【導(dǎo)讀】以rs36014863為例，你點(diǎn)進(jìn)去后，出現(xiàn)下圖的頁(yè)面，里面示SNP數(shù)據(jù)庫(kù)中關(guān)于這個(gè)SNP的全部。P提交情況，不同群體的雜合度報(bào)道參考信息……面，選擇SNP，然后有相關(guān)SNP記錄476條，點(diǎn)擊進(jìn)入后，選擇HUMAN279條，然后再逐個(gè)觀察。推薦配合Genewindow結(jié)合使用，Genewindow是很好的動(dòng)態(tài)平臺(tái)，十分直觀，可以清晰的顯示SNP. 所引起的DNA序列多態(tài)性。但通常所說(shuō)的SNP并不包括后兩種情況。理論上講，SNP既可能是二等位多態(tài)性，也可能是3個(gè)或4個(gè)等位多態(tài)性，但實(shí)際上，后兩者非常少見，換型變異的SNP約占2/3，其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。率僅及周圍序列的1/，因此cSNP的研究更受關(guān)注。各地各民族人群中特定SNP并。據(jù)估計(jì)，人類基因組中每1000個(gè)核苷酸就有一個(gè)SNP，人類30億堿基中共。SNPs的二態(tài)性，也有利于對(duì)其進(jìn)行基因分型。生物技術(shù)系統(tǒng)檢測(cè)反應(yīng)結(jié)果。當(dāng)然，只能檢測(cè)雜合突變是DHPLC的不足

　　

【正文】 因體的定序計(jì)劃 (只有約 1%)，剩下的 42%是經(jīng)由實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生，而後還是需要生物資訊方法來(lái)進(jìn)行序列的比對(duì)才能得到。 (13) EST 序列比對(duì)需要藉由各種生物資訊軟體來(lái)進(jìn)行，例如 PolyBayes 就是一個(gè)好例子，PolyBayes 是以人類染色體的基因體序 列作為參考序列，再將資料庫(kù)中所有的 EST 序列做多序列間的比對(duì)，比對(duì)後便可知道出哪些 EST 是同一群，檢查出 SNPs 及不是 SNPs 而可能是定序上的錯(cuò)誤。 (13， 15) 經(jīng)由實(shí)驗(yàn)的方法要如何找出 SNPs 呢 ?首先選定想要分析的特殊基因或是一段序列，設(shè)計(jì)適當(dāng)?shù)?Primers，再以聚合酶連鎖反應(yīng)（ Polymerase Chain Reaction。 PCR），增加核酸序列的數(shù)量，等數(shù)量夠大，就可以以電腦及軟體進(jìn)行多序列的比對(duì)分析，就能找出可能的 SNPs。 (13， 15) 建立了 SNPs 的資料庫(kù)以後，就可以利用其中的資料， 和自己的樣品加以比對(duì)，來(lái)確認(rèn)樣品中是否帶有這個(gè) SNP。這時(shí)就需要在樣品中作 SNP 的檢測(cè)，檢測(cè)的方法因應(yīng)需要而發(fā)展得十分多樣，在各種檢測(cè)方法競(jìng)爭(zhēng)日趨激烈之下，該如何選擇呢 ?一個(gè)好的檢測(cè)方法應(yīng)具有下列幾個(gè)條件： 1. 準(zhǔn)確 —— 新方法必須經(jīng)的起舊有的「標(biāo)準(zhǔn)」方法加以驗(yàn)證，而且準(zhǔn)確率必須 99%。 2. 可靠 —— 此技術(shù)必須不易失敗，以免重複進(jìn)行實(shí)驗(yàn)使花費(fèi)上升，耽誤結(jié)果，浪費(fèi)寶貴的樣品。 3. 簡(jiǎn)便 —— 步驟簡(jiǎn)單，操作時(shí)間短。這樣可以降低時(shí)間及金錢上的花費(fèi)，並減低出錯(cuò)的可能。 4. 經(jīng)濟(jì) ——時(shí)間及金錢上的花費(fèi)要少越好，例如試劑費(fèi)，設(shè)備需求， 使用費(fèi)等，花費(fèi)過(guò)高就 19 無(wú)法測(cè)試大量的樣品。 以下介紹的 READIT? SNP 基因多型性系統(tǒng)即為一種基因多型性和 SNP 檢測(cè)的新技術(shù)，製造公司為 Promega。 READIT? 測(cè)試可檢測(cè) PCR 樣品的特異序列，確定特異序列存在時(shí)便產(chǎn)生信號(hào)。具有特定序列的片段，經(jīng)由特異性雜交及兩個(gè)熱穩(wěn)定酶的作用 (READase? 聚合酶和 READase? 激酶 )，產(chǎn)生擴(kuò)增作用並產(chǎn)生 ATP。