gaussian03技術(shù)講座分子坐標(biāo)、基組選擇和常見出錯(cuò)處理-文庫吧資料
2024-10-24 11:52本頁面
【正文】 度為 1。Gaussian03技術(shù)講座 分子坐標(biāo)、基組選擇和常見出錯(cuò)處理 張 祥 北京宏劍訊科軟件技術(shù)有限公司 G03W 輸入界面 基本輸入命令： LinK 0 命令 %chk=XXX %MEM=XXXX MB or GB or MW %RWF=loc1， Size1， loc2,Size2, ……… ， locN， 1 %SCR= %D2E= %INT= %Kjob L301 （ n） %Nosave %nproc=n %nproclinda=n %nprocshared=n 分子描述 電荷 整個(gè)分子體系 所帶凈電荷 自旋多重度 由分子總電子自旋 在 Z軸分量必須是 正數(shù)或半整數(shù)限制 分子結(jié)構(gòu) 分子坐標(biāo) （內(nèi)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)） 連接性或其他修飾說明 如何確定分子的自旋多重度 自旋多重度是看在有外加磁場(chǎng)情況下，體系可以穩(wěn)定存在的微觀狀態(tài)數(shù)： a. 在有磁場(chǎng)存在下，分子的電子總自旋在 Z軸上的分量為整數(shù)或半整數(shù)時(shí)，才能穩(wěn)定存在 。 b. 鄰近的兩個(gè)穩(wěn)定狀態(tài)之間 Z周分量應(yīng)該相差 1。具有一個(gè)單電子的體系自旋多重度為 2。 成對(duì)電子對(duì)自旋多重度沒有貢獻(xiàn)。 Fe 4s23d６ 4個(gè)自旋平行單電子 S=2， 自旋多重度為 5； 3. Fe2的自旋多重度有許多可能，哪個(gè)是基態(tài)需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)或計(jì)算確定。 基本輸入命令 :Job_Command Line 輸入 分子結(jié)構(gòu) 坐標(biāo)的來源 自建 : a. 手寫內(nèi)坐標(biāo)和混合內(nèi)坐標(biāo) b. 用分子作圖軟件創(chuàng)建 1. ChemDraw 2. GaussView 3. Molden 分子結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)或數(shù)據(jù)庫 a. 晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù) 1. xray單晶測(cè)量 2. 中子衍射測(cè)量 3. Cambridge 晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 Cambridge Structural Database (CSD) 4. PDB數(shù)據(jù)庫 1. 微波波譜測(cè)量 2. 振 轉(zhuǎn)光譜數(shù)據(jù) 手寫內(nèi)坐標(biāo)的建立 例 1： NH3（不考慮對(duì)稱性） ? N 將第一個(gè)原子放在坐標(biāo)原點(diǎn) 三個(gè)原子 ? H 1 r1 將第二個(gè)原子放在 Z軸上 確定右手 ? H 1 r2 2 a2 將第三個(gè)原子放在 ZX平面上 直角坐標(biāo) ? H 1 r3 2 a3 3 b3 根據(jù)右手定則確定 Y軸位置 系 ? [Variables或空行 ] 從第四個(gè)原子開始，后面的 ? r1= 原子位置是確定的；不同的次序，r2= 是如何以何種和連接方式給出 ? r3= ? a2=109. ? a3= ? b3=120. ? [空行 ] 二面角的判斷 1 1 0 = 2 5 0 = 1 1 0 3 6 0?? 1 1 0 = + 2 5 0 = 1 1 0 3 6 0?逆時(shí)針為正 順時(shí)針，為負(fù) 例 2： NH3（考慮對(duì)稱性 C3v）
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