【文章內(nèi)容簡介】 縮率最高的密碼子報道了 ORF1基因（ ％和 ％，圖 1），盡管病毒 ORF2 和 ORF3一些地區(qū)也有選擇性的約束。有趣的是，在 DN DS等情節(jié)表明，選擇的 ORF1基因密碼子負大部分的N末端， 無論幾個 調(diào)控序列（即精氨酸豐富的地區(qū)）被放置。 TTSuV1 和 TTSuV2之間的選擇模式，再次不同。所有這三個碼有積極的 TTSuV1 選定的密碼子的比例最高，而大部分的 TTSuV2 密碼子的選擇壓力下不（ 圖 1），指向之間 TTSuV1和 TTSuV2 不同進化速率?？傊塑账崽鎿Q似乎是采取結構性的約束下，一些功能性的地方。臺視 ORF1 基因似乎是由選擇凈化水平的影響比較強的 ORF2 和ORF3。差分約束報碼之間最有可能由每的 ORF， ORF1編碼的蛋白質的功能有一個產(chǎn)品作為外殼蛋白和復制相關蛋白的雙重作用引起的（ Kakkola等。， 2022）。 直方圖對 wised PI ()表示，在本研究中和 TTSuV2 之內(nèi)的核苷酸身分出版的 TTSuV1 高于 85%。 然而，當所有可利用的染色體 (表 1)被考慮了，身分從 65 范 圍到 80% TTSuV1 的， 88 到 97% TTSuV2 的和 40 到 50%在 TTSuV1 和TTSuV2之間。 核苷酸身分之間的這些區(qū)別在孤立之中在 NJ樹 ()，明顯地分裂的 TTSuV1和 TTSuV2 也被反射了入不同的等級。 TTSuV1染色體被出版在一起被編組的這項研究中，但是除與易變的位置的一個數(shù)字的提出的類型 1a和 1b之外，在他們之中的 543 (%)。 相反，在 TTSuV2之中被觀察的極小的身分是 88%。提出的子型 2b和 2c顯示了相似的 PI價值如被觀察在之中 。 依然是的 TTSuV2染色體。 根據(jù)在孤立之中被觀察的大基因距離，他們最初被考慮了作為 genogroups申請標準的 1和 2被用于分類人的 TTVs (等 Okamoto， 2022年 。 Niel等， 2022)。 非常最近，黃 (2022)使用在 121條 TTV染色體之中的 PI等提出了小組分類的幾試探性門限在 TTV ： 變形 (95% PI)，子型 (8595% PI)，類型 (6785% PI)，種類 (5567%)和類 (3655%)。 根據(jù)被觀察的在七條 TTV染色體之中的 identity 作者暫時地提出的類型 1a和 1b和子型 2a、豬的 TTSuV1和TTSuV2 2b和 2c，分別。 在本研究中，兩個類型十三條豬 TTV染色體程序化，完全地描繪了，并且與十條出版染色體比較。 TTSuV1和 TTSuV2 (%)類似 Niel (2022)和黃等獲得的那個等 (2022)，在種類定義的更低的邊界的 TTV，但是接近類狀態(tài)。 根據(jù)當前結果， TTSuV1和應該考慮 TTSuV2作為證實分類的種類等提議由黃 (2022)和 ICT( 提出 ，所有 TTSuV1 西班牙染色體分別地 成群了與美國和亞洲染色體，陳列身分更低比 80%與比較參考鍵入 1a和 1b。 因此，根據(jù)這些觀察，提議應該考慮第三個 TTSuV1類型 (1c) ()。 而且，考慮到分歧，一樣高象 30%在 TTSuV1之內(nèi)和所有西班牙染色體的被分離的位置和美國相比，并且亞洲人一個在種系發(fā)生的樹，某一種類與一個潛在的地理依據(jù)的內(nèi)部結構可能存在。 量的多樣性 TTSuV2檢測 “ （ 15％）較低。 2b和 2c的亞型聚集一起在 NJ樹，并 根據(jù) TTV類型 6785％PI）和亞型（ 8595％ PI）的建議的范圍（黃等人。， 2022），所有從 美國分離TTSuV2和歐洲應該被視為一個單一類型的亞型數(shù)可能為 2至 7取決于應用的門檻。在第一種情況， 2b 和 2c的亞型應該被加入到一個單一亞型株，其余將成為其他亞型，如甲已定義，呈現(xiàn)出它們之間的 126個變異位點（ ％）的意思。在第二個方案，四個額外的子類型可以定義：二維（ TTSuV2G61）， 2e（ TTSuV2G64），2樓（ TTSuV2GE1和 TTSuV2GE9）和 2G（ TTSuV2G31， TTSuV2G33和 TTSuV21907）。