【文章內(nèi)容簡介】 availableScZn6s,5p,3d, 1f7s,6p,4d,2f,1g8s,7p,5d,3f,2g,1h9s,8p,6d,4f,3g,2h,1inot availableGaKr5s,4p,2d6s,5p,3d,1f7s,6p,4d,2f,1g8s,7p,5d,3f,2g,1hnot available分子系統(tǒng)設(shè)定這輸入段落設(shè)定分子中所有原子核的位置和 α 及 β自旋的電子數(shù)。有幾種方式可以設(shè)定原子核的組態(tài)：一個 Z矩陣，一個直角坐標(biāo)，或兩者混合的形式（注意直角坐標(biāo)只是 Z矩陣的一個特例）。分子系統(tǒng)設(shè)定段落第一行設(shè)定分子凈電荷（一個整數(shù)）和自旋多重態(tài)（通常是一個正整數(shù)）。因此一個中性分子的自旋單一態(tài)，這一行的內(nèi)容是 0 1。陽離子自由基，這一行的內(nèi)容是 1 2 。在某些計(jì)算類型中，這一行可能包含多組電荷/自旋多重態(tài) 的數(shù)據(jù)。若在計(jì)算路徑段落中使用關(guān)鍵詞 Geom=CheckPoint ，分子系統(tǒng)設(shè)定段落只需要電荷自旋多重態(tài)這一行數(shù)據(jù)。若在計(jì)算路徑段落中使用關(guān)鍵詞 Geom=AllCheck ，整個分子系統(tǒng)設(shè)定段落（以及標(biāo)題段落）都可以省略。分子系統(tǒng)設(shè)定段落剩下的部份對分子中每一個原子設(shè)定元素類型和原子位置。這一行數(shù)據(jù)最常見的形式是：Elementlabel[–Atomtype[–Charge]][(param=value[, …])] Atompositionparameters每一行包含一個元素類型，和可能的分子力學(xué)原子類型和部份電荷選項(xiàng)。這原子的原子核參數(shù)在括號內(nèi)的清單中設(shè)定。這一行剩下的部份是原子的位置，可用直角坐標(biāo)，也可以用 Z 矩陣內(nèi)坐標(biāo)來定義。我們先考慮最初和最后的項(xiàng)目，然后在討論剩下的項(xiàng)目。這是分子系統(tǒng)設(shè)定段落內(nèi)原子設(shè)定的基本形式（省略其它所有選項(xiàng)）：Elementlabel [freezecode] x y z這些范例中使用空格作為各項(xiàng)的區(qū)隔符號，其它有效的區(qū)隔符號也可以使用（例如，逗點(diǎn)）。原子的位置用直角坐標(biāo)設(shè)定。 freezecode 是一選項(xiàng)參數(shù)，用來在ONIOM 計(jì)算中標(biāo)示幾何優(yōu)選計(jì)算中位置要固定的原子（見 ONIOM 的說明）。元素卷標(biāo) Elementlabel 是一個字符串，由原子的化學(xué)符號或原子序構(gòu)成。若使用元素符號，可以選擇在元素符號后加上一個數(shù)字，產(chǎn)生這原子的識別標(biāo)簽。通常是在元素名稱后加上一個識別整數(shù)： C1，C2，C3，等等；這技術(shù)在遵循傳統(tǒng)的化學(xué)編號上很有用。元素卷標(biāo)最多只能有四個字母。第一種形式中，每一行剩下的部份是指定該原子核位置的直角坐標(biāo)。第二種形式，atom1，atom2，atom3 是前面已設(shè)定的原子，用來定義這一行原子的位置（另一種方式，可用分子結(jié)構(gòu)設(shè)定段落中，各原子出現(xiàn)所在的行數(shù)代入上述的原子變量，電荷和自旋多重態(tài)所在的行當(dāng)作第零行）。目前這個原子的位置，可用和原子 1 間的鍵長，連接這原子與原子 1 的鍵和連接原子1 與原子 2 鍵的鍵角，以及這原子原子1，原子 2 構(gòu)成的平面，與原子 1，原子 2 ，原子 3 構(gòu)成的平面，兩平面間的雙面角（扭角）所定義。這是 Z矩陣的定義。以下是一個乙烷分子簡單的分子系統(tǒng)設(shè)定段落，使用元素卷標(biāo)（元素類型+原子編號）指定碳原子，使用元素類型指定氫原子：0,1 C1 C2 H H H H H H Zmatrix molecule specifications are also accepted. See Appendix C for details.設(shè)定同位素和其它原子核參數(shù)在原子類型字段中，用括號內(nèi)的關(guān)鍵詞和數(shù)值，可指定同位素和其它原子核參數(shù)，例如：C(Iso=13,Spin=3) 這一行指定一個 13C 原子，原子核自旋為 3/2 (3 * 1/2)，位于原點(diǎn)。以下是可以被包含在括號里的項(xiàng)目： Iso=n: 選擇同位素，若用整數(shù)當(dāng)作原子質(zhì)量，程序會自動使用最接近的真正同位素質(zhì)量（例如， 18 指定 18O，而 Gaussian 程序使用的數(shù)值是 ）。 Spin=n: 原子核自旋，單位是 1/2。 ZEff=n: 有效電荷。