[經(jīng)濟學(xué)]復(fù)旦研究生(編輯修改稿)
2025-03-20 12:39 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 imura雙參數(shù)模型 ? 兩類核苷酸 – 嘌呤 : A, G – 嘧啶 : C, T ? 轉(zhuǎn)換（ Transitions） : 相似置換 ? 顛換（ Transversions） : 嘌呤被嘧啶置換，反之亦然 ? 在實際數(shù)據(jù)中，轉(zhuǎn)換置換的速率常高于顛換的速率 A C G T 嘌呤 嘧啶 ? ? ? ? ? ? ? 轉(zhuǎn)換 = ? ? 顛換 = ? JC 模型 K2 模型 核苷酸置換模型 ? Jukes – Cantor 單參數(shù)模型 ? Kimura 雙參數(shù)模型 ? Equal－ input模型 ? Tamura模型 ? HKY模型 ? … ... MEGA – 序列分歧較小時 , 兩個模型的結(jié)果基本相同 – 序列分歧較大時，雙參數(shù)模型更為準(zhǔn)確 (尤其是當(dāng)轉(zhuǎn)換概率明顯高于顛換概率時 ) 單參數(shù)和雙參數(shù)模型的比較 ModelTest 軟件網(wǎng)站 氨基酸置換矩陣 ? 用序列相似的一組蛋白質(zhì)的對位排列來確定單步氨基酸變化，以此來預(yù)測進化過程中大部分可能的氨基酸變化。該方法由 Dayhoff (1978) 建立 ? 較為成熟的有： Dayoff和 Blosum計分矩陣 同義置換與非同義置換 ?同義 : Sequence 1: UUU CAU CGU Sequence 2: UUU CAC CGU Coded Amino Acids: Phe His Arg ? 非同義 : Sequence 1: UUU CAU CGU Sequence 2: UUU CAG CGU Coded Amino Acids: Phe His Arg Gln
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