【正文】 1 mM A6（實條子）來呈現(xiàn) 0， ， and15mM 鎂（ II）。 代表至少有三個獨立的實驗曲線顯示。 雙倒數(shù)圖1 /對 1/ [基板 ] V的 PARN在 A2 的存在活動 （ A）或 A6 的（ B）所示。三脫氧 3 氟 葡萄糖（ B6） 的 ，只包含同一沒有相應的糖環(huán)成分， 無明顯抑制并在隨后的分析作為陰性對照組（數(shù)據(jù)未顯示）。 在我們以往的研究的基礎(chǔ)上顯示磷酸腺苷，在 脫腺苷化 產(chǎn)品之一，作為競爭行為對 PARN抑制劑 [19]，我們搜索了類似的化學性質(zhì)抑制劑。每一復雜的后來在一個明確的溶劑化水分子定期盒延長 812A176。 有效性測量 模塊利用 Carlo模擬退火（ SA）的方法計算對接。 其中一個兩個相同的二聚體形式活性中心被用于對接計算。 標準反應緩沖液含 20mg 羥乙基哌嗪乙磺酸 氫氧化鉀（ pH值 ） ， ，氯化鉀 100mg， ， DTT， 10% （ v/v） 的甘油， （ A） 。培養(yǎng)物在 （ 1:100） 稀釋后在相同的 37℃ 被異丙基 1硫代 β的 D半乳糖苷（ IPTG）誘導的一個最終的濃度。 簡單地說，凝結(jié) 1′， 2′， 4′， 6′四 O 乙?；? 3′脫氧 3′氟 葡萄糖胞嘧啶， silyated N4苯甲酰胞嘧啶，或 N6苯甲酰腺嘌呤造成的 [1的生產(chǎn) （ 2′， 4′， 6′三 O乙?；?3′脫氧 3′氟 βD吡喃葡萄糖 N4苯甲酰胞嘧啶 ]（ 5條）或 [9（ 2′， 4′， 6′三 O乙?；?3′脫氧 3′氟 βD吡喃葡萄糖 ） N6苯甲酰（ 177。 我們側(cè)重于這種酶的活性被天然的核苷酸減弱， 其結(jié) 構(gòu)是已知的重大影響，它展示了主要 脫腺苷化在 動物體內(nèi)。 此外，一些核苷類似物是RNA 病毒引起的疾病的一線治療藥物 [2425]。 據(jù)了解人類PARN可以被氨基糖苷類抑制，其中該化合物可以使活性部位變異 和 /或取代的重要的二價離子的功能，如二價鎂 （ Ⅱ ） 離子。 脫腺苷化 是鎂 （ Ⅱ ） 依賴的 外切核糖核酸酶類 ，它可以不斷裂解 多 聚 （ A）的末端，并釋放 5′平滑肌磷酸酶 [1]。在現(xiàn)在的研究中， 我們 發(fā)現(xiàn) 合成的核苷類似物連接一個 氟代嘧啶 核苷 的 糖基和苯甲酰修飾的胞嘧啶或腺嘌呤 作為基本官能團 能有效地抑制人類 PARN。此外，用乙酰和 /或糖基三苯甲基來替代糖基上 2′， 4′或 6′的 OH是抑制效果的關(guān)鍵。 生化研究表明， 盡管沒有在一個酶截斷形式的晶體結(jié)構(gòu)中發(fā)現(xiàn)這種離子 ， 鎂 （ Ⅱ ） 離子對催化作用是必要的 [78]。更具體地說，我們先前已經(jīng)表明 RTP 的核苷酸來抑制酶是非競爭性的， 而 RDP和 RMP的行為是競爭性的 [19]。這就是艾滋病毒 RNA依賴的 DNA聚合酶的核糖核酸酶 H域的案件 [2628]。 為了支持我們的生化數(shù)據(jù)，我們在分子動力學 （ MD）的模擬之后進行分子對接實驗， 我們預測核苷的對接構(gòu)象可以進入活動現(xiàn)場。 A2 的治療和干 2， 2二甲氧基丙烷， N， N二甲基甲酰胺，通過乙?；蟮淖杂闪u基集團在 2′位的糖基醋酸酸酐 /吡啶，去除 異亞丙基 ，而且，最后，選擇性保護的主要 6′ 羥基組一組取得了三苯甲基化合物 A4。表達了他的標記可溶性蛋白進行純化下列先前描述協(xié)議 [33]。 對于動力學分析，底物濃度 [聚（ A）條 ]介于 至 [19]。 有效性測量 使用 PEOE的方法來分配所有潛在抑制劑的化合物部分費用。 分子動力學模擬。水結(jié)構(gòu)最初為 100ps的平衡保持整個蛋白質(zhì)固定其次是 100ps 的骨干固定蛋白質(zhì)平衡。初步篩選了這些核苷關(guān)于 PARN 的作用活動表明， A2， A6，和 C6 可以有效地抑制 PARN， 化合物 A1 和 A 3 A5 和 A7 的沒有顯著影響（數(shù)據(jù)未顯示）。 表 1總結(jié)了所有在研究中使用的化合物的抑制常數(shù)。至少有三個有代表性的獨立實驗顯示。因此，我們要排除 PARN可以被合成核苷抑制的可能性，不知何故，被救出使用過量鎂 （ Ⅱ ） ，雖然這些核苷酸不包括任何磷酸基團。 預測的 C6， A6 和 A2 與 PARN 的活性部位對接。 鎂缺乏 模擬證實了 A6的 綁定定位，這最適合 糖環(huán)羥基團體建立氫鍵（ Asp28和 Asp292）和疏水（ Asp382）相互作用與催化三聯(lián)（圖 6）天門冬氨酸殘基。 圖 5： 復合物 C6， A6， A2，和 B6 在 PARN 活躍點的接駁。 兩者合計，這些數(shù)據(jù)表明，芳香環(huán)腺苷的 A2 的復合構(gòu)成一個龐大的，高度共軛核心，降低了其抑制效力與胞嘧啶基化合物的 C6 和 A6 比較。核苷類似物已被廣泛探討為潛在的抗腫瘤和抗病毒治療藥物。在這項工作（ A2和 A6）中測試的兩個苯甲酰fluoropyranosyl核苷表現(xiàn)為競爭性的酶抑制劑，攜帶被改進的苯甲酰腺嘌呤（ A2）或被改進的苯甲?；奏ぃ?A6）作為基組（圖 1） 。A2能有競爭性地抑制 PARN， 但當糖 上的 OH基團被乙?；蛘呱踔馏w積更大的三苯甲基組（復合 A1， A3和 A4）取代時，沒有抑制被觀察到。再加一個額外的苯基 （ 化合物 A6） 提高受體的活性部位的相互作用 （ 圖 6） 。一些研究關(guān)于二價鎂離子結(jié)合模式到磷酸基進行辯論。 眾所周知 ， 在又脫氧核糖核酸的情況下，比如 DNA聚合酶 的克萊片段，二價鎂很難用Kae 105 M1和蛋白質(zhì)結(jié)合， 單金屬離子和雙金屬離子的機制都已經(jīng)被提出來了[46]。此外 ， 最近的一項關(guān)于結(jié)合到 PARN的帽的結(jié)構(gòu)性基礎(chǔ)的研究顯示帽結(jié)合和活性部位領(lǐng)域部分重疊 [