照參數(shù)用在自旋軌域耦合（見 CASSCF=SpinOrbit），和 ESR g 張量與電子自旋分子旋轉(zhuǎn)超細(xì)微張量（NMR Output=Pickett）的計(jì)算。 QMom=n: 核四極舉。 GFac=n: 核磁矩，單位是 nuclear magnetons。分子片段設(shè)定分子系統(tǒng)內(nèi)的分子片段可用參數(shù) Fragment 定義，出現(xiàn)在原子符號后的括號內(nèi)，括號內(nèi)也可設(shè)定同位素和原子核參數(shù)值。Fragment 設(shè)定的數(shù)值是一個整數(shù)。具有相同片段編號的原子同屬一個分子片段。分子片段用于分子片段猜測計(jì)算，補(bǔ)償（ counterpoise）計(jì)算，等等。例如，以下的 biphenyl 結(jié)構(gòu)分成兩個苯環(huán)分子片段：0,1 0,1 0,1 總電荷和總自旋多重態(tài)，后便是每個分子片段的總電荷和總自旋多重態(tài)C(Fragment=1) C(Fragment=1) C(Fragment=1) C(Fragment=1) C(Fragment=1) C(Fragment=1) H(Fragment=1) H(Fragment=1) H(Fragment=1) H(Fragment=1) H(Fragment=1) C(Fragment=2) C(Fragment=2) C(Fragment=2) C(Fragment=2) C(Fragment=2) C(Fragment=2) H(Fragment=2) H(Fragment=2) H(Fragment=2) H(Fragment=2) H(Fragment=2) 這個范例說明分子片段的電荷和自旋多重態(tài)設(shè)定方式。計(jì)算輸入檔中對應(yīng)這設(shè)定行的格式如下：總電荷，總自旋多重態(tài)，片段 1 的電荷, 片段 1 的自旋多重態(tài)， 片段 2 的電荷, 片段 2 的自旋多重態(tài)Guess=Fragment 計(jì)算中負(fù)值的自旋多重態(tài)有特殊的含意，指示對應(yīng)的分子片段未成對軌域的自旋狀態(tài)為 β 自旋軌域。其它計(jì)算工作類型中設(shè)定負(fù)直得自旋多重態(tài)都會產(chǎn)生錯誤。Guess=Fragment 和 Counterpoise 計(jì)算中，分子片段編號要從 1 開始，依序指定。其它計(jì)算工作類型則無此嚴(yán)格要求，但違反這個規(guī)則可能會在輸出文件中造成一些冗長得空白數(shù)據(jù)段落 (例如，所有片段分布分析的數(shù)據(jù)都是零）。GaussView 圖形程序提供定義分子片段的圖形工具。分子力學(xué)原子類型分子力學(xué)計(jì)算所用的分子系統(tǒng)設(shè)定也可包含原子類型和部份電荷等信息。這是一個范例：CCT 指定一個 SP3 脂肪族 （aliphatic） 碳原子 指定一個 SP3 脂肪族（aliphatic） 碳原子，部份電荷為 . 指定一個 羰基 氧原子，部份電荷為 .原子類型和選項(xiàng)部份電荷可對每一個原子做設(shè)定。也可定義原子核參數(shù)，例如：CCT(Iso=13)(Spin=3)PDB 檔案參數(shù)原子核參數(shù)和分子團(tuán)的定義之后可附加幾項(xiàng)定義，這些項(xiàng)目是要和 PDB 格式檔案搭配，以保留檔案中包的分子團(tuán)和其它結(jié)構(gòu)信息，這些信息使用者不會做定義。若 Gaussian 09 計(jì)算輸入檔案來自 GaussView 程序，而分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)源自一個 PDB 格式檔案，這計(jì)算輸入檔中可能會有這些標(biāo)示。 RESNum 指定這原子所屬的分子團(tuán)（胺基酸）編號。這數(shù)值的格式是 n[X[Y]]， n 是一個整數(shù) (不一定是正數(shù)），X 是選項(xiàng)單字母插入碼，Y 是選項(xiàng)分子煉字母。若指定分子煉，但是沒有插入碼，則 X 可用底現(xiàn)代替：ResNum=17_C 代表在分子煉 C 上的編號 17 的胺基酸分子團(tuán)。 RESName 指定三個字母的胺基酸名稱。 PDBName 若不只是元素名稱，指定這名稱給這原子。設(shè)定虛擬原子（ Ghost Atoms）分子力學(xué)原子類型標(biāo)示為 Bq (即, OBq) 的原子是對應(yīng)原子的虛擬原子 ghost [Macbeth]，虛擬原子舉有和對應(yīng)原子相同的正?；缀瘮?shù)和數(shù)值積分格點(diǎn)，但不具核電荷或電子。進(jìn)行補(bǔ)償（counterpoise）計(jì)算時需要虛擬原子的設(shè)定。這樣的計(jì)算和舊版 Gaussian 程序使用關(guān)鍵詞 Massage 所做的計(jì)算有一些不同，差異在于包含 DFT XC 積分計(jì)算中虛擬原子使用的格點(diǎn)。