再加入螢光素酶 /螢光素試劑，即可產(chǎn)生儀器能檢測(cè)的螢光，再經(jīng)由配備的 READIT? 計(jì)算軟體，可將螢光加以分析，並確認(rèn)每個(gè)樣品的基因型，因 此便可簡(jiǎn)單地找出 SNP 基因多型性的存在。這個(gè)系統(tǒng)還可以對(duì)擴(kuò)增的樣品作插入、缺失、移位及進(jìn)行病原菌的檢測(cè)。 (10) ? “SNP” 的進(jìn)展 由於單核苷酸多型性在醫(yī)藥上的重要性，美國(guó)國(guó)家衛(wèi)生研究院（ National Institute of Health。 NIH）提供約三千萬(wàn)美元的經(jīng)費(fèi)給序列定序中心，進(jìn)行搜尋並定位人類的單核苷酸多型性（ SNPs）的計(jì)劃，定位一百萬(wàn)個(gè)人類的 SNPs。由各大藥廠等組成的單核苷酸多型性協(xié)會(huì)（ The SNP Consortium。 TSC）也出資尋找定位出約三十萬(wàn)個(gè)人類的 SNPs。私人 公司如 CeleraGenomics 及 InCyte Pharmaceutical 也決定分別投入資金，目前至少已有 3， 895， 421 個(gè)人類 SNPs被定位，定位的資料收錄於美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)資訊中心（ National Center for Biotechnology Information。 NCBI）（ 16）的單核苷酸多型性資料庫(kù)（ dbSNP），減去重複登錄的資料不算，現(xiàn)有的人類 SNPs 總數(shù)約為 2， 421， 261 個(gè)，這數(shù)字還會(huì)繼續(xù)增加。 (11， 13) 至於其他物種的 SNPs 就不是那麼熱門，目前還不超過(guò) 700 筆。這 是因?yàn)槠渌锓N的基因體相關(guān)定序計(jì)劃（如基因體解序、 EST 解序、 SNP 尋找及定位），本來(lái)就比人類基因體相關(guān)的定序計(jì)劃少和慢，畢竟人類基因體相關(guān)的定序計(jì)劃對(duì)我們來(lái)說(shuō)才是最重要最有用的。 (12， 13) 在臺(tái)灣，以基因體研發(fā)為主軸的賽亞基因科技公司，已於 2020 年 7 月完成亞洲人種的單一核苷酸多型性（ Single Nucleotide Polymorphism， SNP）資料庫(kù)初稿，接下來(lái)的目標(biāo)將針對(duì)肝炎、氣喘、乳癌、二型糖尿病等亞洲地區(qū)的多發(fā)性疾病，積極進(jìn)行相關(guān)基因體研究，包括臨床基因體學(xué)、微衛(wèi)星基因定型分析、SNP 定型分析、高效能定序、基因微陣列及生物資訊多項(xiàng)中心等。 ? “SNP” 的展望 SNP 雖然列於基因體學(xué)的範(fàn)疇內(nèi)，但若能結(jié)合多重學(xué)科，將可發(fā)展個(gè)體化醫(yī)學(xué)，也就是針對(duì)個(gè)人基因特質(zhì)的醫(yī)藥方式。除了人類基因組的 DNA 序列資料以外，尚需藥物遺傳學(xué)、臨床藥理學(xué)、毒理學(xué)、生物信息學(xué)、蛋白質(zhì)體學(xué)、生物資訊學(xué) 20 等的參與。蛋白質(zhì)體學(xué)的研究目標(biāo)，是確定所有的機(jī)體內(nèi)蛋白質(zhì)及蛋白質(zhì)間的相互關(guān)係，可望對(duì)個(gè)體化醫(yī)學(xué)的發(fā)展作出重大貢獻(xiàn)；而決定個(gè)體間蛋白差異的基因就在於 SNP。 簡(jiǎn)單的說(shuō)，個(gè)體化醫(yī)學(xué)的理想是：病人就醫(yī)時(shí)隨身帶著一張智 能卡，上面除了姓名、性別、年齡、生活史等常規(guī)資料外，還有與藥物代謝以及與療效有關(guān)的各種基因型資料。據(jù)此，醫(yī)生可以預(yù)測(cè)各種藥物的效應(yīng)，充分運(yùn)用適當(dāng)?shù)乃幬铮_(dá)到更高的療效，並減少醫(yī)療資源浪費(fèi)。（ 14） 但個(gè)體化醫(yī)學(xué)還有很長(zhǎng)的路要走，除了 SNP 的研究外，必須配合上述多種學(xué)科的進(jìn)展，相輔相成，以求早日達(dá)到個(gè)體化醫(yī)學(xué)的遠(yuǎn)大目標(biāo)。 ? SNP 資訊相關(guān)網(wǎng)站 ?