然而，直到基因組的 TTSuV2較多的情況下，在亞型的定義應推遲。此外， 對來自不同地理區(qū)域的豬 TTV的分歧更多的序列數(shù)據(jù)，獲得更好的結論應分析。 結論 如今， anelloviruses 完整的基因組進行了表征，并對一些動物物種提供（。Learly等， 1999。 Martinez 等人， 2022年 。 Brassard等， 2022。伍等人， 2022。岡本等人， 2022年。）?；蚪M信息已被集中到迄今人類 TTVs，但這和最近的研究（ Brassard等， 2022。黃等人， 2022 年），大大增加了對于豬 TTVs知識。在目前的研究已特點 TTV的豬基因組和基因組的比較可在文獻中。目前一豬TTV中基因組中有非編碼區(qū)和 3個 ORF與翻譯區(qū)。 TTSuV1比 TTSuV2 更具有變化性。這種變化是不同分布 。在更保守的非編碼區(qū)翻譯區(qū)和更變量。該報告的轉換和顛換數(shù)沒有差異。中碼突變的方式也不同： ORF1基因較為保守，表現(xiàn)出較高的比例第三密碼子位置和負選擇密碼子 。病毒 ORF2和 ORF3不太保守，盡管一些保守地區(qū)也報告。系統(tǒng)發(fā)育重建表明， TTSuV1 是分為三種類型，其中一人報告了這項工作的第一時間， 地理結構的某種可能存在的。另一方面，建議對集群TTSuV2混合亞型及其定義不明確。 利益沖突聲明本論文的作者都沒有與其他人或組織可能不適當?shù)赜绊懟蚱姷恼撐膬?nèi)容的財務或個人關系。 致謝 我們感謝 A. Llorens 的技術幫助， 這項工作是由 289 AGL202202778/GAN，TRT2022 00018和 CONSOLIDER PORCIVIR CSD2022 29000007西班牙政府贈款資助。 M. Cortey 來自 加泰羅尼亞 政府， T. Kekarainen 由西班牙政府支持 參考 Bendinelli, M., Pistello, M., Maggi, F., Fornal, C., Freer, G., Vatteroni, L., 2022. Molecular properties, biology and clinical implications of TT virus, a recentlyidentified widespread infectious agent of humans. Clin. Microb. Rev. 14, 98113. Biagini, P., 2022. Classification of TTV and Related Viruses (Anelloviruses), in: de Villiers, ., zur Hausen, H. (Eds.), TT Viruses. The Still Elusive Human Pathogens. SpringerVerlag, Berlin, pp. 2134. Biagini, P., Uch, R., Belhouchet, M., Attoui, H., Cantaloube, ., Brisbarre, N., de Micco, P., 2022. Circular genomes related to anelloviruses identified in humanand animal samples by using a bined rollingcircle amplification/sequence304 independent single primer amplification approach. J. Gen. Virol. 88, 2696– 2701. Bigarr233。, L., Beven, V., de Boiss233。son, C., Grassland, B., Rose, N., Biagini, P., Jestin, A., 2022. Pig anelloviruses are highly prevalent in swine herds in