【導(dǎo)讀】國(guó)家蛋白質(zhì)設(shè)施實(shí)驗(yàn)技術(shù)中心。清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái)用戶使用手冊(cè)

　　

【正文】 6:23 btop 55181 Job 55181 has been moved to position 1 from top. bjobs JOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME 55179 gyfeng RUN MID login01 node58 /s500 Nov 18 15:59 55180 gyfeng PEND MID login01 /s200 Nov 18 16:15 55181 gyfeng PEND MID login01 /s700 Nov 18 16:23 作業(yè)提交腳本 典型腳本 !/bin/sh BSUB q MID 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 20 BSUB a openmpi BSUB o output.%J BSUB e error.%J BSUB n XXXcoresXXX BSUB R span[ptile=16] Environment source ~/.bashrc rm rf ./hosts touch ./hosts construct the hosts file for the job j=39。39。 k=0 for i in `echo $LSB_HOSTS` do ((k = k + 1)) if [ $((k % 16)) eq 1 ] then echo $k echo $i slots=16./hosts fi done job submission mpirun machinefile ./hosts bynode n XXXmpinodesXXX XXXmandXXX 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 21 附錄 1： Linux 基本命令 1. 目錄操作 名稱： cd 語(yǔ)法： cd [directory] 說(shuō)明： 把當(dāng)前工作目錄轉(zhuǎn)到 ” directory”指定的目錄。 實(shí)例： 進(jìn)入目錄 /usr/bin/： cd /usr/bin 名稱 : ls 語(yǔ)法： ls [options] [pathnamelist] 說(shuō)明： 顯示目錄內(nèi)的文件名和“ pathnamelist”中指定的文件名 實(shí)例： 列出目前工作目錄下所有名稱是 s 開(kāi)頭的文件： ls s* 名稱： pwd 語(yǔ)法： pwd 說(shuō)明： 顯示當(dāng)前目錄的絕對(duì)路徑。 名稱： mkdir 語(yǔ)法： mkdir [options] dirName 說(shuō)明： 創(chuàng)建名稱為 dirName 的子目錄。 實(shí)例： 在工作目錄下，建立一個(gè)名為 AA的子目錄： mkdir AA 名稱： rmdir 語(yǔ)法： rmdir [p] dirName 說(shuō)明： 刪除空的目錄。 實(shí)例： 將工作目錄下，名為 AA的子目錄刪除 : rmdir AA 2. 文件操作 名稱： cp 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 22 語(yǔ)法： cp [options] file1 file2 說(shuō)明： 復(fù)制文件 file1到 file2。 常用選項(xiàng)： r 整個(gè)目錄復(fù)制 實(shí)例： 將文件 aaa 復(fù)制 (已存在 )，并命名為 bbb : cp aaa bbb 名稱： mv 語(yǔ)法： mv [options] source... directory 說(shuō)明： 重新命名文件，或?qū)?shù)個(gè)文件移至另一目錄。 范例： 將文件 aaa 更名為 bbb : mv aaa bbb 名稱： rm 語(yǔ)法： rm [options] name... 說(shuō)明： 刪除文件及目錄。 常用選項(xiàng)： f 強(qiáng)制刪除文件 實(shí)例： 刪除除后綴名為 .c的文件 rm *.c 名稱： cat 語(yǔ)法： cat[options] [filelist] 說(shuō)明： 在標(biāo)準(zhǔn)輸出上連接、顯示文件列表 filelist里的文件 實(shí)例 1： 顯示 file1和 file2的內(nèi)容 cat file1 file2 實(shí)例 2： 將 file1和 file2合并成 file3 cat file1 file2 file3 名稱： more 語(yǔ)法： more[options] [filelist] 說(shuō)明： 在標(biāo)準(zhǔn)輸出上連接、分頁(yè)顯示文件列表 filelist里的文件 實(shí)例： 分頁(yè)顯示文件 AAA more AAA 名稱： head 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 23 語(yǔ)法： head[options] [filelist] 說(shuō)明： 顯示文件列表 filelist中的文件的起始部分，默認(rèn)顯示 10行； 實(shí)例： 顯示文件 AAA起始部分 head AAA 名稱： tail 語(yǔ)法： tail[options] [filelist] 說(shuō)明： 顯示文件列表 filelist中的文件的尾部；默認(rèn)顯示 10行； 實(shí)例： 顯示文件 AAA尾部 tail AAA 名稱： ln 語(yǔ)法： ln[options] existingfile newfile ln[options] existingfilelist directory 說(shuō)明： 為 “ existingfile” 創(chuàng)建鏈接，命名為 newfile 在 