以下介紹幾個(gè)重要的 SNP 資訊網(wǎng)站： １． TSC website TSC（ The SNP Consortium Ltd.）是一個(gè)非營(yíng)利性基金會(huì)，其組成目的是“發(fā)展在 人類 基因體中超過(guò) 300 萬(wàn)個(gè)以上的 SNPs 的資料、將數(shù)據(jù)收集成資料庫(kù)，並且不以智慧財(cái)產(chǎn)權(quán)法律為限制（ without intellectual property restrictions）、公開地向大眾提供資訊”。網(wǎng)站的主要功能如下： (1) Allele Frequency/Genotype Project：提供三個(gè)世界主要人類族群的 6 萬(wàn)個(gè) SNPs frequency。 (2) The SNP Consortium Linkage Map Project：提供 human chromosome 的 TSClinkage map 查詢服務(wù)。 (3) All TSC protocols：提供所有 SNP 實(shí)驗(yàn)的相關(guān) protocols。 (4) Search the TSC database：提供由 internal TSC IDs 來(lái)搜尋 SNPs 的服務(wù)。 (5) News related to The SNP Consortium：持續(xù)提供 SNP 的相關(guān)研究訊息。 其網(wǎng)站內(nèi)亦提供 Glossary，以及其他資料查詢，是個(gè)很豐富的網(wǎng)站。重點(diǎn)是，其一切資訊都是 免費(fèi) 的。 ２． dbSNP Home Page 此網(wǎng)站是由 NIH 之下的 NCBI 所架設(shè)。在網(wǎng)站具有非常龐大的資料庫(kù)，提供許多不同項(xiàng)目的搜尋服務(wù)，且 不侷限於人類 SNP 資訊 ，也提供其他生物的 SNP 資訊。值得一提的是， NCBI 在網(wǎng)站中對(duì) SNP 有簡(jiǎn)單的介紹，可幫助了解 SNP 的意義及在各種生物方面的應(yīng)用。是非常 有用的資料庫(kù)網(wǎng)站。 ?其他的 SNP 資訊網(wǎng)站： １． HGBASEHuman Genic Bi Allelic Sequences HGBASE (human genic biallelic sequences) is a database of intragenic (promoter to end of transcription) sequence polymorphism. Its primary purpose is to facilitate 21 genotypephenotype association studies based upon the rapidly growing number of known， gene related， single nucleotide polymorphisms (SNPs). ２． UDB， The Unified Database The Unified Database (UDB) presents an integrated map for each human chromosome， based on data integrated by the GeneLoc algorithm. ３． SVD Sequence Variation Database project ４． Human SNP Database 可由 SNP 名稱或序列 免費(fèi) 查詢相關(guān)資料，並附有人類 23 條染色體的 chromosome marker map（但沒有 Y 染色體的） ５． JSPN Database 日本人的 SNP 資料庫(kù)，有 SNP 的 chromosome map（ 22＋ X、 Y），並可利用 BLAST 作序列比對(duì)。 ? 怎麼找 SNP 資訊網(wǎng)站： 進(jìn)入 Google 搜尋網(wǎng)，鍵入 SNP database 後按搜尋即可。 ? 參考資料 1) 2) 3) 4)陳奕雄博士 ， 「蛋白結(jié)構(gòu)與生物資訊」跨領(lǐng)域研究及教學(xué)研討會(huì)之會(huì)議資料（ 後基因體時(shí)代的生技產(chǎn)業(yè)趨勢(shì)：個(gè)體化醫(yī)療 ） ， 2020 年 4 月 ， ~84， 輔仁大學(xué)生物技術(shù)研發(fā)中心編印 . 5) 6) 7) 8) 9) 10) 11) 12) 13) 14) 15) 16) 17) .htm 18)