【正文】 第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。他們會(huì)不斷修訂錯(cuò)誤，在后繼出版的各卷中，出一個(gè)新的分類大綱。參照了16S rDNA的序列。附錄2 伯杰氏細(xì)菌系統(tǒng)分類學(xué)手冊(cè)《伯杰氏細(xì)菌系統(tǒng)分類學(xué)手冊(cè)》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，SpringerVerlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles 第二版五卷本與第一版相比又有較大改動(dòng)，與第八、第九版伯杰氏細(xì)菌鑒定學(xué)手冊(cè)也有明顯區(qū)別。它不是根據(jù)表型，而是以系統(tǒng)發(fā)生（進(jìn)化）的框架為基礎(chǔ)。編輯們預(yù)計(jì)在手冊(cè)第一卷到最后一卷出版的6年間，可能會(huì)再發(fā)現(xiàn)100多個(gè)新屬。伯杰氏手冊(cè)公司的網(wǎng)站（）也會(huì)定期更新。 古生菌域 （Domain “Archaea”）第AI門 泉古生菌門(Crenarchaeota phy. nov.)第I綱 熱變形菌綱(Thermoprotei class. nov.)第I目 熱變形菌目(Thermoproteales)第I科 熱變形菌科(Thermoproteaceae)第I屬 熱變形菌屬(Thermoproteus)第II屬 熱桿菌屬(Caldivirga)第III屬 熱棒菌屬(Pyrobaculum)第IV屬 熱枝菌屬(Thermocladium)第II科 熱絲菌科(Thermofilaceae)第I屬 熱絲菌屬(Thermofilum)第II目 硫還原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科 硫還原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I屬 硫還原古球菌屬(Desulfurococcus)第II屬 (Acidolobus)第III屬 氣熱菌屬(Aeropyrum)第IV屬 漿果狀火球菌屬(Ignicoccus)第V屬 葡萄嗜熱菌屬(Staphylothermus)第VI屬 斯梯特氏菌屬(Stetteria)第VII屬 恐硫球菌屬(Sulfophobococcus)第VIII屬 熱盤菌屬(Thermodiscus gen. nov.)第IX屬 耐熱球菌屬(Thermosphaera)第II科 熱網(wǎng)菌科(Pyrodictiaceae)第I屬 熱網(wǎng)菌屬(Pyrodictium)第II屬 棲高溫菌屬(Hyperthermus)第III屬 熱葉菌屬(Pyrolobus)第III目 硫化葉菌目(Sulfolobales)第I科 硫化葉菌科(Sulfolobaceae)第I屬 硫化葉菌屬(Sulfolobus)第II屬 酸菌屬(Acidianus)第III屬 生金球菌屬(Metallosphaera)第IV屬 棲冥河菌屬(Stygiolobus)第V屬 硫代謝球菌屬(Sulfurisphaera)第VI屬 硫化球菌屬(Sulfurococcus)第AII門 廣古生菌門(Euryarchaeota phy. nov.)第I綱 甲烷桿菌綱(Methanobacteria class. nov.)第I目 甲烷桿菌目(Methanobacteriales)第I科 甲烷桿菌科(Methanobacteriaceae)第I屬 甲烷桿菌屬(Methanobacterium)第II屬 甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)第III屬 甲烷球形菌屬(Methanosphaera)第IV屬 甲烷嗜熱桿菌屬(Methanothermobacter)第II科 甲烷嗜熱菌科(Methanothermaceae)第I屬 甲烷嗜熱菌屬(Methanothermus)第II綱 甲烷球菌綱(Methanococci class. nov.)第I目 甲烷球菌目(Methanococcales)第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I屬 甲烷球菌屬(Methanococcus)第II屬 甲烷嗜熱球菌屬(Methanothermococcus gen. nov.)第II科 甲烷熱球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I屬 甲烷熱球菌屬(Methanocaldococcus gen. nov.)第II屬 甲烷干熱菌屬(Methanotorris gen. nov.)第II目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I屬 甲烷微菌屬(Methanomicrobium)第II屬 甲烷袋狀菌屬(Methanoculleus)第III屬 產(chǎn)甲烷袋菌屬(Methanofollis)第IV屬 產(chǎn)甲烷菌屬(Methanogenium)第V屬 葉形甲烷菌屬(Methanolacinia)第VI屬 甲烷盤菌屬(Methanoplanus)第II科 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I屬 甲烷粒菌屬(Methanocorpusculum)第III科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I屬 甲烷螺菌屬(Methanospirillum)未定屬第I屬 產(chǎn)甲烷石狀菌屬(Methanocalculus)第III目 甲烷八疊球菌目(Methanosarcinales)第I科 甲烷八疊球菌科(Methanosarcinaceae)第I屬 甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)第II屬 甲烷擬球菌屬(Methanococcoides)第III屬 甲烷喜鹽菌屬(Methanohalobium)第IV屬 甲烷嗜鹽菌屬(Methanohalophilus)第V屬 甲烷葉菌屬(Methanolobus)第VI屬 甲烷微球菌屬(Methanomicrococcus)第VII屬 甲烷鹽菌屬(Methanosalsum .)第II科 鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae .)第I屬 鬃毛甲烷菌科屬(Methanosaeta)第III綱 鹽桿菌綱(Halobacteria class. nov.)第I目 鹽桿菌目(Halobacteriales)第I科 鹽桿菌科(Halobacteriaceae)第I屬 鹽桿菌屬(Halobacterium)第II屬 鹽盒菌屬(Haloarcula)第III屬 鹽棒桿菌屬(Halobaculum)第IV屬 鹽球菌屬(Halococcus)第V屬 富鹽菌屬(Haloferax)第VI屬 鹽幾何形菌屬(Halogeometricum)第VII屬 鹽桿狀菌屬(Halorhabdus)第VIII屬 鹽紅菌屬(Halorubrum)第IX屬 鹽棲菌屬(Haloterrigena)第X屬 無色嗜鹽菌屬(Natrialba)第XI屬 鈉線菌屬(Natrinema)第XII屬 嗜鹽堿桿菌屬（Natronobacterium）第XIII屬 嗜鹽堿球菌屬(Natronococcus)第XIV屬 嗜鹽堿單胞菌屬(Natronomonas)第XV屬 堿紅菌屬(Natronorubrum)第IV綱 熱原體綱(Thermoplasmata class. nov.)