新版的計(jì)算方法提供較一致性的重迭校正，比較容易使用。注意補(bǔ)償計(jì)算也可用關(guān)鍵詞 Counterpoise 啟動。設(shè)定具周期邊界條件的分子系統(tǒng)周期性系統(tǒng)用一個單位晶格內(nèi)的分子系統(tǒng)設(shè)定做設(shè)定，只需要在正常的分子設(shè)定段落后緊跟上一個，兩個或三個平移向量（之間不要有空行），指定結(jié)構(gòu)重復(fù)的方向。例如以下段落設(shè)定 neoprene 分子一維周期邊界條件系統(tǒng)的單結(jié)構(gòu)能量計(jì)算： PBEPBE/631g(d,p)/Auto SCF=Tight neoprene, CH2CH=C(Cl)CH2 optimized geometry0 1C, , H, , H, ,C, H, C, , ,C, , H, , , H, ,Cl, ,TV, , 最后一行設(shè)定平移向量。注意 TV 當(dāng)作一個原子符號處理。以下這分子系統(tǒng)設(shè)定可用來做一片石墨的二維周期邊界條件計(jì)算：0 1C C TV TV 以下這分子系統(tǒng)設(shè)定可用來做砷化鎵三維周期邊界條件（晶體）計(jì)算：0 1 Ga Ga Ga Ga As As As As TV TV TV Last updated on: 9 Jun 2009多步驟計(jì)算工作多重 Gaussian 計(jì)算工作可結(jié)合在一個計(jì)算輸入檔內(nèi)。各計(jì)算工作的計(jì)算輸入數(shù)據(jù)之以這一行做區(qū)隔：Link1例如這個計(jì)算輸入檔內(nèi)有兩個計(jì)算步驟：%Chk=freq HF/631G(d) Freq Frequencies at STP 分子結(jié)構(gòu)設(shè)定段落Link1%Chk=freq%NoSave HF/631G(d) Geom=Check Guess=Read Freq=(ReadFC,ReadIsotopes)Frequencies at 300 K電荷和自旋多重態(tài) 同位素設(shè)定段落這計(jì)算輸入文件計(jì)算振動頻率并在兩組不同的溫度和壓力下做熱化學(xué)分析：首先是 K 和 1 大氣壓，然后是 300 K 和 2 大氣壓。Link1 行之前必須要有一行空行。第二個計(jì)算工作從檢查檔讀入分子結(jié)構(gòu)（Geom=Check），因此在分子結(jié)構(gòu)設(shè)定段落中只需設(shè)定電荷和自旋多重態(tài)。Last updated on: 9 Jun 2009Gaussian 09 關(guān)鍵詞關(guān)鍵詞依照字母順序排列，但有以下例外： 基底函數(shù)組關(guān)鍵詞不在這里；可用的基底函數(shù)組和對應(yīng)的關(guān)鍵自相系說明請參考 基底函數(shù)組章節(jié) 。注意，ChkBasis， ExtraBasis， Gen，和 Pseudo 關(guān)鍵自有自己的說明章節(jié)。 所有 DFT有關(guān)的關(guān)鍵詞集中在 DFT Methods章節(jié)內(nèi)討論。 Link 0 指令章節(jié)放在所又字母排列關(guān)鍵詞之后（即在 ZIndo 關(guān)鍵詞章節(jié)之后），倒數(shù)第二個章節(jié)。 和指定更動計(jì)算路徑有關(guān)的關(guān)鍵詞—ExtraLinks， ExtraOverlays， NonStd， Skip，和 Use—在章節(jié) Specifying Nonstandard Routes 中討論。有關(guān)的信息也出現(xiàn)在 testrt 工具程序的討論中。 每一關(guān)鍵詞的討論中，選項(xiàng)依照重要性和使用的頻繁程度排序，而非嚴(yán)格遵照字母排序。龐大的選項(xiàng)清單還將功能類似的選項(xiàng)集中成小的章節(jié)。Last updated on: 3 September 2009Gaussian 09 關(guān)鍵詞關(guān)鍵詞清單 關(guān)鍵詞主題和分類 ADMPAM1AmberB3LYPBDBOMDCacheSizeCASSCFCBSExtrapolateCCD, CCSDChargeChkBasisCID, CISDCIS, CIS(D)CNDOComplexConstantsCounterpoiseCPHFDensityDensityFitDFTBDreidingEOMCCSDEPTExtendedHuckelExternalExtraBasisExtraDensityBasisFieldFMMForceFreqGen, GenECPGenChkGeomGFInputGFPrintGuessGVBHFHuckelINDOIntegralIOpIRCIRCMaxLSDAMaxDiskMINDO3MNDONameNMRNoDensityFitONIOMOptOutputOVGFPBCPM3PM6PolarPopulationPressurePropP