dnastar軟件包的使用-閱讀頁
2025-05-30 12:50本頁面
【正文】 ? Bent DNA Bending Index—— DNA折疊預(yù)測。在本節(jié)中，我們使用 Bent DNA Bending Index方法進(jìn)行分析。方法簾中包括已經(jīng)用于分析的全部方法。 在方法簾的頂端，點(diǎn)擊 More Methods打開一個下拉菜單，其中有可以用于分析的所有方法，點(diǎn)擊 Bent DNA Bending Index method， 該方法就進(jìn)入了方法簾。如果圖標(biāo)前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。 ? 點(diǎn)擊白顏色的位置去除對圖標(biāo)的選擇。序列中可能會折疊的區(qū)域就會以小盒子的形式顯示出來。 ，模仿 agarose凝膠電泳判定大小 ? 打開方法簾（ method curtain）。 ? 單擊圖標(biāo)左邊的藍(lán)色三角形，打開內(nèi)切酶一覽表。剛打開酶一覽表時，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。 ? 從 SITES amp。 ? 新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。 ? 選定文件的保存位置，給文件命名。 ? 你所應(yīng)用和展示的所有信息都會被保存。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限制性酶切位點(diǎn)的同時，還可以同時展示序列的 feature， 六個讀框及其翻譯結(jié)果。 ? 你可以按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點(diǎn)。酶切位點(diǎn)過濾器（ filters） 也可以使用 Boolean operators聯(lián)合使用。和其他應(yīng)用程序一樣， MapDraw也提供整合的 BLAST查找功能。首先我們尋找能夠切割其序列的酶切位點(diǎn)。 ? 打開 “ Demo Sequences”文件夾。 過濾器（ filter） 是你定義的可以使用的酶切位點(diǎn)的集合。你可以用和／或來組合過濾器。這些準(zhǔn)則包括 3’ 和 5’端突出，與別的酶切位點(diǎn)互補(bǔ)以及兼并的末端突出。 ? 頻率（ Frequency） 過濾器是指根據(jù)出現(xiàn)于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點(diǎn)。 ? 種類和復(fù)雜性過濾器（ Class amp。這些種類包括： I型（隨機(jī)）或 II型（明確），或者 I型 +II型。 ? 手動選擇過濾器（ Manual Pick） 允許你按需要選定酶切位點(diǎn)。 首先讓我們用頻率過濾器來刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。 ? 在 Min和 Max對應(yīng)的框中輸入數(shù)字 1和 2，其他的參數(shù)不變。 ? 在過濾器名字框中，輸入 “ Twocutsmax.”。你將注意到在圖上酶切位點(diǎn)的數(shù)目現(xiàn)在大大地減少了。 ? 從 MAP MENU選 Linear Minimap。 ? 從 ENZYME MENU， 選 New Filter—— 然后Manual Pick。 ? 把 Apo I從右邊的窗口拖進(jìn)左邊的窗口。在這我們把過濾器叫做 “ Apo I.”。 內(nèi)切酶編輯器（ Enzyme Editor） 使你能夠查看內(nèi)切酶的各種相關(guān)信息，包括其名字，識別序列， isoschisomers， 種類，價格，銷售公司和有效性等詳細(xì)的信息。 ? 打開酶編輯窗（如下），雙擊任意一個酶的名字。 ? 你可以按照 “ GeneQuest”上的方法在序列上添加新 Feature， 并作注釋。（如果此時有太多的酶切位點(diǎn)，你可以加入其他的過濾器）。 2條紅線相會的角是你可以做的最小圖畫的范圍。 ? 單擊同意。默認(rèn)的終止和開始 codons可以使用指定的遺傳密碼。 ? 從 OPTIONS MENU中選擇 ORF Criteria可以設(shè)定參數(shù)。 ? 放大 ORF以查看翻譯的序列。重復(fù)這些 2步直到你能看翻譯。 ? 選擇保存位置，命名。 ? 從文件菜單（ FILE MEN）， 選擇放棄（蘋果計算機(jī)）或者退出（視窗），電腦提示保存或放棄；選擇保存，則你操作的所有結(jié)果都會保存起來，否則結(jié)果會全部丟失。 2. 運(yùn)行其中的 ， 將壓縮文件恢復(fù)為正常文件。 4. 安裝結(jié)束后，打開 C盤 \Program Files\Dnastar文件夾。 6. 在“開始”菜單中選擇運(yùn)行相應(yīng)的應(yīng)用程序
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