中國(guó)地方雞種核酸數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)與功能設(shè)計(jì)(編輯修改稿)
2025-08-14 06:50 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 ，基因密碼子的使用也與基因編碼的蛋白的結(jié)構(gòu)和功能有關(guān)。 mRNA中的稀有密碼子的使用與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的連接區(qū)和規(guī)則二級(jí)結(jié)構(gòu)單元的連接區(qū)有關(guān)，翻譯速率在連接區(qū)會(huì)降低，說(shuō)明蛋白質(zhì)折疊方式與 mRNA序列之間存在一定的相關(guān)性。 6. 研究結(jié)果還表明，蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)與密碼子使用概率有密切的關(guān)系，通過(guò)對(duì)密碼子的聚類分析，可以將具有不同三級(jí)結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的編碼基因分成不同的類，而具有相似三級(jí)結(jié)構(gòu)蛋白的編碼基因則大致聚在同一類中。進(jìn)一步的研究發(fā)現(xiàn)，在不同物種中，類型相同的基因具有相近的同義密碼子使用偏性，對(duì)于同一類型的基因由物種引起的同義密碼子使用偏性的差異較小。 繪制熱紅外分布圖 CpG島分析 在人類基因組中有一半左右的 CpG island 與已知管家基因（ housekeeping gene）有關(guān)聯(lián)； CpG island很少出現(xiàn)在不含基因的區(qū)域和那些發(fā)生多次突變的基因中； CpG與一種重要的化學(xué)修飾 —— 甲基化密切相關(guān)。 短序列匹配 ?在待分析序列中查找特征短片段，如 TATA Box ?TATA Box， CAAT Box，終止子等 識(shí)別開(kāi)放閱讀框 ORFs ?開(kāi)放閱讀框 (Open Reading Frame: ORF)是基因序列的一部分，包含一段可以編碼蛋白的堿基序列，不能被終止子打斷。 ?開(kāi)讀框架的預(yù)測(cè)常與第一個(gè) ATG和終止密碼子的確定相關(guān)。 ?系統(tǒng)以原核生物和真核生物兩種模式識(shí)別待分析序列的 ORFs 中國(guó)地方雞種基因序列比對(duì)與相似性搜索 ?意義與目的： ?通過(guò)搜索序列數(shù)據(jù)庫(kù)，找到與新序列同源的已知序列，并根據(jù)同源性推測(cè)未知序列的生物學(xué)功能； ?對(duì)于 DNA序列，同源搜索還有助于確定編碼區(qū)域，確定基因； ?實(shí)現(xiàn)方法： ?中國(guó)地方雞種核酸序列庫(kù) +家禽基因組序列庫(kù)的比對(duì)搜索； ?設(shè)定全局最優(yōu)比對(duì)算法 +局部最優(yōu)比對(duì)算法 2種策略 SmithWaterman NeedlemanWunsch 中國(guó)地方雞種系統(tǒng)發(fā)生分析（開(kāi)發(fā)中） ? 由于國(guó)內(nèi)學(xué)者對(duì)國(guó)內(nèi)地方雞種 mtDNA研究較多，數(shù)據(jù)庫(kù)收集到數(shù)據(jù)較豐富特點(diǎn)。構(gòu)建地方雞種 mtDNA系統(tǒng)發(fā)生專門化分析組件。 ? 線粒體 DNA非常適合于系統(tǒng)發(fā)生分析，因?yàn)榫€粒體 DNA從母體完全傳到子代，不與父代 DNA重組。線粒體 DNA具有易分離、進(jìn)化速度快、母系遺傳、缺乏重組和無(wú)內(nèi)含子等特點(diǎn)。使線粒體 DNA成為分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)研究的一類重要的分子標(biāo)記。 ? mtDNA的控制區(qū)即 Dloop區(qū)為非編碼區(qū)，不編碼蛋白質(zhì)線粒體 DNA中，受到選擇壓力較小，因此積累了較多的突變，如堿基替換、插入、缺失，以及眾多的串聯(lián)重復(fù)序列等。 ? 系統(tǒng)采用非加權(quán)分組平均法（ UPGMA， unweighted pair group method with arithmetic means)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù) 系統(tǒng)功能實(shí)現(xiàn)的關(guān)鍵技術(shù) ? Matlab Bioinformatic Toolbox 引用 ? Imports System ? Impo
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