【正文】 :47:3010:47Mar235Mar23 ? 1越是無能的人，越喜歡挑剔別人的錯兒。 。對于每一個家族， Pfam提供了 4種特征：注釋、 種子比對、 profile HMM、完全比對。 可以根據(jù)下面特征來確定是否對齊某些氨基酸 殘基 ? 一些高度保守的殘基（如參與形成二硫鍵的半胱氨酸） ? 形成保守膜體（ motif），如跨膜結(jié)構(gòu)域和免疫蛋白結(jié)構(gòu)域 ? 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的保守特征，如參與形成 alpha螺旋、 beta 片層和可變區(qū)的殘基。 ? 當 一個物種的基因組被完整測序，數(shù)據(jù)分析的一個主要部分是 注釋所有基因產(chǎn)物所歸屬的蛋白家族。 Pfam：基于 profile HMM的蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫 PFAM (protein family) database: .Fig. Page 331 PFAM (protein family) text search result Fig. Page 334 PFAM GCG MSF format Fig. Page 335 Pfam (protein family) database PFAM JalView viewer Fig. Page 336 PFAM JalView viewer Fig. Page 336 PFAM JalView viewer: principal ponents analysis (PCA) Fig. Page 337 Fig. Page 337 SMART SMART: 簡單分子構(gòu)架研究工具（ the simple molecular architecture research tool） . SMART: Simple Modular Architecture Research Tool (emphasis on cell signaling) Page 338 SMART: lipocalin result Fig. Page 338 保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫是 NCBI的一個工具，允許基于序列或文本方式 對 Pfam和 SMART進行查詢。 10:47:3010:47:3010:473/5/2023 10:47:30 AM ? 1成功就是日復(fù)一日那一點點小小努力的積累。 2023年 3月 上午 10時 47分 :47March 5, 2023 ? 1業(yè)余生活要有意義，不要越軌。 2023年 3月 上午 10時 47分 :47March 5, 2023 ? 1少年十五二十時，步行奪得胡馬騎。 10:47:3010:47:3010:473/5/2023 10:47:30 AM ? 1以我獨沈久，愧君相見頻。 Page 321 Progressive MSA stage 1 of 3: generate global pairwise alignments Fig. Page 323 five distantly related lipocalins best score Progressive MSA stage 1 of 3: generate global pairwise alignments Start of Pairwise alignments Aligning... Sequences (1:2) Aligned. Score: 84 Sequences (1:3) Aligned. Score: 84 Sequences (1:4) Aligned. Score: 91 Sequences (1:5) Aligned. Score: 92 Sequences (2:3) Aligned. Score: 99 Sequences (2:4) Aligned. Score: 86 Sequences (2:5) Aligned. Score: 85 Sequences (3:4) Aligned. Score: 85 Sequences (3:5) Aligned. Score: 84 Sequences (4:5) Aligned. Score: 96 Fig. Page 325 five closely related lipocalins best score Number of pairwise alignments needed For n sequenc