pfge分型技術(shù)原理及標(biāo)準(zhǔn)儀器配置(ppt32頁(yè))-文庫(kù)吧資料
2025-03-16 21:46本頁(yè)面
【正文】 居舊業(yè)貧。管家基因的突變是中性突變，不受環(huán)境選擇壓力的影響。 PFGE作為暴發(fā)菌株的鑒定是一種有效的方法，然而一旦收集菌株的時(shí)間跨度超過(guò)三到六個(gè)月，分型研究就轉(zhuǎn)化為種群研究。 菌株分型研究不能代替 流行病學(xué)研究 ，要將流行病學(xué)資料分析研究應(yīng)作為基礎(chǔ)。而那些與暴發(fā)帶型只有 2到 3個(gè)條帶差異的分離株被認(rèn)為是暴發(fā)帶型的衍生。應(yīng)該確定每個(gè)帶型與暴發(fā)帶型的關(guān)系。（流行相關(guān)的菌株中沒有代表帶型的情況是小概率事件）。 TENOVER原則 TENOVER原則的聚類方法 首先，檢查所有的帶型，確定能否發(fā)現(xiàn)一個(gè) 暴發(fā)帶型 或者 代表帶型 。 這樣的突變常見于分離自較長(zhǎng)的時(shí)間段（大于等于 6個(gè)月）或者 是大規(guī)模延伸暴發(fā)的病人中。 可能相關(guān) ： PFGE帶型與暴發(fā)菌株帶型變化有 兩個(gè)獨(dú)立的基因事件 引起的條 帶變化（通常是 4到 6個(gè)條帶的變化）。 高度相關(guān) ： 如果 PFGE帶型僅有因 一次基因事件 引起的帶型變化，這些菌株 就被定義為高度相關(guān)菌株。 基因事件與條帶變化 75 kb 100 kb 200 kb 400 kb 500 kb 獲得 失去 插入 缺失 無(wú)法區(qū)分 ： 分離株有相同的帶型，包括條帶的數(shù)目和位置。 3) Digest Genomic DNA Restriction Enzyme 16hr 4) Load Plug into Agarose Gel and Separate (Side view of agarose gel) 實(shí)驗(yàn)流程 膠塊中 DNA的酶切： 寡切點(diǎn)酶片段少而大 片段數(shù)目（＞ 10，＜ 25~30） 酶切片段的電泳 5) Stain Gel and Visualize Band Patterns 6) Band Patterns are Digitized and added to a database for analysis 實(shí)驗(yàn)流程 圖像的獲取： DNA指紋圖譜 EtBr或 GelRed染色 BioNumerics 軟件作聚類分析 在使用細(xì)菌分型的結(jié)果進(jìn)行暴發(fā)研究時(shí)是基于以下幾個(gè)假設(shè)的： 1. 屬于一次暴發(fā)的分離株來(lái)源于同一個(gè)祖先 2. 這些菌株應(yīng)該具有相同的基因型 3. 流行病學(xué)無(wú)關(guān)的菌株應(yīng)該有不同的基因型別 細(xì)菌分型原理 菌株分型的目的是為了提供實(shí)驗(yàn)室角度的證據(jù)。 使用的瓊脂糖應(yīng)當(dāng)具備以下的特點(diǎn)： 機(jī)械強(qiáng)度大，利于實(shí)驗(yàn)操作 純度高，可提高電泳的分辨率 熔點(diǎn)低，包埋細(xì)菌時(shí)凝膠的溫度不易過(guò)高 標(biāo)準(zhǔn)化操作中使用 SeaKem Gold(SKG)瓊脂糖
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