生物序列的相似性搜索-文庫吧
2024-09-29 15:47 本頁面
【正文】 Blast資源 ： ) (單機(jī)版 ) ： … 12 Blast結(jié)果給出的信息 Blast結(jié)果會列出跟查詢序列相似性比較高，符合限定要求的序列結(jié)果，根據(jù)這些結(jié)果可以獲取以下一些信息。 … 這些信息都可以應(yīng)用到后續(xù)分析中。 13 兩種版本的 Blast比較（一） ?網(wǎng)絡(luò)版本 包括 NCBI在內(nèi)的很多網(wǎng)站都提供了在線的 blast服務(wù)，這也是我們最經(jīng)常用到的blast服務(wù)。網(wǎng)絡(luò)版本的 blast服務(wù)就有方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫同步更新等優(yōu)點(diǎn)。但是缺點(diǎn)是不利于操作大批量的數(shù)據(jù)，同時(shí)也不能自己定義搜索的數(shù)據(jù)庫。 14 ?單機(jī)版 單機(jī)版的 blast可以通過 NCBI的 ftp站點(diǎn)獲得，有適合不同平臺的版本（包括 linux， dos等）。獲得程序的同時(shí)必須獲取相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫才能在本地進(jìn)行 blast分析。單機(jī)版的優(yōu)點(diǎn)是可以處理大批的數(shù)據(jù)，可以自己定義數(shù)據(jù)庫，但是需要耗費(fèi)本地機(jī)的大量資源，此外操作也沒有網(wǎng)絡(luò)版直觀、方便，需要一定的計(jì)算機(jī)操作水平。 兩種版本的 Blast比較（二） 15 NCBI提供的 Blast服務(wù) 登陸 ncbi的blast主頁 核酸序列 蛋白序列 翻譯序列 底下有其他一些針對特殊數(shù)據(jù)庫的和查看以往的比對結(jié)果等 16 Blast任務(wù)提交表單（一） 填入查詢（ query）的序列 序列范圍 （默認(rèn)全部） 選擇搜索數(shù)據(jù)庫 如果接受其他參數(shù)默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)擊開始搜索 17 Blast任務(wù)提交表單（二） 設(shè)置搜索的范圍， entrez關(guān)鍵詞，或者選擇特定物種 一些過濾選項(xiàng)，包括簡單重復(fù)序列，人類基因組中的重復(fù)序列等 E值上限 窗口大小 如果你對 blast的命令行選項(xiàng)熟悉的話，可以在這里加入更多的參數(shù) 18 Blast任務(wù)提交表單（三） 選擇需要顯示的選項(xiàng)以及顯示的文件格式 顯示數(shù)目 Alignment的顯示方式 篩選結(jié)果 E值范圍 其他一些顯示格式參數(shù) 點(diǎn)擊開始搜索 19 提交任務(wù) 返回查詢號（ request id） 可以修改顯示結(jié)果格式 修改完顯示格式后點(diǎn)擊進(jìn)入結(jié)果界面 20 結(jié)果頁面（一） 圖形示意結(jié)果 21 結(jié)果頁面（二） 目標(biāo)序列描述部分 帶有 genbank的鏈接，點(diǎn)擊可以進(jìn)入相應(yīng)的 genbank序列 匹配情況，分值， e值 22 結(jié)果頁面（三） 詳細(xì)的比對上的序列的排列情況 23 一個(gè)具體的例子（ blastp） 假設(shè)以下為一未知蛋白序列 query_seq MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQ
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