【正文】 ? 假設(shè)交換是隨機(jī)發(fā)生的，一對(duì)并列的染色單體上任何兩點(diǎn)發(fā)生交換的機(jī)會(huì)是均等的； ? 兩個(gè)彼此靠近的基因之間因交換而分離的的幾率要比互相遠(yuǎn)離的 2個(gè)基因之間發(fā)生分離的幾率要小。 ? 因此重組率可以成為測(cè)量兩個(gè)基因之間相對(duì)距離的尺度。 ? 計(jì)算出不同基因間的重組率，就可以構(gòu)建出顯示基因在染色體上相對(duì)位臵的圖。 167。 2 遺傳學(xué)圖譜 167。 遺傳作圖的理論基礎(chǔ) 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 傳統(tǒng)遺傳圖 傳統(tǒng)遺傳圖中的遺傳標(biāo)記主要是形態(tài)學(xué)標(biāo)記。形態(tài)學(xué)標(biāo)記的數(shù)量不多，但利用形態(tài)學(xué)標(biāo)記作圖的時(shí)間很長，在二十世的前八十年主要是利用形態(tài)學(xué)標(biāo)記作圖。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 果蠅的突變體 : 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 根據(jù)連鎖分析的結(jié)果 ， 借助重組率可以繪制遺傳圖譜 ， 確定遺傳標(biāo)記之間的遺傳距離和排列順序 ， 形成比較完整的連鎖群 ， 并由各連鎖群構(gòu)成基因組的遺傳圖譜 。 連鎖分析給出的遺傳標(biāo)記在染色體上的相對(duì)位臵是相當(dāng)準(zhǔn)確的 ， 也提供了基因間的大致距離 ， 他們?yōu)榛蚪M測(cè)序提供了工作框架 。 圖譜構(gòu)建 167。 2 遺傳學(xué)圖譜 167。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 遺傳圖的偏離與造成遺傳圖偏離的原因 ? 重組熱點(diǎn) （ rebination hot spot): 染色體上某些比其他位點(diǎn)有更高交 換頻率的位點(diǎn)。 ? 近端粒區(qū)和遠(yuǎn)著絲粒區(qū)有較高重組率。 ? 性別之間也表現(xiàn)重組率的差異。 ? 雙交換的出現(xiàn)，產(chǎn)生距離減少的假象。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 不同模式生物的連鎖分析方法 ?有性雜交實(shí)驗(yàn)： 可進(jìn)行遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)的材料，如老鼠、果蠅、水稻等。 ?譜系分析： 不能進(jìn)行遺傳實(shí)驗(yàn)的材料，如人類、多年生樹木。 ? DNA轉(zhuǎn)移： 不發(fā)生減數(shù)分裂的生物，如細(xì)菌、酵母。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 有性雜交實(shí)驗(yàn) ? 有性雜交實(shí)驗(yàn)的標(biāo)準(zhǔn)方法 —— 測(cè)交分析 （ test cross) 一個(gè)親本為雙雜合子，另一個(gè)親本為雙純合子。 所以測(cè)交便于分析子代個(gè)體基因型的分離比。 AB/ab ab/ab ab AB Ab aB ab ab ab ab F1基因型 表型 ABab AB Abab Ab aBab aB abab ab 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 ?兩點(diǎn)雜交 確定兩個(gè)位點(diǎn)是否連鎖。 ?多點(diǎn)雜交 確定多個(gè)位點(diǎn)的相對(duì)位置與排序。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 遺傳圖繪制 分子標(biāo)記的等位型式 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 遺傳圖繪制 F2基因型分析 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 作圖群體（ mapping population）是指用于遺傳作圖的分離群體，如 F BC DH、 RI等。 無論是傳統(tǒng)的遺傳作圖，還是現(xiàn)代的分子遺傳圖譜的構(gòu)建，都需要有作圖群體。 作圖群體的基本要求： ? 群體要足夠大； ? 群體隨機(jī)分離； ? 雙親間的多態(tài)性高。 167。 2 遺傳學(xué)圖譜 167。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 根據(jù)需要與可能，選擇合適的分子標(biāo)記 ,對(duì)親本和作圖群體進(jìn)行標(biāo)記基因型的分析 ,為構(gòu)建遺傳圖譜收集必要的數(shù)據(jù)。 