多序列比對(duì)的定義與操作-文庫(kù)吧在線文庫(kù)
【正文】 HomoloGene) You can display sequences from Entrez Protein in the fasta format Use ClustalW to do a progressive MSA ... FengDoolittle MSA occurs in 3 stages [1] 利用 Needleman and Wunsch’s 的 動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法對(duì)所有 序列進(jìn)行兩兩比對(duì)。完全比對(duì)可能很大， Pfam前 20個(gè)家族的完全比對(duì)都含有超過(guò) 2500個(gè)序列。 保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù) [1] Go to NCBI ? Structure [2] Click CDD [3] Enter a text query, or a protein sequence CDD: Conserved domain database CDD: Conserved domain database CDD = PFAM + SMART Fig. Page 339 ? 靜夜四無(wú)鄰，荒居舊業(yè)貧。 2023年 3月 上午 10時(shí) 47分 :47March 5, 2023 ? 1行動(dòng)出成果，工作出財(cái)富。 2023年 3月 5日星期日 上午 10時(shí) 47分 30秒 10:47: ? 1楚塞三湘接，荊門九派通。 10:47:3010:47:3010:47Sunday, March 5, 2023 ? 1知人者智，自知者明。 上午 10時(shí) 47分 30秒 上午 10時(shí) 47分 10:47: MOMODA POWERPOINT Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Fusce id urna blandit, eleifend nulla ac, fringilla purus. Nulla iaculis tempor felis ut cursus. 感謝您的下載觀看 專家告訴 。 10:47:3010:47:3010:473/5/2023 10:47:30 AM ? 1越是沒(méi)有本領(lǐng)的就越加自命不凡。 10:47:3010:47:3010:47Sunday, March 5, 2023 ? 1不知香積寺，數(shù)里入云峰。 2023年 3月 5日星期日 上午 10時(shí) 47分 30秒 10:47: ? 1比不了得就不比，得不到的就不要。 RPSBLAST和 PSIBLAST有聯(lián) 系也有區(qū)別，它對(duì)預(yù)先選定比對(duì)產(chǎn)生的模式進(jìn)行搜索。 PfamA是手工編輯、多重比對(duì)形式的 蛋白質(zhì)家族集合。 多序列比對(duì)方法 Exact methods Progressive (ClustalW) Iterative (MUSCLE) Consistency (ProbCons) Structurebased (Expresso) 多序列比對(duì)方法 Exact methods: dynamic programming Instead of the 2D dynamic programming matrix in the NeedlemanWunsch technique, think about a 3D, 4D or higher order matrix. Exact methods give optimal alignments but are not feasible in time or space for more than ~10 sequences. Still an extremely active field. 多序列比對(duì)的漸近比對(duì)方法 在目前發(fā)展的眾多多序列比對(duì)方法中，最常用的是來(lái)自 Feng and Doolittle (1987)的漸近比對(duì)。在 三維結(jié)構(gòu)中，對(duì)齊的殘基也傾向于占據(jù)對(duì)應(yīng)的位置。相同或相似的氨基酸殘基排在同一列上， 這些對(duì)齊的殘基在進(jìn)化意義上是同源的：來(lái)自共同的祖先。數(shù)據(jù)庫(kù)搜索進(jìn)行高效的 多重比對(duì)，將每一個(gè)新蛋白 (或基因 )與其它所有家族的蛋白質(zhì) 進(jìn)行比較 ? 很多基因的調(diào)節(jié)區(qū)含有轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的共有序列。 Pfam由兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)組成。 CDD通過(guò)比較目標(biāo)序列和一組位置 特異打分矩陣進(jìn)行 RPSBLAST。 :47:3010:47:30March 5, 2023 ? 1他鄉(xiāng)生白發(fā)，舊國(guó)見(jiàn)青山。 :47:3010:47Mar235Mar23 ? 1世
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