shelxtl5結(jié)構(gòu)分析軟件包-資料下載頁(yè)
2025-01-07 12:26本頁(yè)面
【正文】 結(jié)構(gòu)變得完整。要記住 grow出來的原子是不能帶入下一步的修正，必須把它刪除(結(jié)構(gòu)解釋中只能采用獨(dú)立原子 )。此時(shí)可使用 fuse命令， 該命令刪除那些通過對(duì)稱操作使的這個(gè)原子與某一原子的間距小于 。如： S1及 S1通過對(duì)稱操作產(chǎn)生的 S1A原子，此時(shí)檢測(cè) S1A原子，它也可通過對(duì)稱操作移到 S1位置它跟 S1的距離就變成 ，因而 S1A原子被刪除。 pick命令以圖形顯示當(dāng)前原子表的所有原子，投影角度與上次的 proj相同。它按照當(dāng)前原子表的順序從下往上顯示滿足條件的原子并閃爍顯示其周圍的所有鍵，命令形式如下： pick keyword 其中 keyword是可選擇項(xiàng)，缺省的是全部原子。 被選定的原子在閃爍時(shí)， XP將顯示其 峰高 (直接法及差 Fourier的峰高的標(biāo)度不相同 )及其周圍的鍵，此時(shí)可以對(duì)這一原子進(jìn)行操作： SP鍵跳過這一原子， BS鍵則忽略上一步操作并回退， ESC鍵忽略所有操作并返回， /鍵保存當(dāng)前所有操作并返回， CR鍵則有兩個(gè)用途：直接 CR刪除原子，輸入原子名稱并 CR重命名原子 (同時(shí)按照輸入的名稱重新設(shè)置原子類型 )。 PICK后的原子的排列順序非常亂，此時(shí)可使用 SORT命令來對(duì)原子進(jìn)行重排。 該命令用于重新排序原子，通常需采用兩條命令來完成原子排序： sort/n /按 原子名稱的序號(hào)排序 sort $e1 $e2… /按原子種類排序 雖然 pick命令在運(yùn)行時(shí)可顯示出當(dāng)前原子的成鍵情況，但這些數(shù)值中不包含因?qū)ΨQ操作引入的鍵，而且也不提供鍵角， envi可顯示某一原子周圍的所有鍵及其鍵角，其命令形式如下： envi del keyword 其中 del定義了成鍵距離 (br1+br2+del，缺省值為 )， keyword可用于指定某一原子。 envi的顯示模式如下： C3 C1 第一列顯示成鍵原子名稱，第二列顯示其位置，第三列顯示鍵長(zhǎng)，后面的則 是相應(yīng)的鍵角。在觀察鍵角時(shí)，可以把第一個(gè)原子寫在第四列，第二個(gè)原子，第五列．．．，此時(shí)鍵角對(duì)應(yīng)的原子就是相應(yīng)行和列上的原子。 name命令重命名某些原子，其命令格式為： name oldname newname [．．． ] 在這個(gè)命令中，還可用 ―？ ‖來代替所有除空格外的字符，如： name q? c? 將把 Q1到 Q9的所有峰重命名為 C1到 C9(Q*存在且 C*不存在情況下 )，同樣還可用 q??來代表 Q10到 Q99的所有峰。 kill命令用來刪除某些指定的原子，一類原子，一系列原子 或所有原子。命令格式分別為： kill S1 /刪除 S1原子 kill $s /刪除所有 S原子 kill s1 to q5 /刪除 S1到 Q5的所有原子 (info列出的順序 ) 氫原子由于弱衍射的緣故在 X射線數(shù)據(jù)中是難以準(zhǔn)確定位的，通常采用幾何加氫并進(jìn)行固定的方式來處理氫原子。 hadd提供了理論加氫功能，命令使用格式為： hadd type dist U keyword 其中 dist及 U分別定義了 H原子與母原子的間距及加上的 H原子的溫度因子值，通常被忽略， keyword定義了 要加氫的原子，可以是某些原子或某一類原子或者全部原子， type定義了加氫類型： Type= 氫原子類型 1 叔碳?xì)? 2 仲碳?xì)? 3 伯碳?xì)? 4 芳香烴碳 或氨基 9 烯烴碳 若忽略所有參數(shù)， hadd自動(dòng)按照 C， N， O周圍的成鍵類型及鍵角進(jìn)行理論加氫，但這時(shí)要注意某些原子周圍的氫可能加錯(cuò)，特別是對(duì)構(gòu)型為的 的 C原子，如苯環(huán)上的 C原子及正丁基上除端 C之外的 C原子， XCY鍵角更靠近 109176。，將按仲碳加兩個(gè)氫，而若更靠近 120176。，則按芳香烴類型加一個(gè)氫 。對(duì)于這些原子，若加氫類型不符合，可以首先刪除這些原子上加入的 H原子，再通過指定加氫類型來加氫。 file命令保存當(dāng)前的原子數(shù)據(jù)，注意若使用 uniq命令，則只保存這時(shí)的原子數(shù)據(jù)，其它原子將不被保存，因此在使用 file命令前，最好先使用 fmol命令調(diào)用所有的原子除非想刪除其它碎片的原子，同時(shí) file命令把差 Fourier峰也當(dāng)做原子保存下來，因而必須先刪除差 Fourier峰 (否則自動(dòng)把它當(dāng)做 SFAC中第一類型的原子參與后續(xù)的計(jì)算 )，在運(yùn)行 file命令時(shí)，要從選定的文件中復(fù)制 TITL???UNIT等指令。 File命令使用方式為： file name isot把某些原子從各向異性修正轉(zhuǎn)化成各向同性修正。在 XL指令中有把各向同性修正轉(zhuǎn)化成各向異性修正的指令，但不提供相反的指令。對(duì)于那些使用各向異性修正時(shí)有問題的原子，如非正定，溫度因子太大等，可在 XP中使用 ISOT使之轉(zhuǎn)化成各向同性進(jìn)行修正。 ,exit 這兩個(gè)命令推出 XP。 XP還有其它的命令，這里就不進(jìn)行敘述了。
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