[經濟學]復旦研究生-文庫吧資料
2025-02-27 12:39本頁面
【正文】 HIV Sequence DB ( Allan Wilson 。 Li. Fundamentals of Molecular Evolution DNA序列突變 祖先基因 X Y t＋ 1 t 時間 X’ Y’ DNA 序列進化 AAGACTT TGGACTT AAGGCCT 3 mil yrs 2 mil yrs 1 mil yrs today AGGGCAT TAGCCCT AGCACTT AAGGCCT TGGACTTAGCCCA TAGACTT AGCGCTT AGCACAA AGGGCAT AGGGCA AGCCCT AGCACTGCTAGCACAAAGACT坎特伯雷故事集的“進化分析” （ Nature, 1998） 序列置換模型 Sequence Substitution Models 序列間的核苷酸差異 ? 比較序列間核苷酸的差異，差異越少，分歧時間越短 ? 僅有 4種可能的狀態(tài) (A,C,T,G) ? 同一祖先序列衍生的兩條后裔序列間分歧的簡單測度就是兩條后裔序列不同核苷酸位點的比例 如何計測序列間的平均置換數(shù)（距離） ? DNA置換模型的必要性 ? 必須準確和無偏見地估計分歧度和速率 ? 數(shù)學模型可以考慮回復和平行突變等情況，尤其是在 p值較大時 Jukes Cantor 單參數(shù)模型 ? 最簡單的 DNA序列進化模型 ? 假設任一位點的核苷酸置換概率相同 , 僅有一個參數(shù)，即一個核苷酸變?yōu)榱硪粋€核苷酸的概率為 ?；一個核苷酸變?yōu)槠渌魏我粋€核苷酸的概率為 3? A C G T 嘌呤 嘧啶 ? ? ? ? ? ? 一個單位時間后： – A演變?yōu)?3種其他任何一種核苷酸的概率為 γ＝ 3? – A保持不變的概率為 A = 13? 29 ( 1 )?()
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