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2025-03-07 12:34本頁面
【正文】 構(gòu)繪制與建模：Chem3D：綜合功能最全面HyperChem：建模和計算功能最強DSDraw中嵌入 )MDLViewerRasMol圓球表示原子，圓棒表示化學(xué)鍵，最常用的分子結(jié)構(gòu)表示方法，不同元素用不同顏色區(qū)分用原子范德華半徑的圓球來表示原子。電子云空間填充表示法（ Spaceand示 棒 相比之下，三維空間結(jié)構(gòu)表示更接近分子的真實情況。ChemSketchChem3D的使用2023/2/1第一節(jié) 化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化計算機圖形學(xué) 分子圖形學(xué)分子結(jié)構(gòu)顯示分子建模技術(shù)分子建模技術(shù)分子圖形學(xué) 采用計算機圖形技術(shù)處理分子結(jié)構(gòu)的顯示和操作分子建模技術(shù) 是分子圖形學(xué)的一個重要分支，它包括三維分子結(jié)構(gòu)的構(gòu)建、操作及其物理化學(xué)性質(zhì)的表示2023/2/1一、化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示命名法線型編碼法二維平面結(jié)構(gòu)三維空間結(jié)構(gòu)分子表面結(jié)構(gòu) 2023/2/1命名法IUPAC: 2amino3phenylpropanoic acidFormula: C9H11NO2, C6H5CH2CH(NH2)CO2H苯基丙氨酸的各種化學(xué)結(jié)構(gòu)表示：Systematic name: phenylalanine線型編碼WLN: VQYZIRROSDAL: 1O2=3O, 245N, 467=127SMILES: NC(Cclcccccl)C(O)=OSLN: C[1]H:CH:CH:CH:CH:C(:1)CH2CH(NH2)C(=O)O用線性順序數(shù)字、字母的字符串表示化合物結(jié)構(gòu)缺點：缺少直觀性，需要學(xué)習(xí)專門的編碼規(guī)則 2023/2/1二維結(jié)構(gòu)： 原子以元素符號表示，線條表示化學(xué)鍵，簡單表示分子中化學(xué)鍵的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)三維結(jié)構(gòu)： 表示出分子中原子在三維空間的位置信息，形象、逼真表示出分子真正結(jié)構(gòu)表面結(jié)構(gòu)： 在分子表面增加分子性質(zhì)信息（如靜電勢等）2023/2/1二進(jìn)制的計算機 計算機繪制的結(jié)構(gòu)圖形計算機內(nèi)部表達(dá)方式的建立 （矩陣方式）連接矩陣 距離矩陣 關(guān)聯(lián)矩陣 成鍵矩陣 鍵 電子矩陣分子中不同原子和成鍵類型可使用不同形式的矩陣表示2023/2/1C1 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 O10 O11 N12C1 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0C2 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0C3 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0C4 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0C5 0 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0C6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0C7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0C8 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1C9 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1 0O10 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0O11 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0N12 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 成鍵連接表： 表示分子中成鍵連接的方式二、 二維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化第一行和第一列代表分子中的原子（帶編號）2023/2/12. 最常用的繪制二維化學(xué)結(jié)構(gòu)的軟件 ISIS/DrawChemDraw的使用nnChemISIS/Draw的使用n第四章 化學(xué)結(jié)構(gòu)的可視化 2023/2/1本章主要內(nèi)容：n 化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化nWindow 的使用 ChemWindowsChemDraw2023/2/11.分子三維表示法216。坐標(biāo)表216。距離矩陣三、 三維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化二維化學(xué)結(jié)構(gòu)描述分子中原子的連接，三維化學(xué)結(jié)構(gòu)描述分子中原子在三維空間的排列位置。2023/2/1X Y ZC1 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 O10 O11 N12
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