第I目 熱原體目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科 熱原體科(Thermoplasmataceae fam. nov.)第I屬 熱原體屬(Thermoplasma)第II科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I屬 嗜酸古菌屬(Picrophilus)第III科 鐵原體科(Ferroplasmataceae)第I屬 鐵原體屬(Ferroplasma)第V綱 熱球菌綱(Thermococci class. nov.)第I目 熱球菌目(Thermococcales)第I科 熱球菌科(Thermococcaceae)第I屬 嗜熱球菌屬(Thermococcus)第II屬古老球菌屬(Palaeococcus)第III屬 熱球菌屬(Pyrococcus)第VI綱 古生球菌綱(Archaeoglobi class. nov.)第I目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.)第I屬 古生球菌屬(Archaeoglobus)第II屬 鐵球菌屬(Ferroglobus)第VII綱 甲烷嗜高熱菌綱(Methanopyri class. nov.)第I目 甲烷嗜高熱菌目(Methanopyrales ord. nov.)第I科 甲烷嗜高熱菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I屬 甲烷嗜高熱菌屬(Methanopyrus)細(xì)菌域“Bacteria”第BI門 產(chǎn)液菌門(Aquificae phy. nov.)第I綱 產(chǎn)液菌綱(Aquificae class. nov.)第I目 產(chǎn)液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科 產(chǎn)液菌科 (Aquificaceae fam. nov.)第I屬 產(chǎn)液菌屬(Aquifex)第II屬 熱桿菌屬(Calderobacterium)第III屬 氫桿菌屬(Hydrogenobacter)第IV屬 熱發(fā)狀菌屬(Thermocrinis)未定屬第I屬 脫硫桿狀菌屬(Desulfurobacterium)第BII門 棲熱袍菌門(Thermotogae phy. nov.)第I綱 棲熱袍菌綱(Thermotogae class. nov.)第I目 棲熱袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科 棲熱袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I屬 棲熱袍菌屬(Thermotoga)第II屬 閃爍桿菌屬(Fervidobacterium)第III屬 地袍菌屬(Geotoga)第IV屬 石袍菌屬(Petrotoga)第V屬 棲熱腔菌屬(Thermosipho)第BIII門 熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria phy. nov.)第I綱 熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目 熱脫硫桿菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科 熱脫硫桿菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I屬 熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)第BIV門 異常球菌——棲熱菌門(DeinococcusThermus)第I綱 異常球菌綱(Deinococci class. nov.)第I目 異常球菌目(Deinococcales)第I科 異常球菌科(Deinococcaceae)第I屬 異常球菌屬(Deinococcus)第II目 棲熱菌目(Thermales ord. nov.)第I科 棲熱菌科(Thermaceae fam. nov.)第I屬 棲熱菌屬(Thermus)第II屬 稍熱菌屬(Meiothermus)第BV門 金礦菌門(Chrysiogenetes phy. nov.)第I綱 金礦菌綱(Chrysiogenetes class. nov.)第I目 金礦菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科 金礦菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I屬 金礦菌屬(Chrysiogenes)第BVI門 綠屈撓菌門(Chloroflexi phy. nov.)第I綱 綠屈撓菌綱(Chloroflexi)第I目 綠屈撓菌目(Chloroflexales)第I科 綠屈撓菌科 (Chloroflexaceae)第I屬 綠屈撓菌屬（Chloroflexus）第II屬 綠絲菌屬(Chloronema)第III屬 螺絲菌屬(Heliothrix)第II科 顫綠細(xì)菌科 (Oscillochloridaceae)第I屬 綠顫細(xì)菌屬(Oscillochloris)第II目 滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科 滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I屬 滑柱菌屬(Herpetosiphon)第BVII門 熱微菌門(Thermomicrobia phy. nov.)第I綱 熱微菌綱(Thermomicrobia class. nov.)第I目 熱微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科 熱微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I屬 熱微菌屬(Thermomicrobium)第BVIII門 硝化螺菌門(Nitrospira phy. nov.)第I綱 硝化螺菌綱(Nitrospira)第I目 硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科 硝化螺菌科(Nitrospiraceae)第I屬 硝化螺菌屬(Nitrospira)第II屬 鉤端螺菌屬(Leptospirillum)第III屬 磁細(xì)菌屬(Magnetobacterium)第IV屬 熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio)第BIX門 鐵還原桿菌門(Deferribacteres phy. nov.)第I綱 鐵還原桿菌綱(Deferribacteres class. nov.)第I目 鐵還原桿菌目(