蛋白 脂類 血漿脂蛋白（ VLDL、 LDL、HDL等） 糖蛋白 糖基或糖鏈 膠原蛋白、纖連蛋白等 核蛋白 核酸 核糖體 磷蛋白 磷酸基團 酪蛋白（ casein） 血紅素蛋白 血紅素（鐵卟啉） 血紅蛋白、細胞色素 c 黃素蛋白 黃素核苷酸（ FAD、FMN） 琥珀酸脫氫酶 金屬蛋白 鐵 鐵蛋白 鋅 乙醇脫氫酶 鈣 鈣調蛋白 錳 丙酮酸羧化酶 銅 細胞色素氧化酶 結合蛋白質及其輔基 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 3. 蛋白質根據其形狀分為纖維狀蛋白質和球狀蛋白質兩類 ，可分為： 纖維狀蛋白質 球狀蛋白質 2. 蛋白質根據結構特點進行分類 ，可分為： 超家族（ super family） 家族（ family） 亞家族（ subfamily） 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) (二 )蛋白質分子結構可區(qū)分為 4個層次 高級結構 或 空間構象(conformation) 一級結構 (primary structure) 二級結構 (secondary structure) 三級結構 (tertiary structure) 四級結構 (quaternary structure) 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 三、 氨基酸殘基的排列順序決定蛋白質的一級結構 ?肽鍵（主要化學鍵） ?二硫鍵 蛋白質一級結構 (primary structure)是指蛋白質分子中，從 N端到 C端的氨基酸排列順序。 近年發(fā)現的孤啡肽 (17肽 )，其一級結構類似于強啡肽。 羧基末端（ carboxyl terminal）或 C 末端：多肽鏈中 有游離羧基的一端稱為 羧基末端 (carboxyl terminal)或 C端。 * 二肽通過肽鍵與另一分子氨基酸縮合生成三肽 …… * 一般來說，由數個、十數個氨基酸組成的肽習慣稱為 寡肽 (oligopeptide)，而很多氨基酸組成的肽稱為 多肽（ polypeptide）。 一 、肽和蛋白質是由氨基酸組成的多聚體 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) H 甘氨酸 CH3 丙氨酸 L氨基酸的通式 RC+N H3C O OH目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 肽鍵是由一個氨基酸的 ?羧基與另一個氨基酸的 ?氨基脫水縮合而形成的化學鍵。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) ?什么是蛋白質 ? 蛋白質 （ protein） 是由許多氨基酸（ amino acids） 通過肽鍵 （ peptide bond） 相連形成的高分子含氮化合物 。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 1951年 , Pauling采用 X（射）線晶體衍射發(fā)現了蛋白質的二級結構 —— α螺旋 (αhelix)。目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 多肽與蛋白質 第二章 Peptides and Proteins 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 1833年 ， Payen和 Persoz分離出淀粉酶。 1938年 ，德國化學家 Gerardus J. Mulder引用“ Protein” 一詞來描述蛋白質。 20世紀 90年代以后 ，后基因組計劃。 ?蛋白質的生物學重要性 1. 蛋白質是生物 體重要組成成分 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 1） 作為生物催化劑 （ 酶 ） 2） 代謝調節(jié)作用 3） 免疫保護作用 4） 物質的轉運和存儲 5） 運動與支持作用 6） 參與細胞間信息傳遞 2. 蛋白質具有重要的生物學功能 3. 氧化供能 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 肽和蛋白質的一級結構 第一節(jié) Primary Structure of Peptides and Proteins 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) （一）氨基酸通過肽鍵相連形成肽 /蛋白質 存在自然界中的氨基酸有 300余種 ， 組成體內蛋白質的 氨基酸 （ amino acid） 有 20種 ， 均為 Lα氨基酸 （ 除甘氨酸外 ） 。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) * 一分子氨基酸與另一分子氨基酸脫去一分子水縮合成二肽。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 氨基末端（ amino terminal）或 N 末端 ：多肽鏈中有 游離氨基的一端稱 氨基末端 (amino terminal)或 N端。 較早發(fā)現的有腦啡肽 (5肽 )、 β內啡肽 (31肽 )和強啡肽 (17肽 )等。 二、蛋白質的分子組成和結構極其復雜 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 各種蛋白質的含氮量很接近，平均為 16％ 。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 五、 蛋白質一級結構比對可用于同源 蛋白質分析 蛋白質一級結構（氨基酸序列）比對常被用來預測蛋白質之間結構與功能的相似性。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 第二節(jié) 肽、蛋白質的高級結構 Three Dimentional Structure of Peptides and Proteins 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 蛋白質的 二級結構 (secondary structure)是指組成蛋白質的肽鏈的主鏈的空間結構，也就是肽鏈主鏈骨架原子的相對空間位臵，不涉及氨基酸殘基側鏈的構象。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) （五）模體 是蛋白質的超二級結構 在許多蛋白質分子中， 由幾個具有二級結構的肽段，在空間上相互接近、相互作用，所形