【文章內(nèi)容簡介】 算節(jié)點 Centos node20 計算節(jié)點 Centos node21 計算節(jié)點 Centos node22 計算節(jié)點 Centos node23 IO 節(jié)點 Centos console 管理節(jié)點 NA Centos node25 GPU 節(jié)點 NA Centos node26 GPU 節(jié)點 NA Centos 共享存儲 存儲規(guī)劃 協(xié)議 存儲設(shè)備 IO 節(jié)點 掛載點 備注 nfs I640 Node23 /public, 通過 IB網(wǎng)和以太網(wǎng) 共享，存儲， 共配置 22 塊 2TB硬盤，做一個 raid6 nfs Node23 節(jié)點 Node23 /public 通過 IB 網(wǎng)共享 ，沒有 IB的通過以太網(wǎng)共享 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 6 軟件資源列表 分類 軟件 名 版本 安裝路徑 環(huán)境變量 調(diào)用方式 /pbs 腳本 備注 管理調(diào)度 軟件 Gridview /opt/gridview 自動添加 web 登錄 IB 驅(qū)動 ofed .1 /usr clussoft 自動安裝 GPU驅(qū)動 cuda /usr/local/cuda source /public/software/psh 手動安裝 編譯器 GNU 編譯器 操作系統(tǒng)相應(yīng)版本 /usr/bin 自動添加 C:gcc C++:g++ F77:g77 F90:gfortran 操作系統(tǒng)自帶 /public/software/gcc472 手動添加 C:gcc C++:g++ F77:g77 F90:gfortran 手動安裝 Intel編譯器 .0 /public/software/intel/poser_xe_2020_sp source /public/software/p.sh C:icc C++:icpc F77:ifort F90:ifort clussoft 自動安裝 cmake /public/software/ source /public/software/p.sh 手動安裝 數(shù)學(xué)庫 MKL .0 /public/software/intel/poser_xe_2020_spsource /public/software/p.sh ifort/icc ... L/public/software/intel/poser_xe_2020_sp1.intel64 lmkl_intel_lp64 lmkl_sequential lmkl_core ... clussoft 自動安裝 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 7 acml /public/software/mathlib/acml510 source /public/software/p source /public/software/p ifort/icc ... /public/software/mathlib/acml510/ifort64/lib lmkl_intel_lp64 ? clussoft 自動安裝 fftw2 float /public/software/mathlib/fftw215float clussoft 自動安裝 fftw2 double /public/software/mathlib/fftw215double clussoft 自動安裝 fftw3 float /public/software/mathlib/fftw331float clussoft 自動安裝 fftw3double /public/software/mathlib/fftw331double clussoft 自動安裝 fftw3 float /public/software/mathlib/fftw332float 手動安裝 fftw3double /public/software/mathlib/fftw332double 手動安裝 scalapack /public/software/mathlib/scalapack202 clussoft 自動安裝 MPI openmpignu /public/software/mpi/openmpi16gnu source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun np N machinefile machinefile ? clussoft 自動安裝 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 8 openmpiintel /public/software/mpi/openmpi16intel source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun np N machinefile machinefile ? clussoft 自動安裝 mvapich2gnu /public/software/mpi/mvapich218gnu source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun_rsh np N hostfile machinefile clussoft 自動安裝 mvapich2intel /public/software/mpi/mvapich218intel source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun_rsh np N hostfile machinefile clussoft 自動安裝 應(yīng)用軟件(物理化學(xué) ) cp2k /public/software/cp2kopenmpi OpenMPIIntel + MKL/ACML+FFTW3double + ScaLAPACK /public/software/pbs/cp2k.pbs clussoft 自動安裝 cpmd .3 /public/software/openmpi OpenMPIIntel + MKL/ACML + FFTW2double /public/software/pbs/cpmd.pbs clussoft 自動安裝 nwchem /public/software/openmpi OpenMPIIntel + MKL/ACML /public/software/pbs/nwche clussoft 自動安裝 gromacs /public/software/gromacs455openmpi both single and double precision, with OpenMPIIntel + MKL/ACML+FFTW3 /public/software/pbs/groma clussoft 自動安裝 gromacs /public/software/ both single and double precision, with OpenMPIIntel + MKL/ACML+FFTW3 /public/software/pbs/groma 手動安裝 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 9 namd /public/software/namd29openmpi OpenMPIIntel + FFTW3float /public/software/pbs/namd.pbs clussoft 自動安裝 pymol /public/software/pymol 手動安裝 VMD /public/software/VMD 手動安裝 vasp /public/software/vasp 手動安裝 R .2 /public/software/R 手動安裝 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 10 作業(yè)隊列設(shè)置 計算子系統(tǒng) 節(jié)點列表 節(jié)點描述 節(jié)點數(shù) 可用作業(yè)隊列 刀片計算節(jié)點(默認(rèn) ) node1node22 2*Intel(R) Xeon(R) CPU E52630 6 核 ，64GB 內(nèi)存 22 blade GPGPU 計算節(jié)點 node25node26 2* Intel(R) Xeon(R) CPU E52630 6 核，128GB 內(nèi)存， 2*Nvidia Tesla C2075 GPGPU卡 2 gpu 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 11 2 使用集群進行計算業(yè)務(wù) 系統(tǒng)登陸 登陸 IP 地址 管理登陸節(jié)點 console 配置有 校內(nèi) 網(wǎng)絡(luò)地址 ， 用戶可以通過多種登錄方式登錄集群系統(tǒng)。 命令行終端登錄 Windows 用戶 可以用 SSH Secure Shell Client， PuTTY， SecureCRT 等 SSH 客戶端軟件登錄。推薦使用 SSH Secure Shell Client，它集成了 SFTP 文件上傳下載功能。 Linux 用戶可以直接在 命令行 終端中 執(zhí)行 ssh 命令進行登錄 ： $ ssh username@登錄節(jié)點 IP地址 文件上傳下載 Windows 用戶 可以用 SSH Secure Shell Client， winscp 等 軟件實現(xiàn)文件的上傳下載。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 12 Linux 操作系統(tǒng)直接使用命令 scp filename test@ip:/home/test 圖形界面登錄 遠程圖形界面登錄推薦采用 VNC 方式。第一次使用 VNC 登錄前，需要先以命令行終端方式登錄到集群登錄節(jié)點，執(zhí)行 vncserver 命令，會提示用戶輸入 VNC 登錄密碼，輸入后會得到一個 VNC 會話，一般是“主機名 :VNC 會話號”格式，如“ console:4”。 Windows 用戶推薦使用 RealVNC 軟件進行 VNC 遠程圖形界面登錄，登錄時輸入集群登錄節(jié)點 IP 地址加 VNC 會話號即可： Linux 用戶可以直接在 命令行 終端中 執(zhí)行 vncviewer 命令進行登錄，如 ： vncviewer [登錄節(jié)點 IP地址 ]:[session number] Gridview Web 登錄 用戶也可以通過 WEB 方式登入曙光 GridView 集群管理系統(tǒng)， 對集群進行管理、監(jiān)控、配置和使用等操作。在 WEB 瀏覽器的地址欄中輸入以下 URL 即可出現(xiàn)登錄界面： 登錄節(jié)點 IP 地址 :6080/gridview_portal 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 13 登入后，如果部分圖表顯示不正常，請為瀏覽器安裝 FLASH 插件。 編譯、安裝 OpenMPI 示例 以 OpenMPI 為例： $ tar zxvf $ cd $ ./configure prefix=/public/software/mpi/openmpi16intel enablempirunprefixbydefault withoutpsm CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort $ make j 8 amp。amp。