【正文】 ...................... 1 GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)和 NCBI ................................................................................................................ 1 菊屬、紫草屬、狗尾草植物 ........................................................................................................... 3 菊屬、紫草屬、狗尾草屬植物的概況 ................................................................................... 3 菊屬、紫草屬、狗尾草屬植物的觀賞價(jià)值 ........................................................................... 5 菊屬、紫草屬、狗尾草屬植物的藥用價(jià)值及其有效成分 .................................................. 5 DNA 序列分析在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中的應(yīng)用和難題 ............................................................ 7 分子系統(tǒng)學(xué) .................................................................................................................................. 7 DNA 序列分析在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中的應(yīng)用 ................................................................. 8 DNA序列在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中的發(fā)展 .......................................................................... 8 由 DNA單一序列分析向多序列分析發(fā)展 ..................................................................... 8 由常用 DNA片段分析向低拷貝核基因分析發(fā)展 ......................................................... 9 在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中常見(jiàn)的難題 ................................................................................... 9 系統(tǒng)分析結(jié)果存在沖突 ...................................................................................................... 9 系統(tǒng)關(guān)系無(wú)法得到解決 .................................................................................................. 10 DNA條形碼 .............................................................................................................................. 11 第二章 實(shí)驗(yàn)方法 ................................................................................. 14 材料與方法 ...................................................................................................................................... 14 主要軟件 ................................................................................................................................... 14 數(shù)據(jù)來(lái)源 .................................................................................................................................. 14 材料 ........................................................................................................................................... 14 數(shù)據(jù)分析 .................................................................................................................................. 17 第三章 結(jié)果與討論 ............................................................................ 18 目 錄 IV 結(jié)果分析 .......................................................................................................................................... 18 ndhF 序列長(zhǎng)度和 C+G 百分含量 ........................................................................................... 18 遺傳距離分析 .......................................................................................................................... 18 聚類分析 .................................................................................................................................. 