directory目錄，為 existingfilelist” 中包含的每個(gè)文件創(chuàng)建同名鏈接 常用選項(xiàng)： f 不管 newfile是否存在，都創(chuàng)建鏈接 s 創(chuàng)建軟鏈接 實(shí)例 1： 建立軟連接 ,指向 Chapter3 ln –s Chapter3 實(shí)例 2：為 examples目錄下的所有文件和子目錄建立軟連接 ln –s ~/linuxbook/examples/* /home/faculty/linuxbook/examples 名稱： chmod 語(yǔ)法： chmod [option] mode filelist 說(shuō)明： 改變或設(shè)置參數(shù) filelist中的讀、寫(xiě)或執(zhí)行權(quán)限 實(shí)例： 添加文件 job的可執(zhí)行權(quán)限 chmod +x job 名稱： tar 語(yǔ)法： chmod [option] [files] 說(shuō)明： 備份文件?？捎脕?lái)建立備份文件，或還原備份文件。 實(shí)例 1： 備份 test目錄下的文件，并命名為 ，可執(zhí)行命令： 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 24 tar – zcvf test 實(shí)例 2：解壓縮相關(guān)的 ，可執(zhí)行命令： tar – zxvf 3. 其他 名稱： echo 語(yǔ)法： echo $variable 說(shuō)明： 顯示變量 variable 的值。 實(shí)例 1： 顯示當(dāng)前用戶路徑 PATH 的值 echo $PATH 名稱： ps 語(yǔ)法： $ps [options] 說(shuō)明： 用于查看當(dāng)前系統(tǒng)中的活躍進(jìn)程 實(shí)例 1： 顯示當(dāng)前所有進(jìn)程 ps –aux 名稱： kill 語(yǔ)法： $kill [signal] pid 說(shuō)明： 終止指定進(jìn)程 實(shí)例 1： 終止 1511 號(hào)進(jìn)程 kill 1511 附錄 2： Vi 使用 1. 簡(jiǎn)要 使用 流程 1) 使用 vi [選項(xiàng) ] [文件 ..] 命令打開(kāi)要編輯的文件 2) 使用 方向鍵 瀏覽文件 3) 按下 i 進(jìn)入編輯模式 4) 編輯 5) 按 Esc 鍵退出編輯模式 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 25 6) 輸入 :w 回車保存，再輸入 :q 回車退出?；蛘咧苯虞斎? :wq 回車，代表保存并退出 2. 兩種操作模式 ? 編輯模式： 對(duì)文本進(jìn)行編輯處理 ? 命令模式 : 接收按鍵指令執(zhí)行操作，如復(fù)制、粘貼、搜索、替換、保存、另存為等 3. 編輯模式 i: 進(jìn)入編輯模式 a: 進(jìn)入編輯模式，將光標(biāo)向后移動(dòng)一位 o: 進(jìn)入編輯模式，在光標(biāo)處插入一個(gè)空行 r: 按下 r 鍵，再按任意字符鍵，將光標(biāo)所在處的字符替換成新輸入的字符 Esc: 退出編輯模式 4. 命令模式 ? 移動(dòng)光標(biāo) ↑或 k：把當(dāng)前光標(biāo)向上移動(dòng)一行，保持光標(biāo)的列位置。 ↓或 j：把當(dāng)前光標(biāo)向下移動(dòng)一行，保持光標(biāo)的列位置。 →或 l：把當(dāng)前光標(biāo)向右移動(dòng)一個(gè)字符。 ←或 h：把當(dāng)前光標(biāo)向左移動(dòng)一個(gè)字符。 $：把當(dāng)前光標(biāo)移動(dòng)到該行行末。 ^：把當(dāng)前光標(biāo)移動(dòng)到該行行首。 w：把當(dāng)前光標(biāo)移動(dòng)到該行的下一個(gè)字的首字符上。 b：把當(dāng)前光標(biāo)移動(dòng)到該行的上一個(gè)字的首字符上。 e：把當(dāng)前光標(biāo)移動(dòng)到該行的該字的末尾字符上。 ^F：向前滾動(dòng)一整屏正文。 ^D：向下滾動(dòng)半個(gè)屏正文。 ^B：向后滾動(dòng)一整屏正文。 ^U：向上滾動(dòng)半個(gè)屏正文。 ? 搜索與替換 /word: 從光標(biāo)處開(kāi)始，向后搜索文本中出現(xiàn) word 的字符串 ?word: 從光標(biāo)處開(kāi)始，向前搜索文本中出現(xiàn) word 的字符串 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 26 :1,$s/word1/word2/g: 在第 1 行與最后一行之間搜索 word1，并將其替換為 word2 :n1,n2s/word1/word2/g: 在第 n1 行與第 n2 行之間搜索 word1，并將其替換為 word2 ? 刪除 (剪切 )、復(fù)制與粘貼 x,X: x 為向后刪除一個(gè)字符， X 為向前刪除一個(gè)字符 dd: 刪除光標(biāo)所在行 yy: 復(fù)制光標(biāo)所在行的內(nèi)容 nyy: 復(fù)制光標(biāo)到第 1 行的所有內(nèi)容 y1G: 復(fù)制光標(biāo)到第 1 行的所有內(nèi)容 yG: 復(fù)制光標(biāo)到最后一行的所有內(nèi)容 p,P: p 為將復(fù)制或剪切的內(nèi)容粘貼在光標(biāo)下一行， P 為粘貼在上一行 u: 撤消上一操作 ? 管理命令 :w:保存 :w!: 強(qiáng)制保存 :q:退出 vi 編輯器 :q!:強(qiáng)制退出 :w [文件名 ]:另存為 .. :r[文件名 ]:讀取另一個(gè)文檔的內(nèi)容，內(nèi)容追加到光標(biāo)所在行之后 :set nu:顯示正文的行號(hào)。 :set nonu:取消行號(hào)。 :![命令 ]： 暫時(shí)離開(kāi) vi 編輯器，并在 shell 中執(zhí)行命令