提取結(jié)腸癌基因圖譜信息方法的研究(文件)
【正文】 的自變量為，則在給定的條件下的模型為： （10）將基因G49G1346和G1582的樣本表達水平值代入到模型進行計算的到上述模型中，得到估計值如表所示表14 二分類Logistic回歸模型預(yù)測值樣本值Y的估計值保留1位小數(shù)的估計值保留整數(shù)的估計值normal11 1 normal21 1 normal31 0 normal41 1 normal51 1 normal61 1 normal71 1 normal81 1 normal91 1 normal101 1 normal111 1 normal121 1 normal131 1 normal141 1 normal151 1 normal161 1 normal171 1 normal181 1 normal191 1 normal201 1 normal211 1 normal221 1 cancer10 0 cancer20 0 cancer30 0 cancer40 0 cancer50 0 cancer60 0 cancer70 0 cancer80 0 cancer90 0 cancer100 0 cancer110 0 cancer120 0 cancer130 0 cancer140 0 cancer150 0 cancer160 0 cancer170 0 cancer180 0 cancer190 0 cancer200 0 cancer210 0 cancer220 0 cancer230 0 cancer240 0 cancer250 0 cancer260 0 cancer270 0 cancer280 0 cancer290 0 cancer300 0 cancer310 0 cancer320 0 cancer330 1 cancer340 0 cancer350 0 cancer360 0 cancer370 1 cancer380 0 cancer390 0 cancer400 0 由表9的運算結(jié)果可知，按照該二分類Logistic回歸模型進行預(yù)測，22例正常樣本中有1例被誤識為癌癥樣本，%（21/22）；40例癌癥樣本中有2例被誤識為正常樣本，正確識別率達到95%（38/40)，%（59/62)。由此可知，利用信噪比剔除無關(guān)基因?qū)Υ_定基因標簽產(chǎn)生有利影響 建立確定基因“標簽”的數(shù)學模型運用問題2所建立的二分類Logistic回歸模型處理包含40個腫瘤樣本和22個正常樣本的結(jié)腸癌微陣列數(shù)據(jù)，篩選得到3個特征基因。根據(jù)“信噪比”的定義可知，信噪比的公式為： （10）現(xiàn)將給定結(jié)腸癌的數(shù)據(jù)和運用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型篩選出來的13個特征基因的數(shù)據(jù)代入式（10）進行計算，得到表14的數(shù)據(jù)：總體均值；樣本均值表14 樣本方差總體信噪比樣本信噪比G1983 G1750 G444 G391 G1730 G22 G31 G1839 G163 G1221 G187 G1924 G1798 一般地，信噪比越大，說明混在基因里的噪聲越小。即培訓率對神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的影響程度嚴重，得到的特征基因組合不唯一。表10 模型系數(shù)的綜合檢驗表表11 模型匯總表表12 二元邏輯回歸分類表表13 方程中的變量由表12的分類表可知，運用二分類Logistic回歸模型處理包含40個腫瘤和22個正常樣本的結(jié)腸癌微陣列數(shù)據(jù)，按照步驟3的方式提取特征基因，其分類檢驗正確率最高，%，此時提取的3個特征基因分別為G49G1346和G1582。如果的估計值的Wald檢驗顯著，則表明該自變量對因變量的影響顯著，回歸系數(shù)有意義，否則影響不顯著，回歸系數(shù)無意義。與最小二乘法不同的是，這里參數(shù)估計不存在精確解，只能通過迭代法獲得極大似然估計的數(shù)值解。對（7）式進行對數(shù)變換，則有： （8）優(yōu)勢比的對數(shù)稱Logit。 基于二分類Logistic回歸模型的求解（一）基本原理設(shè)為一個隨機變量，且服從兩點分布。表5 培訓率為70%與60%時自變量的重要程度序號培訓率為70%培訓率為60%基因編號ImportanceNormalized Importance基因標號ImportanceNormalized Importance1G1983%G1897%2G1750%G1900%3G444%G1797%4G391%G822%5G1730%G1340%6G22%G619%7G31%G1839%8G1839%G1843%9G163%G1334%10G1221%
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