20 討論 .................................................................................................................................................. 20 ndhF 作為候選 DNA條形碼的優(yōu)勢(shì) ...................................................................................... 20 通過(guò) GenBank查尋 DNA條形碼研究植物遺傳關(guān)系的可行性 ....................................... 23 結(jié) 論 ................................................................................................ 23 參考文獻(xiàn) ............................................................................................. 24 致 謝 ................................................................................................ 26 第一章 引 言 1 第一章 引 言 課題背景和意義 菊科是 菊糖完全代替了淀粉作為多聚糖貯存。紫草科有著名藥用植物紫草、早春野花斑種草、附地菜等，并且有與紫草具有同樣藥效的軟紫草、滇紫草等；有飼料植物聚合草；有觀賞植物基及樹(shù)（福建茶）、牛舌草；有油料植物破布木。近年 , DNA條形碼技術(shù)受到了各國(guó)科學(xué)家的高度重視 , 已應(yīng)用于分類學(xué)、分子系統(tǒng)學(xué)、種群遺傳學(xué)的研究。 GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列信息量大 , 來(lái)源物種豐富、涵蓋廣泛 , 盡管尚有一定不足 , 但仍可用于篩選植物候選 DNA條形碼。闡明和使用這些字母來(lái)組成新的 “單詞和短語(yǔ) ”是分子生物學(xué)領(lǐng)域的中心焦點(diǎn)。 NCBI通過(guò)下面的計(jì)劃來(lái)實(shí)現(xiàn)它的四項(xiàng)目的： NCBI有一個(gè)多學(xué)科的研究小組包括計(jì)算機(jī)科學(xué)家，分子生物學(xué)家，數(shù)學(xué)家，生物化學(xué)家，實(shí)驗(yàn)物理學(xué)家，和結(jié)構(gòu)生物學(xué)家，集中于計(jì)算分子生物學(xué)的基本的和應(yīng)用的研究。目前研究計(jì)劃的一些代表是：檢測(cè)和分析基因組織，重復(fù)序列形式，蛋白 domain和結(jié)構(gòu)單元，建立人類基因組的基因圖譜， HIV感染的動(dòng)力學(xué)數(shù)學(xué)模型，數(shù)據(jù)庫(kù)搜索中的序列錯(cuò)誤影 響的分析，開(kāi)發(fā)新的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索和多重序列對(duì)齊算法，建立非冗余序列數(shù)據(jù)庫(kù)，序列相似性的統(tǒng)計(jì)顯著性評(píng)估的數(shù)學(xué)模型和文本檢索的矢量模型。栽培種的頭狀花序較野生種大得多。菊花品種遍布全國(guó)各城鎮(zhèn)與農(nóng)村，尤以北京、 南京、上海、杭州、青島、天津、開(kāi)封、武漢、成都、長(zhǎng)沙、湘潭、西安、沈陽(yáng)、廣州、中山市小 欖鎮(zhèn)等為盛。在微酸性至微堿性土壤中皆能生長(zhǎng)。一年生或多年生草本或亞灌木；葉互生，全緣；花白色、黃色或青紫色，組成穗狀花序或總狀花序；萼通常分裂，裂片 5，線形；花冠管狀或高腳碟狀，裂片 5，覆瓦狀排列，喉部有時(shí)有附屬體或有毛；雄蕊 5。 種子發(fā)芽適宜溫度為 15~30℃ 。一株可結(jié)數(shù)千至上萬(wàn)粒種子。生于農(nóng)田、路邊、荒地。圓錐花序緊密呈圓柱狀或基部稍疏離，直方或稍彎垂，主軸被較長(zhǎng)柔毛，長(zhǎng) 215cm，寬 413mm（除剛毛外），剛毛長(zhǎng) 412mm，粗糙，直或稍扭曲，通常綠色或褐黃到紫紅或紫色；小穗 25個(gè)簇生于主軸 上或更多的小穗著生在短小枝上，橢圓形，先端鈍，長(zhǎng)，鉛綠色；第 1穎卵形，長(zhǎng)約為小穗的 1/3，具 3脈，第 2穎幾與小穗等長(zhǎng)，橢圓形，具 57脈；第 1外稃與小穗等長(zhǎng)，具 57脈，先端鈍，其內(nèi)稃短小狹窄，第 2外稃橢圓形，具細(xì)點(diǎn)狀皺紋，邊緣內(nèi)卷，狹窄；鱗被楔形，先端微凹；花柱基分離。圓錐花序緊密呈圓柱形，長(zhǎng) 2～ 15厘米，微彎垂或直立，綠色 、黃色或變紫色；小穗橢圓形，先端鈍，長(zhǎng) 2～ ；第一穎卵形，具 3脈，第二穎具 5脈；第一外稃與小穗等長(zhǎng)，具 5～ 7脈，有一窄狹的內(nèi)稃。我國(guó)栽培菊花的歷史悠遠(yuǎn) ,長(zhǎng)久以來(lái)人們?cè)谫p菊時(shí)形成了一定的品評(píng)標(biāo)準(zhǔn) ,一盆合格的獨(dú)本菊應(yīng)具備 :每盆一本 ,著花一朵 ,花大瓣重 ,色澤艷麗 ,葉色墨綠 ,葉片肥大不脫節(jié) ,莖干粗直 ,節(jié)間短密均勻 ,無(wú)病蟲害 ,高度約 45cm,能充分體現(xiàn)本品種的特點(diǎn)。待到稍長(zhǎng)大一些，便拔節(jié)生出一根細(xì)長(zhǎng)的穗來(lái)，結(jié)滿了千百顆籽粒，毛茸茸的搖曳在風(fēng)里，仿佛調(diào)皮的小狗在抖動(dòng)著尾巴。廣東人以菊花為酒宴名貴配料。 菊花為菊科多年生草本植物，是我國(guó)傳統(tǒng)的常用中藥材之一，主要以頭狀花序供藥用。主治感冒風(fēng)熱，頭痛病等?！渡褶r(nóng)本草經(jīng)》認(rèn)為，白菊花茶能 “主諸風(fēng)頭眩、腫痛、目欲脫、皮膚死肌、惡風(fēng)濕痹，久服利氣，輕身耐勞延年。中醫(yī)多用以主治目赤、咽喉腫疼、耳鳴、風(fēng)熱感冒、頭疼、高血壓、瘡療毒等病癥。尚含花色素 3丙二酰葡萄糖甙[cyanidin3O（ 6C malonylβDglucopyranoside]。清熱涼血，用于麻疹，熱病癍疹，濕疹，尿血，血淋，血痢，瘡瘍，丹 毒，燒傷，熱結(jié)便秘。 紫草還有美容功效，紫草具有顯著的祛痘和消炎的效果，有很大的美容價(jià)值，被荀草園的永樂(lè)坊、美體小鋪、瑞士 magic care魔法護(hù)理等眾多化妝品品牌列為化妝品功能性成分之一紫草 的美容機(jī)理：紫草主要功能為涼血，活血化瘀，解毒透疹，因此能加速痘印和疤痕的新陳代謝，加上其良好的殺菌消炎作用。治癰腫，瘡癬，赤眼。 面上生癬，取草效莖揉軟，不時(shí)搓之。治黃水瘡。 DNA 序列分析在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中的應(yīng)用和難題 分子系統(tǒng)學(xué) 近些年來(lái)隨著分子生物學(xué)的迅速發(fā)展分子系統(tǒng)學(xué) ( Mo lecu lar Systemat ics)發(fā)展起來(lái) , 它利用大量分子實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù) , 采用生物統(tǒng)計(jì)學(xué)方法來(lái)研究生基因間和物體間的進(jìn)化關(guān)系 , 事用來(lái)闡明植物系統(tǒng)進(jìn)化的一門新興