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【正文】 單,選中所需要的按鈕即可。 1064Cyclopentadiene(環(huán)戊二烯結(jié)構(gòu)) 113Page(顯示最后一個(gè)模板頁(yè)面)3. Draw支持多窗口操作 ,可同時(shí)運(yùn)行多個(gè)文檔 ,并可在各個(gè)窗口間切換,這一功能與 Windows 本身具有剪切、復(fù)制功能相結(jié)合可給作圖帶來(lái)極大的方便 可對(duì)分子結(jié)構(gòu)圖形進(jìn)行組合或分塊處理,支持圖文混排。ISIS/Draw的使用的使用 2023/2/1ISIS Draw 的工作窗口作圖區(qū)工具按鈕區(qū)2023/2/1模板下拉菜單23類模板o 其中 溶劑可及表面( SolventAccessible體現(xiàn)分子中原子的擁擠程度和分子體積,更接近分子的實(shí)際形狀2. 三維空間結(jié)構(gòu)的顯示模式2023/2/1ACD/3D表 分子三維表示法216。ChemWindowsWindow 的使用 ISIS/Draw的使用nChem3D的使用2023/2/1第一節(jié) 化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化計(jì)算機(jī)圖形學(xué) 分子圖形學(xué)分子結(jié)構(gòu)顯示分子建模技術(shù)分子建模技術(shù)分子圖形學(xué) 采用計(jì)算機(jī)圖形技術(shù)處理分子結(jié)構(gòu)的顯示和操作分子建模技術(shù) 是分子圖形學(xué)的一個(gè)重要分支,它包括三維分子結(jié)構(gòu)的構(gòu)建、操作及其物理化學(xué)性質(zhì)的表示2023/2/1一、化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示命名法線型編碼法二維平面結(jié)構(gòu)三維空間結(jié)構(gòu)分子表面結(jié)構(gòu) 2023/2/1命名法IUPAC: 2amino3phenylpropanoic acidFormula: C9H11NO2, C6H5CH2CH(NH2)CO2H苯基丙氨酸的各種化學(xué)結(jié)構(gòu)表示:Systematic name: phenylalanine線型編碼WLN: VQYZIRROSDAL: 1O2=3O, 245N, 467=127SMILES: NC(Cclcccccl)C(O)=OSLN: C[1]H:CH:CH:CH:CH:C(:1)CH2CH(NH2)C(=O)O用線性順序數(shù)字、字母的字符串表示化合物結(jié)構(gòu)缺點(diǎn):缺少直觀性,需要學(xué)習(xí)專門的編碼規(guī)則 2023/2/1二維結(jié)構(gòu): 原子以元素符號(hào)表示,線條表示化學(xué)鍵,簡(jiǎn)單表示分子中化學(xué)鍵的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)三維結(jié)構(gòu): 表示出分子中原子在三維空間的位置信息,形象、逼真表示出分子真正結(jié)構(gòu)表面結(jié)構(gòu): 在分子表面增加分子性質(zhì)信息(如靜電勢(shì)等)2023/2/1二進(jìn)制的計(jì)算機(jī) 計(jì)算機(jī)繪制的結(jié)構(gòu)圖形計(jì)算機(jī)內(nèi)部表達(dá)方式的建立 (矩陣方式)連接矩陣 距離矩陣 關(guān)聯(lián)矩陣 成鍵矩陣 鍵 電子矩陣分子中不同原子和成鍵類型可使用不同形式的矩陣表示2023/2/1C1 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 O10 O11 N12C1 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0C2 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0C3 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0C4 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0C5 0 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0C6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0C7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0C8 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1C9 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1 0O10 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0O11 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0N12 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 成鍵連接表: 表示分子中成鍵連接的方式二、 二維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化第一行和第一列代表分子中的原子(帶編號(hào))2023/2/12. 最常用的繪制二維化學(xué)結(jié)構(gòu)的軟件 ISIS/Draw相比之下,三維空間結(jié)構(gòu)表示更接近分子的真實(shí)情況。電子云空間填充表示法( Space(ChemWindow 中嵌入 )分子結(jié)構(gòu)繪制與建模:Chem3D:綜合功能最全面HyperChem:建模和計(jì)算
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