blast數(shù)據(jù)庫檢索ppt課件-閱讀頁
2025-05-27 04:48本頁面
【正文】 query。 51 /90 蛋白搜索的程序 52 /90 ? 三、 BLAST一般使用方法 ? (1) 得到并輸入查詢序列 ? (2) 選擇 BLAST程序 ? (3) 選擇搜索的數(shù)據(jù)庫 ? (4) 選項(xiàng)選擇 ? Then click “ BLAST” 53 /90 選擇算法參數(shù)（核酸比對） 54 /90 選擇算法參數(shù)（蛋白比對） 55 /90 ? 一般先從默認(rèn)的開始，根據(jù)結(jié)果或者特殊的需要調(diào)整參數(shù)。 63 /90 目標(biāo)序列信息 64 /90 開始點(diǎn)：一個(gè)分子序列 RBP（任何物種的 DNA或蛋白質(zhì)） Blastp：有哪些其他蛋白與 RBP相關(guān) Blastn：人類 RBP DNA的 3’非翻譯區(qū)是否與 RBP的直系同源物或者旁系同源物的 3’非翻譯區(qū)具有同源性？ Blastx：一個(gè)脂質(zhì)運(yùn)載蛋白的 EST與哪些已經(jīng)蛋白的親緣關(guān)系最近？ tblastx：人類 RBP DNA是否與一個(gè)被預(yù)測由一個(gè)像細(xì)菌 EST這樣的 DNA文庫中的某個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)相匹配？ tblastn：一個(gè)基因組 DNA數(shù)據(jù)庫中是否有一個(gè) RBP的直系同源物？ 搜索策略與問題實(shí)例 可改變的搜索參數(shù) 將搜索限制在一個(gè)物種（如人類）或者一個(gè)類（如細(xì)菌）； 更改打分矩陣也很得到很遠(yuǎn)的同源關(guān)系；更改空位罰分來幫助找到同源物或者蛋白質(zhì)中含有的在其他蛋白質(zhì)中也出現(xiàn)的短的區(qū)域。 BLAST搜索策略圖 65 /90 四、 BLAST搜索實(shí)例 ? Lipocalin蛋白家族成員NP_006735作為查詢序列進(jìn)行 BLAST，可獲得部分Lipocalin家族蛋白。 ? 6）這兩個(gè)蛋白質(zhì)是否具有相似的三維結(jié)構(gòu)？載脂蛋白共享一個(gè)顯著的非常保守的結(jié)構(gòu)。 73 /90 用 BLASTP可獲得更多 lipocalin家族蛋白質(zhì)。 76 /90 分析一個(gè)人類 EST 使用 HIV－ 1 pol蛋白對不同數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查詢 Blastp nr（細(xì)菌蛋白質(zhì)） 找到很多 HIV pol的變體 找到幾十個(gè)部分匹配 找到更多的細(xì)菌蛋白的匹配 很多顯著性匹配 幾百個(gè)顯著性匹配 Blastp nr（所有蛋白質(zhì)） tBlastn nr（細(xì)菌基因組） Blastp nr（人類蛋白質(zhì)） tBlastn nr（人類基因組） tBlastx nr（病毒基因組） 其他病毒 以 HIV－ 1 pol蛋白開始的 BLAST搜索總圖，通常為研究一個(gè)特定基因、蛋白或者物種，可以進(jìn)行一系列的 BLAST搜索。 77 /90 78 /90 在非冗余數(shù)據(jù)庫中搜索，可看到返回大量的匹配結(jié)果，全部具有極低的期望值。 80 /90 HIV1pol蛋白與人類蛋白的同源性搜索。 很多匹配項(xiàng)跨越病毒 pol的全長， 83 /90 84 /90 85 /90 細(xì)菌 bacteria 要想對 pol 蛋白在整個(gè)生命樹中的分布了解得更多，我們可能會問有哪些細(xì)菌蛋白和 HIV1 pol蛋白相關(guān)。 86 /90 ?tblastn 人類 EST數(shù)據(jù)庫 圖中可以看到很多人類基因都被活躍地轉(zhuǎn)錄來產(chǎn)生被預(yù)測制造與 HIV1pol蛋白同源的蛋白質(zhì)的 mrna。 ? 為什么沒有提供 Basic Global Alignment Search Tool（ BGAST）來補(bǔ)充 BLAST？ BGAST會成為一種有用的工具嗎？創(chuàng)立它可能遇到的計(jì)算上的困難是什么？ ? 你認(rèn)為 1， 105是有意義的期望值嗎？答案是否依賴于你所做檢索的種類？ 88 /90 課后思考題 ? BLAST是什么英文名詞的縮寫，中文含義是什么？BLAST的主要功能是什么？ ? NCBI的 BLAST有多少種類型，分別需要進(jìn)行多少次比對？ ? 3， BALST檢索的哪一種輸出估計(jì)了假陽性數(shù)據(jù)？ ? A） E值； B） Bit score； C） Percent identity； D） Percent positive ? 4，如果進(jìn)行了一個(gè) BALST檢索， E值是 1010，這個(gè) E值的意義是什么？ E值的大小依賴于哪些參數(shù)？在什么樣的場合需要選擇一個(gè)很大的 E值閾值？ 89 /90 ? 5，將期望值從 1改成 10，輸出結(jié)果數(shù)目是增多還是減少？ ? 6，將打分矩陣從 PAM30改成 PAM70，返回的檢索結(jié)果是增多還是減少？ ? *7， 查詢序列 NP_000198信息，進(jìn)行 blastp，改變以下參數(shù)
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