分子生物學(xué)軟件-文庫(kù)吧資料
2025-01-05 03:23本頁(yè)面
【正文】 一些模塊以擴(kuò)展 Zuker算法的能力，使之為一個(gè)界面友好的 RNA折疊程序。 RNAStructure ? RNA Structure 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù) RNA一級(jí)序列預(yù)測(cè) RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實(shí)現(xiàn)。 2. RNAdraw中一個(gè)非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開(kāi)的菜單顯示對(duì)鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對(duì)象 /窗口可以使用的功能列表。 1. 它 是 Windows下的多文檔窗口 (multiple document interface) 軟件，允許你同時(shí)打開(kāi)多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口。同時(shí)還提供了一些未知的結(jié)構(gòu)域的列表；當(dāng)然軟件本身也提供了大量的已知結(jié)構(gòu)域的序列。打開(kāi)程序就可進(jìn)入序列編輯窗口，可以直接打開(kāi) Genbank或 Vector數(shù)據(jù)庫(kù)中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動(dòng)子，多克隆位點(diǎn)以及參考文獻(xiàn)等信息保存在 Header中；也可以直接輸入序列進(jìn)行未知質(zhì)粒的設(shè)計(jì)。 Plasmid ? 是由加拿大的 Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進(jìn)行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計(jì)。通過(guò)它繪出來(lái)的圖還可以繼續(xù)用來(lái)構(gòu)建克隆策略圖譜。 質(zhì)粒繪圖 ? Gene Construction Kit 這一個(gè)非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。 Clustal X ?用來(lái)對(duì)核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比較（ multiple sequence alignment）的軟件。在多序列中查找一個(gè)類似片段并不是一件簡(jiǎn)單的事，主要是因?yàn)橐檎业牧繕O大。 ? 3. 使用各種視圖工具，可以評(píng)估一個(gè)候選 block包含在一個(gè)多序列中的可能性。 MACAW ? 具有幾個(gè)特點(diǎn)： ? 1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。功能多又強(qiáng)，但要完全掌握，并不是很輕松的事。 序列的同源比較（ Alignment） ? GeneDoc GeneDoc能用用亮麗的色彩來(lái)區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報(bào)告為進(jìn)化樹(shù)的格式。 ? 也可以給定條件，讓軟件自動(dòng)搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來(lái)。 Primer ? 顧名思義，該軟件就是用來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的。 引物設(shè)計(jì) ? Primer 是由加拿大 Premier公司開(kāi)發(fā)的專業(yè)用于 PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)和評(píng)估的軟件，和 Plasmid 起是該公司推出的最新的軟件產(chǎn)品。 ? DNAssist EcoR I位點(diǎn)找出來(lái)。 DNATools ?為避免丟失數(shù)據(jù)和你的工作， DNATools包括幾個(gè)挽救丟失數(shù)據(jù)的功能：一個(gè) 5層的撤銷 /重復(fù)功能，重新獲得原始序列的恢復(fù)功能，項(xiàng)目中加入新文件時(shí)的安全備份功能，以及在一定的時(shí)間間隔作完全備份或備份你的工作。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。 DNATools ? 若你的序列是 DNATools格式時(shí)（ DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白
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