線粒體dna多態(tài)性ppt課件-展示頁
2025-01-26 19:08本頁面
【正文】 H) strand Light (L) strand Coding Region mtDNASTR 主要集中在 Dloop區(qū)；核心序列一般在 10bp以下，常見的是 CA重復(fù)（ nt514nt523）和 polyC （ nt568nt573和 nt303nt309） . CA重復(fù)：重復(fù)次數(shù)在 10次以下。如線粒體 DNA拷貝數(shù)大大低于正常，可引起致死性嬰兒呼吸障礙。 mtDNA多態(tài)性分析技術(shù) ? 長度多態(tài)性： AMPFLP分析技術(shù) ? 序列多態(tài)性 ?PCRRFLP法 ?PCRSSO雜交法 ?PCR—DNA自動測序 目前分析 mtDNA多態(tài)性最常用，也是最準(zhǔn)確的方法。單倍群由相似的單倍型組成，所以可以從單倍型來預(yù)測單倍群。單倍群以字母來標(biāo)記，并且以數(shù)字和一些字母來補(bǔ)充。 遺傳漂變：源自世代遺傳過程中隨機(jī)抽樣引發(fā)的隨機(jī)波動。 人類線粒體 DNA單倍型類群 人類線粒體 DNA單倍型類群是遺傳學(xué)上依據(jù)線粒體 DNA差異而定義出來的單倍群。 人類線粒體 DNA單倍型以字母來標(biāo)記，根據(jù)種群的不同把線粒體 DNA單倍型分類 mtDNA分型命名 線粒體 DNA序列分析完成后，編輯和審查序列未知樣本 Q與已知的對照序列 K（或修訂劍橋序列）比對，記錄 SNP位點(diǎn)位置，等位基因種類、最后確定分型。 命名 1:插入 1個(gè)堿基，命名為插入位置 .1插入堿基 測序方法分析 mtDNA序列多態(tài)性過程 mtDNA提取 HV1和 HV2區(qū)域 、反向引物對 HV1和 HV2區(qū)域進(jìn)行序列 mtDNA序列 Anderson序列對比找出不同堿基 mtDNA 的單體型 樣本 mtDNA提取 樣本：主要是缺乏毛囊的毛干，暴露在空氣的陳舊的骨骼、牙齒； 核 DNA檢測失敗的血痕或拭子，核DNA檢測失敗的組織。 骨細(xì)胞脫鈣 除去雜物，純化DNA 從gui珠洗脫DNA 人類線粒體基因組 DNA高變區(qū)的分析 主要是分析ＨＶＲ Ⅰ 和ＨＶＲ Ⅱ 。 測序模板擴(kuò)增 雙鏈 DNA測序經(jīng)過 L鏈和 H鏈分別從兩個(gè)方向側(cè)序，對比兩鏈相應(yīng)堿基的互補(bǔ)性，可以獲得準(zhǔn)確的序列。 人類線粒體基因組 STR位點(diǎn)分析 ? 主要是位于 D環(huán)中 nt514523位點(diǎn)處得 CA重復(fù)。 GAAAAAGTCT TTAACTCCAC CATTAGCACC CAAAGCTAAG ATTCTAATTT AAACTATTCT CTTTTTCAGA AATTGAGGTG GTAATCGTGG GTTTCGATTC TAAGATTAAA TTTGATAAGA 15970 15980 15990 16000 16010 16020 CTGTTCTTTC ATGGGGAAGC AGATTTGGGT ACCACCCAAG TATTGACTCA CCCATCAACA GACAAGAAAG TACCCCTTCG TCTAAACCCA TGGTGGGTTC ATAACTGAGT GGGTAGTTGT 16030 16040 16050 16060 16070 16080 ACCGCTATGT ATTTCGTACA TTACTGCCAG CCACCATGAA TATTGTACGG TACCATAAAT TGGCGATACA TAAAGCATGT AATGACGGTC GGTGGTACTT ATAACATGCC ATGGTATTTA 16090 16100 16110 16120 16130 16140 ACTTGACCAC CTGTAGTACA TAAAAACCCA ATCCACATCA AAACCCCCTC CCCATGCTTA TGAACTGGTG GACATCATGT ATTTTTGGGT TAGGTGTAGT TTTGGGGGAG GGGTACGAAT 16150 16160 16170 16180 16190 16200 CAAGCAAGTA CAGCAATCAA CCCTCAACTA TCACACATCA ACTGCAACTC CAAAGCCACC GTTCGTTCAT GTCGTTAGTT GGGAGTTGAT AGTGTGTAGT TGACGTTGAG GTTTCGGTGG 16210 16220 16230 16240 16250 16260 CCTCACCCAC TAGGATACCA ACAAACCTAC CCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAGC GGAGTGGGTG ATCCTATGGT TGTTTGGATG GGTGGGAATT GTCATGTATC ATGTATTTCG 16270 16280 16290 16300 16310 16320 CATTTACCGT ACATAGCACA TTACAGTCAA ATCCCTTCTC GTCCCCATGG ATGACCCCCC GTAAATGGCA TGTATCGTGT AATGTCAGTT TAGGGAAGAG CAGGGGTACC TACTGGGGGG 16330 16340 16350 16360 16370 16380 TCAGATAGGG GTCCCTTGAC CACCATCCTC CGTGAAATCA ATATCCCGCA CAAGAGTGCT AGTCTATCCC CAGGGAACTG GTGGTAGGAG GCACTTTAGT TATAGGGCGT GTTCTCACGA 16390 16400 16410 16420 16430 16440 FBI A1 (L15997) HV1 Cstretch HV1 FBI B1 (H16391) Hypervariable Region I 1602416365 342 bp examined Revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) – formerly known as the ―Anderson‖ sequence HV1 GATCACAGGT CTATCACCCT ATTAACCACT CACGGGAGCT CTCCATGCAT TTGGTATTTT CTAGTGTCCA GATAGTGGGA TAATTGGTGA GTGCCCTCGA GAGGTACGTA AACCATAAAA 10 20 30 40 50 60 CGTCTGGGGG GTATGCACGC GATAGCATTG CGAGACGCTG GAGCCGGAGC ACCCTATGTC GCAGACCCCC CATACGTGCG CTATCGTAAC GCTCTGCGAC CTCGGCCTCG TGGGATACAG 70 80 90 100 110 120
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