【正文】 A=A+length(strfind(Sequence2{k},39。 F=0。 Paa(17,2)=T/sum_Aa。 Paa(1,2)=A/sum_Aa。D39。 P=P+length(strfind(Sequence1{k},39。))。S39。 Z=0。 Q=0。 Paa(11,1)=L/sum_Aa。Z39。H39。 F=F+length(strfind(Sequence{k},39。))。W39。 I=0。 德州學院 物電學院 20xx 屆 應用物理學專業(yè) 畢業(yè)論文 18 附錄：氨基酸統(tǒng)計程序 clear clc A=0。而固有無序蛋白中蛋白質(zhì)與ATP/GTP 相互作用的結(jié)合位點最少。 圖 33 固有無序蛋白與 DNA 結(jié)合位點的統(tǒng)計結(jié)果 圖 32 固有無序蛋白與蛋白質(zhì)結(jié)合位點的統(tǒng)計結(jié)果 德州學院 物電學院 20xx 屆 應用物理學專業(yè) 畢業(yè)論文 9 固有無序蛋白與 RNA 結(jié)合位點的統(tǒng)計分析 圖 34 為固有無序蛋白與 RNA結(jié)合位點的統(tǒng)計圖 .通過 圖 34 與圖 33 相比我們可以發(fā)現(xiàn)，兩圖氨基酸的頻率有些相近，氨基酸 Trp， Gly 頻率較高，比較受歡迎，氨基酸 Met，Ser， Fhe， Pro， Asp， His 頻率較低，不太受歡迎。從圖 21可以更直觀的看出去冗余前各氨基酸總數(shù)比去冗余之后稍高，這是因為蛋白質(zhì)序列經(jīng)過去冗余后，相似度大于 30%的序列去掉了，因此氨基酸的數(shù)目都有所降低。通過編程分析得到最長的序列有 18534 個氨基酸，最短的序列只有 33 個氨基酸，平均為 489個氨基酸。 蛋白質(zhì)結(jié)合位點預測的意義 在后基因組時代 ， 生命科學的中心任務是闡明基因組所表達的真正執(zhí)行生命活動的全部蛋白質(zhì)的表達規(guī)律和生物功能。經(jīng)過十多年的研究，人們發(fā)現(xiàn)這類蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)普遍存在而且十分豐富 [5,6]，可以位于細胞的不同部位。研究還發(fā)現(xiàn)，真核生物體中含有的固有無序蛋白質(zhì)數(shù)量遠遠高于古細菌和細菌中的固有無序蛋白 [7,8]，即生物進化的一個重要特點是蛋白質(zhì)中無序區(qū)的含量在增加。蛋白質(zhì)與配體相互作用以及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能之間的關系是后基因組時代研究的核心內(nèi)容 ， 而蛋白質(zhì)的結(jié)合位點的預測是這些研究領域的理論基礎 ， 同時也是基于結(jié)構(gòu)的藥物設計中至關重要的步驟 ， 對計算機輔助藥物設計和復合物結(jié)構(gòu)預測具有重要意義 ， 也是生物信息學領域一個重要的研究熱點。 固有無序蛋白質(zhì) 數(shù)據(jù)去冗余處理 由于蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中都含有大量的冗余序列，冗余序列通常不能提供更多的信息，而且不利于數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析，而且它們要占用更多的計算機存儲和處理資源。 從圖 22可以看出 20中氨基酸在序列中所占百分含量總體趨勢去冗余前后變化不大，各氨基酸含量總趨勢也是不變的。這可能由于 DNA 和 RNA 都是核酸，具有相似的核苷酸組成，因此在選擇與其結(jié)合的氨基酸殘基時具有相近的偏好。 （ 3） 通過分析可以得知：在蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)的結(jié)合位點中，氨基酸 Trp， Met， Val，Arg 頻率較高，而氨基酸 Ser， Qln， His 頻率較低；在蛋白質(zhì)與 DNA 的結(jié)合位點中，氨基酸 Arg， Trp， Gly 頻率較高，氨基酸 Met， Ser， Fhe， Phe， Asp 頻 率較低，而氨基酸 His在無序區(qū)沒有出現(xiàn)；在蛋白質(zhì)與 RNA 的結(jié)合位點中氨基酸 Trp， Gly 頻率較高，氨基酸圖 310 所有相互作用類型中固有無序蛋白質(zhì)結(jié)合位點的統(tǒng)計結(jié)果 德州學院 物電學院 20xx 屆 應用物理學專業(yè) 畢業(yè)論文 14 Met， Ser， Fhe， Pro， Asp， His 頻率較低；在蛋白質(zhì)與 ATP\AGP 的結(jié)合位點中，氨基酸中 Gly 的頻率較高，氨基酸 Al， Trp， Met， Val， Gln， Glu， Asp 也有出現(xiàn)，但頻率較低，其余氨基酸沒有出現(xiàn)；在蛋白質(zhì)與輔因子的結(jié)合位點中，氨基酸 Ala， Gln 頻率較高，而氨基 酸 The， Phe， Asn， Pro， His， Asp 沒有出現(xiàn)，其 余氨基酸雖有出現(xiàn)但頻率較低；在蛋白質(zhì)與配體的結(jié)合位點中， 氨基酸 Trp， His 頻率較高，而氨基酸 Ala， Ser， Lys， Arg，Phe， Pro， Asp 沒 有出現(xiàn) ,其余氨基酸雖有出現(xiàn)，但頻率較低；在蛋白質(zhì)與金屬結(jié)合位點中，氨基酸 Met， Gly， Gln， Lys 出現(xiàn)的頻率較高，氨基酸 Ala， Thr， Leu， Gly， Asn， Tyr，Asp 出現(xiàn)的頻率較低，其余氨基酸沒有出現(xiàn)；在無序組蛋白的其它結(jié)合位點中， 氨基酸Met， Gly， Cys 出現(xiàn)頻率較高，而氨基酸 Leu， Pro 沒有出現(xiàn)，氨基酸 Ser， Arg， Phe 出現(xiàn)的頻率較低。 