生物信息學軟件介紹(更新版)
【正文】 3. 用計算機管理實驗數(shù)據 4. 尋找、預測新基因及預測其結構、功能 5. 蛋白高級結構預測 二 .生物學軟件部分常見功能使用技巧 PCR 引物設計 DNA、蛋白質序列同源分析及進化樹構建 Contig ExpressDNA 序列片斷拼接 DNA 模擬電泳 重要生物數(shù)據庫簡介 三. 生物信息學服務 生物信息學的概念： 生物信息學是一門新興的交叉學科，它將數(shù)學和計算機知識應用于生物學，以獲取、加工、存儲、分類、檢索與分析生物大分子的信息，從而理解這些信息的生物學意義。前者要求必需得到高標準的蛋白晶體，后者對分子量大于 3萬的大蛋白不能測定。 ? 引物 3’端的堿基一般不用 A， 因為 A在錯誤引發(fā)位點的引發(fā)效率相對比較高 ， 而其它三種堿基的錯誤引發(fā)效率相對小一些 。 ? 對引物的修飾一般是增加酶切位點，應參考載體的限制酶識別序列確定，常常對上下游引物修飾的序列選用不同限制酶的識別序列，以有利于以后的工作?？蛇M行自身局部比較。 上下游引物的 GC含量不能相差太大 。 ? 序列與結構關系的根源在于“蛋白質折疊的問題”，這是近期研究關注的焦點。蛋白跨膜區(qū)域分析，信號肽潛在斷裂點預測。 DNASIS 對蛋白編碼區(qū)的預測 A. (Codon Bias) DNASIS 對蛋白編碼區(qū)的預測 B. (Rare Codon) DNASIS 對蛋白編碼區(qū)的預測 C. (ORF List) DNASTAR 之 GeneQuest 預測 CDS 功能 ? 該項技術算法十分復雜，尚未成熟。 Cn3D 顯示 1EQF A鏈三維結構 RasMol 顯示 1EQF A鏈三維結構 PCR 引物設計 ? 引物設計的原則 ? 首先引物要跟模板緊密結合； ? 其次引物與引物之間不能有穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結構存在； ? 最后引物不能在別的非目的位點引起高效 DNA聚合反應 (即錯配 )。 分析其原理 ， 引物與模板應具有較高的結合能量 ， 這樣有利于引物與模板序列的整合 ， 因此 5’端與中間段的 ΔG值應較高 ， 而 3’端 ΔG值影響 DNA聚合酶對模板DNA的解鏈 ， 過高則不利于這一步驟
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