分子標(biāo)記分析 167。 2 遺傳學(xué)圖譜 167。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 作圖群體是通過兩個(gè)親本雜交發(fā)展而來的，因此在發(fā)展和利用作圖群體之前，通常首先要了解雙親之間的多態(tài)性。 親本間的親緣距離與多態(tài)性程度的關(guān)系 : 親本間的多態(tài)性程度與親緣關(guān)系的距離存在著正相關(guān)，因此在發(fā)展作圖群體時(shí)，應(yīng)盡量擴(kuò)大親本的親緣關(guān)系，以便獲得較高的多態(tài)性程度。 167。 2 遺傳學(xué)圖譜 167。 親本分析 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 限制性內(nèi)切酶與多態(tài)性程度也存在一定的關(guān)系 。 ? 識(shí)別位點(diǎn)的堿基數(shù)與多態(tài)性程度的關(guān)系 ， 識(shí)別位點(diǎn)的堿基數(shù)越多 ， 產(chǎn)生的片段越長 ， 片段長度的多態(tài)性就越高 。因此 ， 通常 6bp識(shí)別位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶比 4bp識(shí)別位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶產(chǎn)生更高程度的多態(tài)性 。 ? 相同堿基數(shù)識(shí)別位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶在多態(tài)性上也存在一定程度的差異，因此可以通過試驗(yàn)來選擇使用。 限制性內(nèi)切酶與多態(tài)性程度的關(guān)系 : 親本分析 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 為了減少作圖群體的分析中分子標(biāo)記利用的盲目性 ， 在分析作圖群體之前 ， 首先需要對(duì)親本的多態(tài)性進(jìn)行分析 。 其目的包括： ? 篩選出具有多態(tài)性的分子標(biāo)記； ? 在 RFLP分析中 ， 還要篩選出產(chǎn)生多態(tài)性的酶 ， 找出具有多態(tài)性的標(biāo)記 /酶組合； ? 了解具有多態(tài)性的標(biāo)記在圖譜中的分布，分子標(biāo)記在圖譜中的分布應(yīng)合理，適合作連鎖分析。如果使用的是新的標(biāo)記，應(yīng)考慮在作圖群體能用的標(biāo)記的數(shù)量是否足夠。 親本間多態(tài)性的分析 : 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 作圖群體的確定 : ? 作圖群體應(yīng)足夠大 ， 以減少試驗(yàn)誤差 ， 提高精確度 。 ? 作圖群體在分子標(biāo)記分析過程中應(yīng)保持不變。 多態(tài)標(biāo)記的篩選 : 根據(jù)親本分析的結(jié)果，選擇具有多態(tài)性的分子標(biāo)記。在 RFLP組合中，確定標(biāo)記 /酶組合。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 作圖群體的分子標(biāo)記分析 : ?以雙親為對(duì)照 。 ? 利用選擇的分子標(biāo)記 ， 逐一對(duì)作圖群體進(jìn)行分析 。 作圖群體中 ， 分子標(biāo)記的帶型應(yīng)出現(xiàn)重組 。觀察帶型重組的情況 ， 并做記錄 。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 數(shù)據(jù)庫的建立 : ? 把基因型重組的結(jié)果數(shù)字化 ， ? 按作圖的要求 ， 整理數(shù)據(jù) ， ? 建立計(jì)算機(jī)文件。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 “作圖者 ” (Mapmaker) 是 Lander等（ 1987）設(shè)計(jì)的 ,是專門用于遺傳作圖的軟件。 Mapmaker軟件的利用 167。 2 遺傳學(xué)圖譜 167。 基因組學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 準(zhǔn)備資料 （ prepare data） ： 如果是 F2群體的資料 ， 閱讀資料后 ， 屏幕上將出現(xiàn)： data type f2 intercross 146 362 0 symbols 1=A 2=H 3=B 0= （ 個(gè)體數(shù) 座位數(shù) QT數(shù) ） 其中： 1=A—親本 A的純合基因型 （ aa） 2=H—雜合基因型 （ ab） 3=B—親本 B的純合基因型 （ bb） 4=C—非親本 A純合基因型 （ ab， bb） 5=D—非親本 B純合基因型 （ aa， ab）