W= 0。 H=0。))。 L=L+length(strfind(Sequence{k},39。F39。))。))。 Paa(12,1)=K/sum_Aa。 L=0。 U=0。))。 E=E+length(strfind(Sequence1{k},39。P39。))。 Paa(2,2)=R/sum_Aa。 Paa(18,2)=W/sum_Aa。 N=0。A39。))。 G=G+length(strfind(Sequence2{k},39。I39。B39。 Paa(8,3)=I/sum_Aa。 ylabel(39。V39。N39。 set(gca,39。)。,[,])。P39。Q39。)。 Paa(10,3)=N/sum_Aa。 Z+length(strfind(Sequence2{k},39。 H=H+length(strfind(Sequence2{k},39。))。Q39。 W=W+length(strfind(Sequence2{k},39。 Y=0。 Paa(20,2)=V/sum_Aa。 Paa(4,2)=C/sum_Aa。 X=X+length(strfind(Sequence1{k},39。 Y=Y+length(strfind(Sequence1{k},39。))。T39。 [seq_header1,Sequence1]=fastaread(39。 德州學院 物電學院 20xx 屆 應用物理學專業(yè) 畢業(yè)論文 20 E=0。 Paa(14,1)=F/sum_Aa。U39。C39。 德州學院 物電學院 20xx 屆 應用物理學專業(yè) 畢業(yè)論文 19 N=N+length(strfind(Sequence{k},39。))。M39。 D=0。 S= 0。以上關于固有無序蛋白質(zhì)中相互作用 位點的氨基酸偏好性分析將會為今后蛋白質(zhì)與其它分子結(jié)合位點預測工作提供新的思路和數(shù)據(jù)支持。氨基酸 Ala， Trp， Met， Val， Gln， Glu， Asp 也有出現(xiàn)，但頻率較低，不是很受歡迎。由此結(jié)果也可以看出，去冗余后確實各種氨基酸 的含量和去冗余前有所變化，這一結(jié)果也進一步體現(xiàn)出去冗余的重要性。 去冗余軟件 人們通常認為相似的生物序列具有相似的生物功能和結(jié)構(gòu)，也具有相似的進化歷史。近年來，隨著 X射線晶體衍射和核磁共振等技術(shù)的日趨完善，越來越多高分辨率的復合物三維結(jié)構(gòu)被測出，這使得人們能夠從原子水平上研究蛋白質(zhì)與其他蛋白質(zhì)、 DNA 和 RNA 相互作用的結(jié)合位點。 固有無序蛋白質(zhì)的生物學功能 無序蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)是普遍存在的。后來發(fā)現(xiàn)，這類蛋白質(zhì)越來越多，并逐漸形成了一種新的蛋白質(zhì)類型，稱為固有無序蛋白質(zhì) [2,3,4]（ intrinsically disordered proteins，簡稱為 IDPs） 。 Radivojac 對此進行過研究 ， 得出不同的氨基酸殘基也具有不同的促進無序結(jié)構(gòu)形成的傾向的結(jié)論 ： Gly、 Trp、 Tyr、 Ile、 Phe、 Val、 Leu、His、 Thr、 Asn 比較有利于有序結(jié)構(gòu)的形成 ； Asp、 Met、 Lys、 Arg、 Ser、 Glu、 Pro、 Gln有利于無序的形成，而其它殘基的作用則比較中性。 Megan 和 Dunker 等創(chuàng)立了系統(tǒng)描述固有無序蛋白的DisProt 數(shù)據(jù)庫（ IDPs 的實驗特征和生物學功能，給出了多種不同實驗技術(shù)得到的 IDPs 的大量范例，包括許多 IDPs 及其區(qū)域的功能信息，而且把 IDPs 及其無序區(qū)域的結(jié)構(gòu)和功能系統(tǒng)地聯(lián)系起來了。為了更好的比較去冗余去前后氨基酸組成的變化，做了圖 21 和圖 22。 圖 31 各類相互作用固有無序蛋白質(zhì)結(jié)合位點的統(tǒng)計結(jié)果 德州學院 物電學院 20xx 屆 應用物理學專業(yè) 畢業(yè)論文 8 固有無序蛋白與 DNA 結(jié)合位點的統(tǒng)計分析 圖 33 為固有無序蛋白與 DNA 結(jié)合位點的統(tǒng)計圖，通過該圖我們可以發(fā)現(xiàn)在結(jié)合位點中各種氨基酸出現(xiàn)頻率相差較大。 論文以 DisProt、 BCDP 數(shù)據(jù)庫中固有無序蛋白質(zhì) 結(jié)合位點 為研究對象， 利用編程軟件 對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計得到新的數(shù)據(jù)，然后對數(shù)據(jù)進行分析，得到以下結(jié)論： （ 1）去冗余后各種氨基酸的含量和去冗余前有所變化，這一結(jié)果也進一步體現(xiàn)出去冗余的重要性 ， 為我們在后面分析數(shù)據(jù) 時 的處理提供了借鑒 。本文參考了大量的文獻資料，在此，向各學術(shù)界的前輩們致敬！我還要感謝含辛茹苦培養(yǎng)我長大的父母，謝謝您們！ 謹以此文獻給我的親人，是親人的理解才使我能夠順利完成本科階段的學習，你們默默的支持和無私的關愛是我不斷拼搏和永遠前進的動力源泉。 P=0。))。 Q=Q+length(strfind(Sequence{k},39。G39。))。))。