[計(jì)算機(jī)軟件及應(yīng)用]蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析-資料下載頁
2025-03-22 02:03本頁面
【正文】 “ Analysis Pipeline”, 然后點(diǎn)擊 pepXML,出現(xiàn)如圖所示的界面。 選擇需要轉(zhuǎn)換成 pepXML的 .out文件夾 提交 sequest檢索時所用參數(shù)文件 選擇所有文件夾 選擇 sequest的參數(shù)文件 其他參數(shù)選擇默認(rèn) ,點(diǎn)擊 Convert to PepXML,即可以將文件夾中的所有 .out文件整合成 pepXML文件 程序運(yùn)行界面 PeptideProphet 點(diǎn)擊 Analysis Pipeline,選擇 Analyze Peptides 選擇所有需要運(yùn)行 PeptideProphet的 pepXML文件 選擇 RUN PeptideProphet,其他參數(shù)為默認(rèn) . 點(diǎn)擊 RUN Xinteract,即可作 PeptideProphet分析 . PeptideProphet分析 運(yùn)行 PeptideProphet的結(jié)果可通過 IE打開 . 在 IE中打開的 PeptideProphet的結(jié)果 在 pick columns選項(xiàng)中選中 xcorr、deltcan、 sprank三個 sequest的參數(shù)，選擇 Update Page ProteinProphet 點(diǎn)擊 Analysis Pipeline,選擇 Analyze Proteins 點(diǎn)擊，添加文件 選擇經(jīng) PeptideProphet后生成的 ? 其他為默認(rèn) ,點(diǎn)擊 Run ProteinProphet! 其它參數(shù)為默認(rèn) ,點(diǎn)擊 Run ProteinProphet,即可運(yùn)行 ProteinProphet程序 運(yùn)行 ProteinProphet完成后生 成的 文件可由 IE打開 . 在 IE中輸入 到經(jīng) ProteinProphet后的結(jié)果為 : Excel文件 在 min probability填上 ,選擇 export To excel,然后點(diǎn)擊 Filter/Sort/Discard Checked entries,即可將結(jié)果過濾并生成 Excel文件 . 過濾篩選后生成的 excel文件 蛋白可信度 結(jié)果編號 蛋白索引號 唯一對應(yīng)肽段數(shù) 對應(yīng)肽段總數(shù) 肽段的氨基酸序列 過濾篩選后生成的 excel文件 Thank You!
公司管理相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1