基因組序列詮釋ppt課件(已修改)
2025-05-19 00:16 本頁(yè)面
【正文】 第二講 基因組序列詮釋 5. 轉(zhuǎn)錄物組 6. 蛋白質(zhì)組 問(wèn)題 ? 細(xì)胞周期的不同時(shí)期 ? 個(gè)體發(fā)育不同階段 ? 不同的器官和組織 ? 不同的外界環(huán)境下 各種基因的表達(dá)與否、量的差異、表達(dá)部位如何 5. 轉(zhuǎn)錄物組 Northern雜交 ? 雜交主要步驟 ： 提取總 RNA（不同組織、不同器官） ↓ 變性電泳 ↓ 制備目的基因探針 轉(zhuǎn)移尼龍膜 （放射性 或 化學(xué)標(biāo)記法） 雜 交 ↓ 掃描或放射自顯影 ↓ 依據(jù)雜交信號(hào)的強(qiáng)弱、有無(wú)判斷基因的表達(dá)部位、 表達(dá)量、表達(dá)時(shí)期等 SAGE SAGE （ serials analysis of gene expression） 基因表達(dá)系列分析 1995 Velculescu 及其同事年創(chuàng)立 SAGE特點(diǎn)： ? 進(jìn)行 轉(zhuǎn)錄物組 研究，也就是轉(zhuǎn)錄水平的研究； ? 通過(guò)快速和詳細(xì)分析 成千上萬(wàn)個(gè) EST來(lái)尋找出表達(dá)豐度不同的 SAGE標(biāo)簽序列，從而接近完整地獲得基因組的表達(dá)信息； ? SAGE區(qū)別于差異顯示、消減雜交等其它技術(shù)的主要特點(diǎn)是可用于 尋找那些較低豐度的轉(zhuǎn)錄物 ，最大限度地收集基因組的基因表達(dá)信息，這使之成為從總體上全面研究基因表達(dá)、構(gòu)建基因表達(dá)圖譜的首選策略； ? SAGE可用于在不同環(huán)境、不同生理狀態(tài)及不同生長(zhǎng)階段的細(xì)胞和組織表達(dá)圖譜構(gòu)建，對(duì)不同狀態(tài)下基因表達(dá)水平的定量或定性比較，特別是對(duì)疾病組織與正常組織的比較發(fā)展迅速； SAGE 技術(shù)的主要理論依據(jù)： ? 來(lái)自轉(zhuǎn)錄物內(nèi)特定位置的一小段寡核苷酸序列（ 9~11bp）含有鑒定一個(gè)轉(zhuǎn)錄物特異性的足夠信息，可作為區(qū)別轉(zhuǎn)錄物的標(biāo)簽（ tag）； ? 通過(guò)簡(jiǎn)單的方法將這些標(biāo)簽串聯(lián)在一起，形成大量多聯(lián)體（ concatemer），對(duì)每個(gè)克隆到載體的多聯(lián)體進(jìn)行測(cè)序，并應(yīng)用 SAGE軟件分析，可確定表達(dá)的基因種類(lèi)，并可根據(jù)標(biāo)簽出現(xiàn)的頻率確定基因的表達(dá)風(fēng)度（ abundance）。 1. 將 5μg含有 oligo dT（引物）的磁珠與RNA混合。 2. 合成雙鏈 cDNA。 3. 用 NlaⅢ 酶消化形成一條鏈末端有標(biāo)簽的產(chǎn)物。 4. 將樣品分成兩份，連接成含有識(shí)別序列的產(chǎn)物，以備用 BsmF1消化。 5. 用 Mme I切割每一個(gè)樣品形成約 60bp
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